Three-dimensional dynamic views of proteomes as a novel readout for physiological and pathological alterations

Projektinformationen

Proteomes-in-3D

ID Finanzhilfevereinbarung: 866004

DOI

10.3030/866004

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 19 Februar 2020

Startdatum 1 März 2020

Enddatum 28 Februar 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 000 000,00

EU-Beitrag

€ 2 000 000,00

Koordiniert durch

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (21)

Mechanism of connexin channel inhibition by mefloquine and 2-aminoethoxydiphenyl borate

Autoren: Pia Lavriha, Yufei Han, Xinyue Ding, Dina Schuster, Chao Qi, Anand Vaithia, Paola Picotti, Volodymyr M. Korkhov
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 19, 2024, Seite(n) e0315510, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0315510

Systematic detection of functional proteoform groups from bottom-up proteomic datasets

Autoren: Bludau, Isabell Frank, Max Dörig, Christian Cai, Yujia Heusel, Moritz Rosenberger, George Picotti, Paola Collins, Ben C. Röst, Hannes Aebersold, Ruedi
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 20411723, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24030-x

An approach to characterize mechanisms of action of anti-amyloidogenic compounds in vitro and in situ

Autoren: P. Stalder, T. Serdiuk, D. Ghosh, Y. Fleischmann, N. Ait-Bouziad, J.-P. Quast, L. Malinovska, A. Ouared, A. Davranche, W. Haenseler, C. Boudou, E. Tsika, J. Stöhr, R. Melki, R. Riek, N. de Souza, P. Picotti
Veröffentlicht in: npj Parkinson's Disease, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2373-8057
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41531-025-00966-5

Molecular and functional landscape of malignant serous effusions for precision oncology

Autoren: Rebekka Wegmann, Lorenz Bankel, Yasmin Festl, Kate Lau, Sohyon Lee, Fabian Arnold, Valentina Cappelletti, Aaron Fehr, Paola Picotti, Konstantin J. Dedes, Daniel Franzen, Daniela Lenggenhager, Peter K. Bode, Martin Zoche, Holger Moch, Christian Britschgi, Berend Snijder
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52694-8

Comparative analysis of the intracellular responses to disease-related aggregation-prone proteins

Autoren: Melnik, Andre Cappelletti, Valentina Vaggi, Federico Piazza, Ilaria Tognetti, Marco Schwarz, Carmen Cereghetti, Gea Ahmed, Mennat A. Soste, Martin Matlack, Kent de Souza, Natalie Csikasz-Nagy, Attila Picotti, Paola
Veröffentlicht in: Journal of Proteomics, Ausgabe 18743919, 2020, ISSN 1874-3919
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2020.103862

USP16 counteracts mono-ubiquitination of RPS27a and promotes maturation of the 40S ribosomal subunit

Autoren: Montellese, Christian van den Heuvel, Jasmin Ashiono, Caroline Dörner, Kerstin Melnik, André Jonas, Stefanie Zemp, Ivo Picotti, Paola Gillet, Ludovic C. Kutay, Ulrike
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 2050084X, 2020, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.54435

Analysis of Limited Proteolysis-Coupled Mass Spectrometry Data

Autoren: Luise Nagel, Jan Grossbach, Valentina Cappelletti, Christian Dörig, Paola Picotti, Andreas Beyer
Veröffentlicht in: Molecular & Cellular Proteomics, Ausgabe 24, 2025, Seite(n) 100934, ISSN 1535-9476
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2025.100934

Global profiling of protein complex dynamics with an experimental library of protein interaction markers

Autoren: Christian Dörig, Cathy Marulli, Thomas Peskett, Norbert Volkmar, Lorenzo Pantolini, Gabriel Studer, Camilla Paleari, Fabian Frommelt, Torsten Schwede, Natalie de Souza, Yves Barral, Paola Picotti
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, 2024, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02432-8

Combining data integration and molecular dynamics for target identification in α-Synuclein-aggregating neurodegenerative diseases: Structural insights on Synaptojanin-1 (Synj1).

Autoren: Kirsten Jenkins; Teodora Mateeva; István Szabó; Andre Melnik; Paola Picotti; Attila Csikász-Nagy; Attila Csikász-Nagy; Edina Rosta
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Vol 18, Iss , Pp 1032-1042 (2020), Ausgabe 20010370, 2020, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.3929/ethz-b-000465810

Comparative analysis of cancer cell responses to targeted radionuclide therapy (TRT) and external beam radiotherapy (EBRT)

Autoren: Grzmil, Michal Boersema, Paul Sharma, Ashish Blanc, Alain Imobersteg, Stefan Pruschy, Martin Picotti, Paola Schibli, Roger Behe, Martin
Veröffentlicht in: Journal of Hematology & Oncology, Ausgabe 17568722, 2022, ISSN 1756-8722
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13045-022-01343-y

Combining CRISPRi and metabolomics for functional annotation of compound libraries

Autoren: Miquel Anglada-Girotto; Gabriel Handschin; Karin Ortmayr; Adrian I. Campos; Ludovic Gillet; Pablo Manfredi; Claire V. Mulholland; Michael Berney; Urs Jenal; Paola Picotti; Mattia Zampieri
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, 18 (5), Ausgabe 15524469, 2022, ISSN 1552-4469
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41589-022-00970-3

Dynamic 3D proteomes reveal protein functional alterations at high resolution in situ

Autoren: Valentina Cappelletti, Thomas Hauser, Ilaria Piazza, Monika Pepelnjak, Liliana Malinovska, Tobias Fuhrer, Yaozong Li, Christian Dörig, Paul Boersema, Ludovic Gillet, Jan Grossbach, Aurelien Dugourd, Julio Saez-Rodriguez, Andreas Beyer, Nicola Zamboni, Amedeo Caflisch, Natalie de Souza, Paola Picotti
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 184/2, 2021, Seite(n) 545-559.e22, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.12.021

Systematic detection of functional proteoform groups from bottom-up proteomic datasets

Autoren: Isabell Bludau; Isabell Bludau; Max Frank; Christian Dörig; Yujia Cai; Moritz Heusel; Moritz Heusel; George Rosenberger; George Rosenberger; Paola Picotti; Ben C. Collins; Ben C. Collins; Hannes L. Röst; Ruedi Aebersold; Ruedi Aebersold
Veröffentlicht in: Nature Communications, 12 (1), Ausgabe 5, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000491987

Detecting Protein-Small Molecule Interactions Using Limited Proteolysis-Mass Spectrometry (LiP-MS).

Autoren: Monika Pepelnjak; Natalie de Souza; Natalie de Souza; Paola Picotti
Veröffentlicht in: Trends in Biochemical Sciences, Ausgabe 3, 2020, ISSN 0968-0004
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.3929/ethz-b-000441347

A machine learning-based chemoproteomic approach to identify drug targets and binding sites in complex proteomes

Autoren: Ilaria Piazza, Nigel Beaton, Roland Bruderer, Thomas Knobloch, Crystel Barbisan, Lucie Chandat, Alexander Sudau, Isabella Siepe, Oliver Rinner, Natalie de Souza, Paola Picotti, Lukas Reiter
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18071-x

Global, in situ analysis of the structural proteome in individuals with Parkinson’s disease to identify a new class of biomarker

Autoren: Mackmull, Marie-Therese Nagel, Luise Sesterhenn, Fabian Muntel, Jan Grossbach, Jan Stalder, Patrick Bruderer, Roland Reiter, Lukas van de Berg, Wilma D.J. de Souza, Natalie Beyer, Andreas Picotti, Paola
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, Ausgabe 14764687, 2022, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41594-022-00837-0

Pyruvate kinase variant of fission yeast tunes carbon metabolism, cell regulation, growth and stress resistance

Autoren: Kamrad, Stephan Grossbach, Jan Rodríguez-López, Maria Mülleder, Michael Townsend, StJohn Cappelletti, Valentina Stojanovski, Gorjan Correia-Melo, Clara Picotti, Paola Beyer, Andreas Ralser, Markus Bähler, Jürg
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 17444292, 2020, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20199270

Deciphering the signaling network of breast cancer improves drug sensitivity prediction.

Autoren: Marco Tognetti; Attila Gábor; Attila Gábor; Mi Yang; Mi Yang; Valentina Cappelletti; Jonas Windhager; Oscar M. Rueda; Konstantina Charmpi; Elham Esmaeilishirazifard; Elham Esmaeilishirazifard; Alejandra Bruna; Natalie de Souza; Natalie de Souza; Carlos Caldas; Carlos Caldas; Andreas Beyer; Paola Picotti; Julio Saez-Rodriguez; Julio Saez-Rodriguez; Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Cell Systems, 12 (5), Ausgabe 24054720, 2021, ISSN 2405-4720
Herausgeber: CellPress
DOI: 10.3929/ethz-b-000485506

Structure of Mycobacterium tuberculosis Cya, an evolutionary ancestor of the mammalian membrane adenylyl cyclases

Autoren: Mehta, Ved Khanppnavar, Basavraj Schuster, Dina Kantarci, Ilayda Vercellino, Irene Kosturanova, Angela Iype, Tarun Stefanic, Sasa Picotti, Paola Korkhov, Volodymyr M.
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 2050084X, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.77032

In situ analysis of osmolyte mechanisms of proteome thermal stabilization

Autoren: Monika Pepelnjak, Britta Velten, Nicolas Näpflin, Tatjana von Rosen, Umberto Capasso Palmiero, Jeong Hoon Ko, Heather D. Maynard, Paolo Arosio, Eilika Weber-Ban, Natalie de Souza, Wolfgang Huber, Paola Picotti
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 1053-1065, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-024-01568-7

Reversible amyloids of pyruvate kinase couple cell metabolism and stress granule disassembly

Autoren: Gea Cereghetti, Caroline Wilson-Zbinden, Vera M. Kissling, Maren Diether, Alexandra Arm, Haneul Yoo, Ilaria Piazza, Shady Saad, Paola Picotti, D. Allan Drummond, Uwe Sauer, Reinhard Dechant, Matthias Peter
Veröffentlicht in: Nature Cell Biology, Ausgabe 23/10, 2021, Seite(n) 1085-1094, ISSN 1465-7392
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-021-00760-4

Monographic books (1)

Limited Proteolysis-Mass Spectrometry to Identify Metabolite-Protein Interactions

Autoren: Aleš Holfeld, Jan-Philipp Quast, Roland Bruderer, Lukas Reiter, Natalie de Souza & Paola Picotti
Veröffentlicht in: Cell-Wide Identification of Metabolite-Protein Interactions, 2022, ISBN 978-1-0716-2624-5
Herausgeber: Springer Nature