ASsembly and phase Transitions of Ribonucleoprotein Aggregates in neurons: from physiology to pathology.

Veröffentlichungen

The PRALINE database: Protein and Rna humAn singLe nucleotIde variaNts in condEnsates

Autoren: Andrea Vandelli; Magdalena Arnal Segura; Michele Monti; Jonathan Fiorentino; Laura Broglia; Alessio Colantoni; Natalia Sanchez de Groot; Marc Torrent Burgas; Alexandros Armaos; Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 10, 2022, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac847

A multifunctional locus controls motor neuron differentiation through short and long noncoding RNAs

Autoren: Carvelli A, Setti A, Desideri F, Galfrè SG, Biscarini S, Santini T, Colantoni A, Peruzzi G, Marzi MJ, Capauto D, Di Angelantonio S, Ballarino M, Nicassio F, Laneve P, Bozzoni I.
Veröffentlicht in: EMBO Journal, 2022, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2021108918

Proteomics analysis of FUS mutant human motoneurons reveals altered regulation of cytoskeleton and other ALS-linked proteins via 3′UTR binding

Autoren: Maria Giovanna Garone, Vincenzo Alfano, Beatrice Salvatori, Clarissa Braccia, Giovanna Peruzzi, Alessio Colantoni, Irene Bozzoni, Andrea Armirotti, Alessandro Rosa
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-68794-6

Phase separation drives X-chromosome inactivation.

Autoren: Cerase, A.; Calabrese, J.M. ; Tartaglia, G.G.
Veröffentlicht in: Nature Structural and Molecular Biology, Ausgabe 29, 2022, Seite(n) 183–185, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-021-00697-0

Microglia reactivity entails microtubule remodeling from acentrosomal to centrosomal arrays

Autoren: Maria Rosito 1, Caterina Sanchini 1, Giorgio Gosti 2, Manuela Moreno 3, Simone De Panfilis 4, Maria Giubettini 5, Doriana Debellis 6, Federico Catalano 6, Giovanna Peruzzi 4, Roberto Marotta 6, Alessia Indrieri 7, Elvira De Leonibus 8, Maria Egle De Stefano 9, Davide Ragozzino 10, Giancarlo Ruocco 11, Silvia Di Angelantonio 12, Francesca Bartolini 13
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 2023 Feb 13;42(2):112104, 2023, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112104

Transmembrane Helices 7 and 8 Confer Aggregation Sensitivity to the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator

Autoren: Bertrand Kleizen; Eduardo de Mattos; Olga Papaioannou; Michele Monti; Gian Gaetano Tartaglia; Peter van der Sluijs; Ineke Braakman
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Vol 24, Iss 21, p 15741 (2023), Ausgabe 2, 2023, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms242115741

CircVAMP3: A circRNA with a Role in Alveolar Rhabdomyosarcoma Cell Cycle Progression

Autoren: Francesca Rossi; Alvaro Centrón-Broco; Dario Dattilo; Gaia Di Timoteo; Marco Guarnacci; Alessio Colantoni; Manuel Beltran Nebot; Irene Bozzoni; Irene Bozzoni
Veröffentlicht in: Ausgabe 7, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2073-4425
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes12070985

RNA-binding and prion domains: the Yin and Yang of phase separation

Autoren: Nieves Lorenzo Gotor, Alexandros Armaos, Giulia Calloni, Marc Torrent Burgas, R Martin Vabulas, Natalia Sanchez De Groot, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/17, 2020, Seite(n) 9491-9504, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa681

Intronic Determinants Coordinate Charme lncRNA Nuclear Activity through the Interaction with MATR3 and PTBP1

Autoren: Fabio Desideri; Andrea Cipriano; Silvia Petrezsélyová; Giulia Buonaiuto; Tiziana Santini; Petr Kasparek; Jan Prochazka; Giacomo Janson; Alessandro Paiardini; Alessandro Calicchio; Alessio Colantoni; Radislav Sedlacek; Irene Bozzoni; Irene Bozzoni; Monica Ballarino
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 4, 2020, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108548

Zooming in on protein–RNA interactions: a multi-level workflow to identify interaction partners

Autoren: Alessio Colantoni, Jakob Rupert, Andrea Vandelli, Gian Gaetano Tartaglia, Elsa Zacco
Veröffentlicht in: Biochemical Society Transactions, Ausgabe 48/4, 2020, Seite(n) 1529-1543, ISSN 0300-5127
Herausgeber: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20191059

Deep learning for blind structured illumination microscopy

Autoren: Emmanouil Xypakis, Giorgio Gosti, Taira Giordani, Raffaele Santagati, Giancarlo Ruocco & Marco Leonetti
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8623 (2022), 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-12571-0

Homage to Chris Dobson

Autoren: Jean Baum, Fabrizio Chiti, Alfonso De Simone, Tuomas P. J. Knowles, Janet R. Kumita, Sheena E. Radford, Carol V. Robinson, Xavier Salvatella, Karen Valelli, Michele Vendruscolo, Annalisa Pastore, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 6, 2019, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontier in Molecular Biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2019.00137

Prediction of gene expression time series and structural analysis of gene regulatory networks using recurrent neural networks

Autoren: Monti, Michele; Fiorentino, Jonathan; Milanetti, Edoardo; Gosti, Giorgio; Tartaglia, Gian Gaetano
Veröffentlicht in: Entropy, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1099-4300
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/e24020141

Machine learning methods applied to genotyping data capture interactions between single nucleotide variants in late onset Alzheimer's disease

Autoren: Magdalena Arnal Segura; Giorgio Bini; Dietmar Fernandez Orth; Eleftherios Samaras; Maya Kassis; Fotis Aisopos; Jordi Rambla De Argila; George Paliouras; Peter Garrard; Claudia Giambartolomei; Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Alzheimers Dement (Amst), Ausgabe 7, 2022, ISSN 2352-8729
Herausgeber: Elsevier B.V.,
DOI: 10.1101/2021.08.30.21262815

Rational design and synthesis of a novel BODIPY-based probe for selective imaging of tau tangles in human iPSC-derived cortical neurons

Autoren: Alessandro Soloperto 1, Deborah Quaglio 2, Paola Baiocco 1 3, Isabella Romeo 1 2, Mattia Mori 4, Matteo Ardini 5, Caterina Presutti 1 3, Ida Sannino 1, Silvia Ghirga 1, Antonia Iazzetti 6, Rodolfo Ippoliti 5, Giancarlo Ruocco 1, Bruno Botta 2, Francesca Ghirga 7, Silvia Di Angelantonio 8 9, Alberto Boffi 1 3
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 12,Article number: 5257 (2022), 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-09016-z

Circular RNA ZNF609/CKAP5 mRNA interaction regulates microtubule dynamics and tumorigenicity

Autoren: Rossi F, Beltran M, Damizia M, Grelloni C, Colantoni A, Setti A, Di Timoteo G, Dattilo D, Centrón-Broco A, Nicoletti C, Fanciulli M, Lavia P, Bozzoni I.
Veröffentlicht in: MOLECULAR CELL, 2022, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.11.032

Retinal fingerprints of ALS in patients: Ganglion cell apoptosis and TDP-43/p62 misplacement

Autoren: Natalia Pediconi, Ylenia Gigante, Silvia Cama, Martina Pitea, Lorenza Mautone, Giancarlo Ruocco, Silvia Ghirga and Silvia Di Angelantonio
Veröffentlicht in: Frontiers in Aging Neuroscience, Ausgabe Volume 15 - 2023, 2023, ISSN 1663-4365
Herausgeber: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fnagi.2023.1110520

An Optimized Quantitative Pull-Down Analysis of RNA-Binding Proteins Using Short Biotinylated RNA

Autoren: Crua Asensio N; Rizzieri S; Cuomo A; Tartaglia GG; Zacco E
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments : Jove, Ausgabe 193, 2023, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/64923

A recurrent Hopfield network for estimating meso-scale effective connectivity in MEG

Autoren: Giorgio Gosti; Edoardo Milanetti; Viola Folli; Francesco de Pasquale; Marco Leonetti; Maurizio Corbetta; Giancarlo Ruocco; Stefania Della Penna
Veröffentlicht in: Neural Networks, Ausgabe 1, 2024, ISSN 1879-2782
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.neunet.2023.11.027

Design and Functional Validation of a Mutant Variant of the LncRNA HOTAIR to Counteract Snail Function in Epithelial-to-Mesenchymal Transition

Autoren: Cecilia Battistelli, Sabrina Garbo, Veronica Riccioni, Claudia Montaldo, Laura Santangelo, Andrea Vandelli, Raffaele Strippoli, Gian Gaetano Tartaglia, Marco Tripodi, Carla Cicchini
Veröffentlicht in: Cancer Research, 2021, ISSN 2254-6081
Herausgeber: Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-20-1764

Shape Complementarity Optimization of Antibody-Antigen Interfaces: The Application to SARS-CoV-2 Spike Protein

Autoren: Alfredo De Lauro , Lorenzo Di Rienzo , Mattia Miotto , Pier Paolo Olimpieri , Edoardo Milanetti , Giancarlo Ruocco
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe Volume 9 - 2022, 2022, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmolb.2022.874296

Aggregation is a Context-Dependent Constraint on Protein Evolution.

Autoren: Michele Monti; Alexandros Armaos; Marco Fantini; Annalisa Pastore; Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 4, 2021, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers in Molecular Biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2021.678115

SMaRT lncRNA controls translation of a G‐quadruplex‐containing mRNA antagonizing the DHX36 helicase

Autoren: Julie Martone, Davide Mariani, Tiziana Santini, Adriano Setti, Sama Shamloo, Alessio Colantoni, Francesca Capparelli, Alessandro Paiardini, Dacia Dimartino, Mariangela Morlando, Irene Bozzoni
Veröffentlicht in: EMBO reports, Ausgabe 21/6, 2020, ISSN 1469-221X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.201949942

In silico, in vitro, and in vivo Approaches to Identify Molecular Players in Fragile X Tremor and Ataxia Syndrome

Autoren: Saif N. Haify, Teresa Botta-Orfila, Renate K. Hukema, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 7, 2020, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers in Molecular Biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2020.00031

A low-cost, label-free microfluidic scanning flow cytometer for high-accuracy quantification of size and refractive index of particles

Autoren: Riccardo Reale , Giovanna Peruzzi , Maryamsadat Ghoreishi , Helena Stabile, Giancarlo Ruocco ORCID and Marco Leonetti
Veröffentlicht in: Lab on a Chip, Ausgabe Ausgabe 8, 2023, 2023, ISSN 1473-0197
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2lc01179d

FUS ALS-causative mutations impair FUS autoregulation and splicing factor networks through intron retention

Autoren: Jack Humphrey, Nicol Birsa, Carmelo Milioto, Martha McLaughlin, Agnieszka M Ule, David Robaldo, Andrea B Eberle, Rahel Kräuchi, Matthew Bentham, Anna-Leigh Brown, Seth Jarvis, Cristian Bodo, Maria G Garone, Anny Devoy, Gianni Soraru, Alessandro Rosa, Irene Bozzoni, Elizabeth M C Fisher, Oliver Mühlemann, Giampietro Schiavo, Marc-David Ruepp, Adrian M Isaacs, Vincent Plagnol, Pietro Fratta
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/12, 2020, Seite(n) 6889-6905, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa410

RNA‐protein interactions: Central players in coordination of regulatory networks

Autoren: Alexandros Armaos, Elsa Zacco, Natalia Sanchez de Groot, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: BioEssays, Ausgabe 43/2, 2021, Seite(n) 2000118, ISSN 0265-9247
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.202000118

High-Throughput Interactome Determination via Sulfur Anomalous Scattering

Autoren: Mattia Miotto; Edoardo Milanetti; Riccardo Mincigrucci; Claudio Masciovecchio; Giancarlo Ruocco
Veröffentlicht in: the journal of physical chemistry letters, Ausgabe 18, 2024, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.3c03632

TGS1 impacts snRNA 3′-end processing, ameliorates <i>survival motor neuron</i>-dependent neurological phenotypes <i>in vivo</i> and prevents neurodegeneration

Autoren: Chen; Lu; Roake; Caitlin M; Maccallini; Paolo; Bavasso; Francesca; Dehghannasiri; Roozbeh; Santonicola; Pamela; Mendoza-Ferreira; Natalia; Scatolini; Livia; Rizzuti; Ludovico; Esposito; Alessandro; Gallotta; Ivan; Francia; Sofia; Cacchione; Stefano; Galati; Alessandra; Palumbo; Valeria; Kobin; Marie A; Tartaglia; Gian Gaetano; Colantoni; Alessio; Proietti; Gabriele; Wu; Yunming; Hammerschmidt; Mat
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 16, 2022, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford Press
DOI: 10.1093/nar/gkac659

Progressive alteration of murine bladder elasticity in actinic cystitis detected by Brillouin microscopy

Autoren: Laura Martinez-Vidal; Claudia Testi; Emanuele Pontecorvo; Filippo Pederzoli; Elisa Alchera; Irene Locatelli; Chiara Venegoni; Antonello Spinelli; Roberta Lucianò; Andrea Salonia; Alessandro Podestà; Giancarlo Ruocco; Massimo Alfano
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Vol 14, Iss 1, Pp 1-16 (2024), Ausgabe 1, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-51006-2

Two Receptor Binding Strategy of SARS-CoV-2 Is Mediated by Both the N-Terminal and Receptor-Binding Spike Domain

Autoren: Michele Monti; Edoardo Milanetti; Myrthe T. Frans; Mattia Miotto; Lorenzo Di Rienzo; Maksim V. Baranov; Giorgio Gosti; Arun Kumar Somavarapu; Madhu Nagaraj; Thaddeus W. Golbek; Emiel Rossing; Sam J. Moons; Thomas J. Boltje; Geert van den Bogaart; Tobias Weidner; Daniel E. Otzen; Gian Gaetano Tartaglia; Giancarlo Ruocco; Steven J. Roeters
Veröffentlicht in: Journal of Physical Chemistry B, Ausgabe 12, 2024, ISSN 1520-6106
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.3c06258

Identification of long non-coding RNAs and RNA binding proteins in breast cancer subtypes

Autoren: Claudia Cava, Alexandros Armaos, Benjamin Lang, Gian Gaetano Tartaglia, Isabella Castiglioni
Veröffentlicht in: Scientific Reports, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-04664-z

Long non-coding RNA-polycomb intimate rendezvous

Autoren: Andrea Cerase, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Open Biology, Ausgabe 10/9, 2020, Seite(n) 200126, ISSN 2046-2441
Herausgeber: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.200126

Modelling of SHMT1 riboregulation predicts dynamic changes of serine and glycine levels across cellular compartments

Autoren: Michele Monti, Giulia Guiducci, Alessio Paone, Serena Rinaldo, Giorgio Giardina, Francesca Romana Liberati, Francesca Cutruzzolá, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 19, 2021, Seite(n) 3034-3041, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Computational and Structural Biotechnology Journal
DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.019

Phase Separation Drives SARS-CoV-2 Replication: A Hypothesis

Autoren: Vandelli, Andrea; Vocino, Giovanni; Tartaglia, Gian Gaetano
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 19, 2022, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2014-
DOI: 10.3389/fmolb.2022.893067

Inferring the stabilization effects of SARS-CoV-2 variants on the binding with ACE2 receptor

Autoren: Mattia Miotto, Lorenzo Di Rienzo, Giorgio Gosti, Leonardo Bo’, Giacomo Parisi, Roberta Piacentini, Alberto Boffi, Giancarlo Ruocco & Edoardo Milanetti
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 5,20221(2022), 2022, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-021-02946-w

Probing TDP-43 condensation using an in silico designed aptamer

Autoren: Elsa Zacco; Owen Kantelberg; Edoardo Milanetti; Alexandros Armaos; Francesco Paolo Panei; Jenna Gregory; Kiani Jeacock; David J. Clarke; Siddharthan Chandran; Giancarlo Ruocco; Stefano Gustincich; Mathew H. Horrocks; Annalisa Pastore; Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 7, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30944-x

Prediction of protein-RNA interactions from single-cell transcriptomic data

Autoren: Jonathan Fiorentino; Alexandros Armaos; Alessio Colantoni; Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 52, 2024, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae076

Circular RNAs in cell differentiation and development

Autoren: Gaia Di Timoteo; Francesca Rossi; Irene Bozzoni; Irene Bozzoni
Veröffentlicht in: The Company of Biologists Ltd., Ausgabe 1, 2020, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.182725

A Computational Approach to Investigate TDP-43 RNA-Recognition Motif 2 C-Terminal Fragments Aggregation in Amyotrophic Lateral Sclerosis

Autoren: Greta Grassmann; Mattia Miotto; Lorenzo Di Rienzo; Federico Salaris; Beatrice Silvestri; Elsa Zacco; Alessandro Rosa; Gian Gaetano Tartaglia; Giancarlo Ruocco; Edoardo Milanetti
Veröffentlicht in: Biomolecules, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2218-273X
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
DOI: 10.3390/biom11121905

The Interplay Between Disordered Regions in RNAs and Proteins Modulates Interactions Within Stress Granules and Processing Bodies

Autoren: Andrea Vandelli, Fernando Cid Samper, Marc Torrent Burgas, Natalia Sanchez de Groot, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2021, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2021.167159

Differences in the organization of interface residues tunes the stability of the SARS-CoV-2 spike-ACE2 complex

Autoren: Mattia Miotto; Lorenzo Di Rienzo; Greta Grassmann; Greta Grassmann; Fausta Desantis; Fausta Desantis; Gianluca Cidonio; Giorgio Gosti; Giorgio Gosti; Marco Leonetti; Marco Leonetti; Giancarlo Ruocco; Giancarlo Ruocco; Edoardo Milanetti; Edoardo Milanetti
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Vol 10 (2023), Ausgabe 12, 2023, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmolb.2023.1205919

Identification and prediction of G-quadruplex RNA-binding proteins with roles in transcription and phase separation

Autoren: Gian Gaetano Tartaglia; Alexandros Armaos; Johanna Luige; Ulf Ørom
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46731-9

Binding site identification of G protein-coupled receptors through a 3D Zernike polynomials-based method: application to C. elegans olfactory receptors

Autoren: Lorenzo Di Rienzo 1, Luca De Flaviis 2, Giancarlo Ruocco 3 2, Viola Folli 3, Edoardo Milanetti 3 2
Veröffentlicht in: Journal of Computer-Aided Molecular Design 36, Ausgabe 11(2022), 2022, ISSN 1573-4951
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1007/s10822-021-00434-1

cat RAPID omics v2.0 : going deeper and wider in the prediction of protein–RNA interactions

Autoren: Alexandros Armaos, Alessio Colantoni, Gabriele Proietti, Jakob Rupert, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 49/W1, 2021, Seite(n) W72-W79, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab393

FUS Alters circRNA Metabolism in Human Motor Neurons Carrying the ALS-Linked P525L Mutation

Autoren: Alessio Colantoni; Davide Capauto; Vincenzo Alfano; Eleonora D’Ambra; Sara D’Uva; Gian Gaetano Tartaglia; Mariangela Morlando
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 1, 2023, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24043181

Electrostatic complementarity at the interface drives transient protein-protein interactions

Autoren: Greta Grassmann; Lorenzo Di Rienzo; Giorgio Gosti; Marco Leonetti; Giancarlo Ruocco; Mattia Miotto; Edoardo Milanetti
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Vol 13, Iss 1, Pp 1-15 (2023), Ausgabe 18, 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-37130-z

A KO mouse model for the lncRNA Lhx1os produces motor neuron alterations and locomotor impairment

Autoren: Pellegrini F, Padovano V, Biscarini S, Santini T, Setti A, Galfrè SG, Silenzi V, Vitiello E, Mariani D, Nicoletti C, Torromino G, De Leonibus E, Martone J, Bozzoni I.
Veröffentlicht in: iScience, 2022, ISSN 2589-0042
Herausgeber: iScience
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105891

Prediction of gene expression time series and structural analysis of gene regulatory networks using recurrent neural networks

Autoren: Monti, Michele; Fiorentino, Jonathan; Milanetti, Edoardo; Gosti, Giorgio; Tartaglia, Gian Gaetano
Veröffentlicht in: Entropy, Ausgabe 24, 2022, ISSN 1099-4300
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)

Best practice standards for circular RNA research

Autoren: Nielsen AF, Bindereif A, Bozzoni I, Hanan M, Hansen TB, Irimia M, Kadener S, Kristensen LS, Legnini I, Morlando M, Jarlstad Olesen MT, Pasterkamp RJ, Preibisch S, Rajewsky N, Suenkel C, Kjems J.
Veröffentlicht in: NATURE METHODS, 2022, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01487-2

A novel computational strategy for defining the minimal protein molecular surface representation

Autoren: Greta Grassmann,Mattia Miotto,Lorenzo Di Rienzo,Giorgio Gosti,Giancarlo Ruocco,Edoardo Milanetti
Veröffentlicht in: PLOS ONE, 2022, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0266004

Thermometer: a webserver to predict protein thermal stability

Autoren: Mattia Miotto, Alexandros Armaos, Lorenzo Di Rienzo, Giancarlo Ruocco, Edoardo Milanetti, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2022, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab868

A high-throughput approach to predict A-to-I effects on RNA structure indicates a change of double-stranded content in noncoding RNAs.

Autoren: Riccardo Delli Ponti; Laura Broglia; Andrea Vandelli; Alexandros Armaos; Marc Torrent Burgas; Natalia Sanchez de Groot; Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: IUBMB Life ., 2022, ISSN 1521-6551
Herausgeber: John Wiley & Sons
DOI: 10.1002/iub.2673

The protective role of m1A during stress-induced granulation

Autoren: Marion Alriquet, Giulia Calloni, Adrían Martínez-Limón, Riccardo Delli Ponti, Gerd Hanspach, Martin Hengesbach, Gian G. Tartaglia, R. Martin Vabulas
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Cell Biology, Ausgabe 12/11, 2020, Seite(n) 870-880, ISSN 1674-2788
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jmcb/mjaa023

Computational models of dopamine release measured by fast scan cyclic voltammetry in vivo

Autoren: Shashaank N1, Somayaji M2, Miotto M3, Mosharov EV2, Makowicz EA2, Knowles DA1, Ruocco G3, Sulzer DL2
Veröffentlicht in: PNAS Nexus, Ausgabe Volume 2, Ausgabe 3, March 2023, 2023, ISSN 2752-6542
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/pnasnexus/pgad044

Spatial organization of hydrophobic and charged residues affects protein thermal stability and binding affinity

Autoren: Fausta Desantis, Mattia Miotto, Lorenzo Di Rienzo, Edoardo Milanetti & Giancarlo Ruocco
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe Article number: 12087 (2022), 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-16338-5

ORC1 binds to cis-transcribed RNAs for efficient activation of replication origins

Autoren: Aina Maria Mas; Enrique Goñi; Igor Ruiz de los Mozos; Aida Arcas; Luisa Statello; Jovanna González; Lorea Blázquez; Wei Ting Chelsea Lee; Dipika Gupta; Álvaro Sejas; Shoko Hoshina; Alexandros Armaos; Gian Gaetano Tartaglia; Shou Waga; Jernej Ule; Eli Rothenberg; María Gómez; Maite Huarte
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 20, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40105-3

Improved discovery of RNA-binding protein binding sites in eCLIP data using DEWSeq

Autoren: Thomas Schwarzl; Sudeep Sahadevan; Benjamin Lang; Milad Miladi; Rolf Backofen; Wolfgang Huber; Matthias W Hentze; Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 3, 2024, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad998

Direct Visualization and Identification of Membrane Voltage-Gated Sodium Channels from Human iPSC-Derived Neurons by Multiple Imaging and Light Enhanced Spectroscopy

Autoren: Manola Moretti 1, Tania Limongi 2, Claudia Testi 3, Edoardo Milanetti 3 4, Maria Teresa De Angelis 5, Elvira I Parrotta 5, Stefania Scalise 5, Gianluca Santamaria 5, Marco Allione 1, Sergei Lopatin 6, Bruno Torre 1, Peng Zhang 1, Monica Marini 2, Gerardo Perozziello 7, Patrizio Candeloro 7, Candido Fabrizio Pirri 2, Giancarlo Ruocco 4, Giovanni Cuda 5, Enzo Di Fabrizio 2
Veröffentlicht in: small methods, Ausgabe 2022 Jul;6(7), 2022, ISSN 2366-9608
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/smtd.202200402

New lessons on TDP-43 from old N. furzeri killifish

Autoren: Alexandra Louka, Sara Bagnoli, Jakob Rupert, Benjamin Esapa, Gian Gaetano Tartaglia, Alessandro Cellerino, Annalisa Pastore, Eva Terzibasi Tozzini
Veröffentlicht in: Aging Cell, 2021, ISSN 1474-9726
Herausgeber: John Wiley & Sons
DOI: 10.1111/acel.13517

HOTAIRM1 regulates neuronal differentiation by modulating NEUROGENIN 2 and the downstream neurogenic cascade

Autoren: Jessica Rea, Valentina Menci, Paolo Tollis, Tiziana Santini, Alexandros Armaos, Maria Giovanna Garone, Federica Iberite, Andrea Cipriano, Gian Gaetano Tartaglia, Alessandro Rosa, Monica Ballarino, Pietro Laneve, Elisa Caffarelli
Veröffentlicht in: Cell Death & Disease, Ausgabe 11/7, 2020, ISSN 2041-4889
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41419-020-02738-w

A longitudinal study defined circulating microRNAs as reliable biomarkers for disease prognosis and progression in ALS human patients

Autoren: Dobrowolny G, Martone J, Lepore E, Casola I, Petrucci A, Inghilleri M, Morlando M, Colantoni A, Scicchitano BM, Calvo A, Bisogni G, Chiò A, Sabatelli M, Bozzoni I, Musarò A.
Veröffentlicht in: Cell Death Discovery, 2021, ISSN 2058-7716
Herausgeber: Cell Death Discovery
DOI: 10.1038/s41420-020-00397-6

Dynamical changes of SARS-CoV-2 spike variants in the highly immunogenic regions impact the viral antibodies escaping

Autoren: Lorenzo Di Rienzo, Mattia Miotto, Fausta Desantis, Greta Grassmann, Giancarlo Ruocco, Edoardo Milanetti
Veröffentlicht in: Proteins, Ausgabe April, 2023, 2023, ISSN 0887-3585
Herausgeber: Wiley-Liss Inc
DOI: 10.1002/prot.26497

Computational Modeling of the Thermodynamics of the Mesophilic and Thermophilic Mutants of Trp-Cage Miniprotein

Autoren: Leonardo Bo , Edoardo Milanetti 1 2, Cheng Giuseppe Chen 3, Giancarlo Ruocco 2 1, Andrea Amadei 4, Marco D'Abramo 3
Veröffentlicht in: ACS Omega, Ausgabe 2022, 7, 16, 2022, Seite(n) 13448–13454, ISSN 2470-1343
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.1c06206

New lessons on TDP-43 from the killifish N. furzeri

Autoren: Alexandra Louka; Sara Bagnoli; Jakob Rupert; Esapa B; Gian Gaetano Tartaglia; Alessandro Cellerino; Annalisa Pastore; Eva Terzibasi Tozzini
Veröffentlicht in: Aging Cell ., Ausgabe 22, 2022, ISSN 1474-9718
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1101/2021.02.04.429704

Mitochondria inter-organelle relationships in cancer protein aggregation

Autoren: Ilaria Genoves, Ersilia Fornetti, Giancarlo Ruocco
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Ausgabe 2022 Dec 19;10:1062993, 2022, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fcell.2022.1062993

Trans‐generational epigenetic regulation associated with the amelioration of Duchenne Muscular Dystrophy

Autoren: Julie Martone, Michela Lisi, Francesco Castagnetti, Alessandro Rosa, Valerio Di Carlo, Enrique Blanco, Adriano Setti, Davide Mariani, Alessio Colantoni, Tiziana Santini, Lucia Perone, Luciano Di Croce, Irene Bozzoni
Veröffentlicht in: EMBO Molecular Medicine, Ausgabe 12/8, 2020, ISSN 1757-4676
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.15252/emmm.202012063

Computational structural-based GPCR optimization for user-defined ligand: Implications for the development of biosensors

Autoren: Lorenzo Di Rienzo; Mattia Miotto; Edoardo Milanetti; Giancarlo Ruocco
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Vol 21, Iss , Pp 3002-3009 (2023), Ausgabe 8, 2023, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Science Direct
DOI: 10.1016/j.csbj.2023.05.004

Lactoferrin Inhibition of the Complex Formation between ACE2 Receptor and SARS CoV-2 Recognition Binding Domain

Autoren: Roberta Piacentini ,Laura Centi ,Mattia Miotto ,Edoardo Milanetti ,Lorenzo Di Rienzo ,Martina Pitea Paolo Piazza ,Giancarlo Ruocco ,Alberto Boffi andGiacomo Parisi
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Science, Ausgabe 2022, 23(10), 5436, 2022, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23105436

Physics-informed loss function for a deep neural network for Poissonian noise reduction

Autoren: Emmanouil Xypakis; Valeria De Turis; Fabrizio Gala; Giancarlo Ruocco; Marco Leonetti
Veröffentlicht in: Optic Express, Ausgabe 9, 2023, ISSN 1094-4087
Herausgeber: Optical Society of America
DOI: 10.21203/rs.3.rs-2049014/v1

The m6A reader YTHDC1 and the RNA helicase DDX5 control the production of rhabdomyosarcoma-enriched circRNAs

Autoren: Dattilo D, Di Timoteo G, Setti A, Giuliani A, Peruzzi G, Beltran Nebot M, Centrón-Broco A, Mariani D, Mozzetta C, Bozzoni I.
Veröffentlicht in: Nature Comunication, Ausgabe 2023 Apr 5, 2023, Seite(n) 14(1):1898, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37578-7

Structural analysis of SARS-CoV-2 genome and predictions of the human interactome

Autoren: Andrea Vandelli, Michele Monti, Edoardo Milanetti, Alexandros Armaos, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Elias Bechara, Riccardo Delli Ponti, Gian Gaetano Tartaglia
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/20, 2020, Seite(n) 11270-11283, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa864

Modulation of circRNA Metabolism by m6A Modification

Autoren: i Timoteo G, Dattilo D, Centrón-Broco A, Colantoni A, Guarnacci M, Rossi F, Incarnato D, Oliviero S, Fatica A, Morlando M, Bozzoni I.
Veröffentlicht in: Cell Reports, 2020, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.107641

Computational Approaches to Predict Protein–Protein Interactions in Crowded Cellular Environments

Autoren: Greta Grassmann; Mattia Miotto; Fausta Desantis; Lorenzo Di Rienzo; Gian Gaetano Tartaglia; Annalisa Pastore; Giancarlo Ruocco; Michele Monti; Edoardo Milanetti
Veröffentlicht in: Chemical Reviews, Ausgabe 3, 2024, ISSN 0009-2665
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.3c00550

Circ-Hdgfrp3 shuttles along neurites and is trapped in aggregates formed by ALS-associated mutant FUS

Autoren: D'Ambra E, Santini T, Vitiello E, D'Uva S, Silenzi V, Morlando M, Bozzoni I.
Veröffentlicht in: ISCIENCE, 2021, ISSN 2589-0042
Herausgeber: ISCIENCE
DOI: 10.1016/j.isci.2021.103504

Emerging Role for Linear and Circular Spermine Oxidase RNAs in Skeletal Muscle Physiopathology

Autoren: Reinoso-Sánchez JF, Baroli G, Duranti G, Scaricamazza S, Sabatini S, Valle C, Morlando M, Casero RA Jr, Bozzoni I, Mariottini P, Ceci R, Cervelli M.
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2020, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms21218227

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