Projektbeschreibung
Genregulation und Funktion des 3D-Genoms
Die dreidimensionale Organisation des Genoms im Inneren des Zellkerns, das sogenannte 3D-Genom (3DG), ist von entscheidender Bedeutung für die Genregulation. Die Bausteine des 3DG sind bereits bestimmt worden, jedoch ist ihr Beitrag zur Genregulation noch nicht klar. Das EU-finanzierte Projekt FuncDis3D hat nun zum Ziel, das 3DG funktionell zu zerlegen, um seine Auswirkungen auf die Genexpression zu erforschen. Dem Ansatz nach sollen durch akuten Proteinabbau Veränderungen im 3DG induziert und diese Veränderungen im Zeitverlauf bewertet werden. Die vorläufigen Daten zeigen, dass durch die Dezimierung von Regulatoren des 3DG die Veränderungen innerhalb weniger Stunden auftreten. Die Forschungsgruppe wird etliche Proteine in pluripotenten und differenzierten Zellen abbauen, um ihren Beitrag zur Organisation der 3DG zu bestimmen. Die gleichzeitige Charakterisierung des Epigenoms und des Transkriptoms wird es ermöglichen, die Reihenfolge der Veränderungen festzustellen.
Ziel
The three-dimensional organization of the genome inside the nucleus (3DG) is crucial for gene regulation. Although the fundamental building blocks of the 3DG have been identified, how they contribute to gene regulation is incompletely understood. In recent years my lab has started to functionally dissect the 3DG in order to understand the effects on gene expression. The current proposal intends to expand this work and aims to i) broaden the array of proteins that are known organize the 3DG, ii) determine how loss of these proteins affects the 3DG and iii) elucidate how this influences gene expression.
The key to this is to induce changes in the 3DG by acute protein depletion and measuring changes over time. We have preliminary data showing that by depleting regulators of the 3DG we can induce changes within a few hours. We will deplete a range of proteins in pluripotent and differentiated cells to determine their contribution to 3DG organization. Simultaneous characterization of the epigenome and transcriptome will allow us to determine the sequence of changes. In addition, we will perform Thousands of Reporters Integrated in Parallel (TRIP) after perturbation of the 3DG. TRIP reporters all have the same minimal promoter that acts as a sensor for promoter-enhancer (mis)-communication. By combining TRIP with 4C we can measure the changes in the reporter-enhancer interaction landscape. Our data will generate fundamental insight into the parameters that govern the interactions between promoters and regulatory elements, within the context of the 3DG, and their effects on gene expression. Furthermore, it allows us to determine the temporal order of changes in the 3DG, the epigenome and gene expression, which is essential for the establishment of cause-and-effect relationships. Collectively, our data will lead to a better appreciation of how distal and proximal regulatory regions cooperate to establish cell-type specific gene expression programs.
Wissenschaftliches Gebiet
Programm/Programme
Thema/Themen
Finanzierungsplan
ERC-COG - Consolidator GrantGastgebende Einrichtung
1066 CX Amsterdam
Niederlande