Deconstructing gene regulation through functional dissection of the 3D genome

Projektinformationen

FuncDis3D

ID Finanzhilfevereinbarung: 865459

DOI

10.3030/865459

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 25 Februar 2020

Startdatum 1 September 2020

Enddatum 31 August 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 999 925,00

EU-Beitrag

€ 1 997 425,00

Koordiniert durch

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

Pioneer activity distinguishes activating from non‐activating <scp>SOX2</scp> binding sites

Autoren: Michela Maresca, Teun van den Brand, Hangpeng Li, Hans Teunissen, James Davies, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 42, 2025, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2022113150

Coordinated control of genome–nuclear lamina interactions by topoisomerase 2B and lamin B receptor

Autoren: Tom van Schaik, Mikhail Magnitov, Marcel de Haas, Jeremie Breda, Elzo de Wit, Anna G Manjon, René H Medema, Henrike Johanna Gothe, Vassilis Roukos, Adam J Buckle, Catherine Naughton, Nick Gilbert, Bas van Steensel, Stefano G Manzo
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 53, 2025, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf964

Extrusion fountains are restricted by WAPL-dependent cohesin release and CTCF barriers

Autoren: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne M G A Schijns, Tom van Schaik, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 53, 2025, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf549

Synergy between regulatory elements can render cohesin dispensable for distal enhancer function

Autoren: Karissa L. Hansen, Annie S. Adachi, Luca Braccioli, Smit Kadvani, Ryan M. Boileau, Moreno Martinovic, Bozhena Pokorny, Rini Shah, Erika C. Anderson, Kaite Zhang, Irié Carel, Kenya Bonitto, Robert Blelloch, Geoffrey Fudenberg, Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 391, 2026, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adt4221

Interactions between the genome and the nuclear lamina are multivalent and cooperative

Autoren: Lise Dauban, Mathias Eder, Marcel de Haas, Vinícius H. Franceschini-Santos, J. Omar Yañez-Cuna, Moreno Martinovic, Tom van Schaik, Christ Leemans, Hans Teunissen, Koen Rademaker, Miguel Martinez Ara, Martijn Verkuilen, Elzo de Wit, Bas van Steensel
Veröffentlicht in: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Ausgabe 32, 2025, Seite(n) 2335-2348, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-025-01655-w

WAPL maintains a cohesin loading cycle to preserve cell-type-specific distal gene regulation

Autoren: Ning Qing Liu, Michela Maresca, Teun van den Brand, Luca Braccioli, Marijne M. G. A. Schijns, Hans Teunissen, Benoit G. Bruneau, Elphѐge P. Nora & Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Nature Genetics, 2021, ISSN 1546-1718
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41588-020-00744-4

ZNF143 is a transcriptional regulator of nuclear-encoded mitochondrial genes that acts independently of looping and CTCF

Autoren: Mikhail D. Magnitov, Michela Maresca, Noemí Alonso Saiz, Hans Teunissen, Jinhong Dong, Kizhakke M. Sathyan, Luca Braccioli, Michael J. Guertin, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 85, 2025, Seite(n) 24-41.e11, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.11.031

SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors

Autoren: Ning Qing Liu, Irene Paassen, Lars Custers, Peter Zeller, Hans Teunissen, Dilara Ayyildiz, Jiayou He, Juliane Laura Buhl, Eelco Wieger Hoving, Alexander van Oudenaarden, Elzo de Wit, Jarno Drost
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43498-3

New insights into genome folding by loop extrusion from inducible degron technologies

Autoren: Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Veröffentlicht in: Nature Reviews Genetics, Ausgabe 24, 2023, Seite(n) 73-85, ISSN 1471-0056
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-022-00530-4

Attraction and disruption: how loop extrusion and compartmentalisation shape the nuclear genome

Autoren: Mikhail Magnitov, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Current Opinion in Genetics &amp; Development, Ausgabe 86, 2025, Seite(n) 102194, ISSN 0959-437X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2024.102194

Understanding and reversing mammary tumor-driven reprogramming of myelopoiesis to reduce metastatic spread

Autoren: Hannah Garner, Moreno Martinovic, Ning Qing Liu, Noor A.M. Bakker, Irene Querol Velilla, Cheei-Sing Hau, Kim Vrijland, Daphne Kaldenbach, Marleen Kok, Elzo de Wit, Karin E. de Visser
Veröffentlicht in: Cancer Cell, Ausgabe 43, 2025, Seite(n) 1279-1295.e9, ISSN 1535-6108
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.ccell.2025.04.007

The cohesin acetylation cycle controls chromatin loop length through a PDS5A brake mechanism

Autoren: Marjon S. van Ruiten, Démi van Gent, Ángela Sedeño Cacciatore, Astrid Fauster, Laureen Willems, Maarten L. Hekkelman, Liesbeth Hoekman, Maarten Altelaar, Judith H. I. Haarhuis, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland
Veröffentlicht in: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Ausgabe 29, 2022, Seite(n) 586-591, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00773-z

A 3D genome compendium of breast cancer progression

Autoren: Teun van den Brand, Maria Donaldson Collier, Koen D. Flach, Sebastian Gregoricchio, Isabel Mayayo-Peralta, Zhanna Dauyey, Karianne Schuurman, Hans Teunissen, Wilbert Zwart, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 28, 2026, Seite(n) 113268, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2025.113268

Identifying cross-lineage dependencies of cell-type specific regulators in gastruloids

Autoren: Luca Braccioli, Teun van den Brand, Noemi Alonso Saiz, Charis Fountas, Patrick H. N. Celie, Justina Kazokaitė-Adomaitienė, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Developmental Cell, 2026, ISSN 1878-1551
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.11.01.514697

Other (1)

Rapid depletion of CTCF and cohesin proteins reveals dynamic features of chromosome architecture

Autoren: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne Schijns, Tom van Schaik, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.08.27.457977