Three-dimensional dynamic views of proteomes as a novel readout for physiological and pathological alterations

Informations projet

Proteomes-in-3D

N° de convention de subvention: 866004

DOI

10.3030/866004

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Février 2020

Date de début 1 Mars 2020

Date de fin 28 Février 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 000 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 000 000,00

Coordonné par

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (21)

Mechanism of connexin channel inhibition by mefloquine and 2-aminoethoxydiphenyl borate

Auteurs: Pia Lavriha, Yufei Han, Xinyue Ding, Dina Schuster, Chao Qi, Anand Vaithia, Paola Picotti, Volodymyr M. Korkhov
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 19, 2024, Page(s) e0315510, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0315510

Systematic detection of functional proteoform groups from bottom-up proteomic datasets

Auteurs: Bludau, Isabell Frank, Max Dörig, Christian Cai, Yujia Heusel, Moritz Rosenberger, George Picotti, Paola Collins, Ben C. Röst, Hannes Aebersold, Ruedi
Publié dans: Nature Communications, Numéro 20411723, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24030-x

An approach to characterize mechanisms of action of anti-amyloidogenic compounds in vitro and in situ

Auteurs: P. Stalder, T. Serdiuk, D. Ghosh, Y. Fleischmann, N. Ait-Bouziad, J.-P. Quast, L. Malinovska, A. Ouared, A. Davranche, W. Haenseler, C. Boudou, E. Tsika, J. Stöhr, R. Melki, R. Riek, N. de Souza, P. Picotti
Publié dans: npj Parkinson's Disease, Numéro 11, 2025, ISSN 2373-8057
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41531-025-00966-5

Molecular and functional landscape of malignant serous effusions for precision oncology

Auteurs: Rebekka Wegmann, Lorenz Bankel, Yasmin Festl, Kate Lau, Sohyon Lee, Fabian Arnold, Valentina Cappelletti, Aaron Fehr, Paola Picotti, Konstantin J. Dedes, Daniel Franzen, Daniela Lenggenhager, Peter K. Bode, Martin Zoche, Holger Moch, Christian Britschgi, Berend Snijder
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52694-8

Comparative analysis of the intracellular responses to disease-related aggregation-prone proteins

Auteurs: Melnik, Andre Cappelletti, Valentina Vaggi, Federico Piazza, Ilaria Tognetti, Marco Schwarz, Carmen Cereghetti, Gea Ahmed, Mennat A. Soste, Martin Matlack, Kent de Souza, Natalie Csikasz-Nagy, Attila Picotti, Paola
Publié dans: Journal of Proteomics, Numéro 18743919, 2020, ISSN 1874-3919
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2020.103862

USP16 counteracts mono-ubiquitination of RPS27a and promotes maturation of the 40S ribosomal subunit

Auteurs: Montellese, Christian van den Heuvel, Jasmin Ashiono, Caroline Dörner, Kerstin Melnik, André Jonas, Stefanie Zemp, Ivo Picotti, Paola Gillet, Ludovic C. Kutay, Ulrike
Publié dans: eLife, Numéro 2050084X, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.54435

Analysis of Limited Proteolysis-Coupled Mass Spectrometry Data

Auteurs: Luise Nagel, Jan Grossbach, Valentina Cappelletti, Christian Dörig, Paola Picotti, Andreas Beyer
Publié dans: Molecular & Cellular Proteomics, Numéro 24, 2025, Page(s) 100934, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2025.100934

Global profiling of protein complex dynamics with an experimental library of protein interaction markers

Auteurs: Christian Dörig, Cathy Marulli, Thomas Peskett, Norbert Volkmar, Lorenzo Pantolini, Gabriel Studer, Camilla Paleari, Fabian Frommelt, Torsten Schwede, Natalie de Souza, Yves Barral, Paola Picotti
Publié dans: Nature Biotechnology, 2024, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02432-8

Combining data integration and molecular dynamics for target identification in α-Synuclein-aggregating neurodegenerative diseases: Structural insights on Synaptojanin-1 (Synj1).

Auteurs: Kirsten Jenkins; Teodora Mateeva; István Szabó; Andre Melnik; Paola Picotti; Attila Csikász-Nagy; Attila Csikász-Nagy; Edina Rosta
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Vol 18, Iss , Pp 1032-1042 (2020), Numéro 20010370, 2020, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.3929/ethz-b-000465810

Comparative analysis of cancer cell responses to targeted radionuclide therapy (TRT) and external beam radiotherapy (EBRT)

Auteurs: Grzmil, Michal Boersema, Paul Sharma, Ashish Blanc, Alain Imobersteg, Stefan Pruschy, Martin Picotti, Paola Schibli, Roger Behe, Martin
Publié dans: Journal of Hematology & Oncology, Numéro 17568722, 2022, ISSN 1756-8722
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13045-022-01343-y

Combining CRISPRi and metabolomics for functional annotation of compound libraries

Auteurs: Miquel Anglada-Girotto; Gabriel Handschin; Karin Ortmayr; Adrian I. Campos; Ludovic Gillet; Pablo Manfredi; Claire V. Mulholland; Michael Berney; Urs Jenal; Paola Picotti; Mattia Zampieri
Publié dans: Nature Chemical Biology, 18 (5), Numéro 15524469, 2022, ISSN 1552-4469
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41589-022-00970-3

Dynamic 3D proteomes reveal protein functional alterations at high resolution in situ

Auteurs: Valentina Cappelletti, Thomas Hauser, Ilaria Piazza, Monika Pepelnjak, Liliana Malinovska, Tobias Fuhrer, Yaozong Li, Christian Dörig, Paul Boersema, Ludovic Gillet, Jan Grossbach, Aurelien Dugourd, Julio Saez-Rodriguez, Andreas Beyer, Nicola Zamboni, Amedeo Caflisch, Natalie de Souza, Paola Picotti
Publié dans: Cell, Numéro 184/2, 2021, Page(s) 545-559.e22, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.12.021

Systematic detection of functional proteoform groups from bottom-up proteomic datasets

Auteurs: Isabell Bludau; Isabell Bludau; Max Frank; Christian Dörig; Yujia Cai; Moritz Heusel; Moritz Heusel; George Rosenberger; George Rosenberger; Paola Picotti; Ben C. Collins; Ben C. Collins; Hannes L. Röst; Ruedi Aebersold; Ruedi Aebersold
Publié dans: Nature Communications, 12 (1), Numéro 5, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000491987

Detecting Protein-Small Molecule Interactions Using Limited Proteolysis-Mass Spectrometry (LiP-MS).

Auteurs: Monika Pepelnjak; Natalie de Souza; Natalie de Souza; Paola Picotti
Publié dans: Trends in Biochemical Sciences, Numéro 3, 2020, ISSN 0968-0004
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.3929/ethz-b-000441347

A machine learning-based chemoproteomic approach to identify drug targets and binding sites in complex proteomes

Auteurs: Ilaria Piazza, Nigel Beaton, Roland Bruderer, Thomas Knobloch, Crystel Barbisan, Lucie Chandat, Alexander Sudau, Isabella Siepe, Oliver Rinner, Natalie de Souza, Paola Picotti, Lukas Reiter
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18071-x

Global, in situ analysis of the structural proteome in individuals with Parkinson’s disease to identify a new class of biomarker

Auteurs: Mackmull, Marie-Therese Nagel, Luise Sesterhenn, Fabian Muntel, Jan Grossbach, Jan Stalder, Patrick Bruderer, Roland Reiter, Lukas van de Berg, Wilma D.J. de Souza, Natalie Beyer, Andreas Picotti, Paola
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 14764687, 2022, ISSN 1476-4687
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41594-022-00837-0

Pyruvate kinase variant of fission yeast tunes carbon metabolism, cell regulation, growth and stress resistance

Auteurs: Kamrad, Stephan Grossbach, Jan Rodríguez-López, Maria Mülleder, Michael Townsend, StJohn Cappelletti, Valentina Stojanovski, Gorjan Correia-Melo, Clara Picotti, Paola Beyer, Andreas Ralser, Markus Bähler, Jürg
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 17444292, 2020, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20199270

Deciphering the signaling network of breast cancer improves drug sensitivity prediction.

Auteurs: Marco Tognetti; Attila Gábor; Attila Gábor; Mi Yang; Mi Yang; Valentina Cappelletti; Jonas Windhager; Oscar M. Rueda; Konstantina Charmpi; Elham Esmaeilishirazifard; Elham Esmaeilishirazifard; Alejandra Bruna; Natalie de Souza; Natalie de Souza; Carlos Caldas; Carlos Caldas; Andreas Beyer; Paola Picotti; Julio Saez-Rodriguez; Julio Saez-Rodriguez; Bernd Bodenmiller
Publié dans: Cell Systems, 12 (5), Numéro 24054720, 2021, ISSN 2405-4720
Éditeur: CellPress
DOI: 10.3929/ethz-b-000485506

Structure of Mycobacterium tuberculosis Cya, an evolutionary ancestor of the mammalian membrane adenylyl cyclases

Auteurs: Mehta, Ved Khanppnavar, Basavraj Schuster, Dina Kantarci, Ilayda Vercellino, Irene Kosturanova, Angela Iype, Tarun Stefanic, Sasa Picotti, Paola Korkhov, Volodymyr M.
Publié dans: eLife, Numéro 2050084X, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.77032

In situ analysis of osmolyte mechanisms of proteome thermal stabilization

Auteurs: Monika Pepelnjak, Britta Velten, Nicolas Näpflin, Tatjana von Rosen, Umberto Capasso Palmiero, Jeong Hoon Ko, Heather D. Maynard, Paolo Arosio, Eilika Weber-Ban, Natalie de Souza, Wolfgang Huber, Paola Picotti
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) 1053-1065, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-024-01568-7

Reversible amyloids of pyruvate kinase couple cell metabolism and stress granule disassembly

Auteurs: Gea Cereghetti, Caroline Wilson-Zbinden, Vera M. Kissling, Maren Diether, Alexandra Arm, Haneul Yoo, Ilaria Piazza, Shady Saad, Paola Picotti, D. Allan Drummond, Uwe Sauer, Reinhard Dechant, Matthias Peter
Publié dans: Nature Cell Biology, Numéro 23/10, 2021, Page(s) 1085-1094, ISSN 1465-7392
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-021-00760-4

Monographic books (1)

Limited Proteolysis-Mass Spectrometry to Identify Metabolite-Protein Interactions

Auteurs: Aleš Holfeld, Jan-Philipp Quast, Roland Bruderer, Lukas Reiter, Natalie de Souza & Paola Picotti
Publié dans: Cell-Wide Identification of Metabolite-Protein Interactions, 2022, ISBN 978-1-0716-2624-5
Éditeur: Springer Nature