Analysis of functional tissue motifs for precision medicine in metastatic breast cancer

Projektinformationen

Precision Motifs

ID Finanzhilfevereinbarung: 866074

DOI

10.3030/866074

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 29 Mai 2020

Startdatum 1 September 2020

Enddatum 31 August 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 000 000,00

EU-Beitrag

€ 2 000 000,00

Koordiniert durch

UNIVERSITAT ZURICH
Switzerland

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (39)

High-Dimensional T Helper Cell Profiling Reveals a Broad Diversity of Stably Committed Effector States Uncovers Interlineage Relationships

Autoren: Luigi Tortola, Andrea Jacobs, Lea Pohlmeier, Franz-Josef Obermair, Franziska Ampenberger, Bernd Bodenmiller, Manfred Kopf.
Veröffentlicht in: Immunity, 2020, ISSN 2666-3791
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.immuni.2020.07.001

Clonal fitness inferred from time-series modelling of single-cell cancer genomes

Autoren: Sohrab Salehi, Farhia Kabeer, Nicholas Ceglia, Mirela Andronescu, Marc J. Williams, Kieran R. Campbell, Themina Masud, Beixi Wang, Justina Biele, Jazmine Brimhall, David Gee, Hakwoo Lee, Jerome Ting, Allen W. Zhang, Hoa Tran, Ciara O'Flanagan, Fatemeh Dorri, Nicole Rusk, Teresa de Algara, So Ra Lee, Brian Y.C. Cheng, Peter Eirew, Takako Kono, Jenifer Pham, Diljot Grewal, Daniel Lai, Richard Moore,
Veröffentlicht in: Nature, 2021, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03648-3

Standardization of Suspension and Imaging Mass Cytometry Single‐Cell Readouts for Clinical Decision Making

Autoren: Ruben Casanova, Shuhan Xu, Pierre Bost, Sujana Sivapatham, Andrea Jacobs, Stefanie Engler, null null, Mitchell P. Levesque, Reinhard Dummer, Bernd Bodenmiller, Stéphane Chevrier
Veröffentlicht in: Cytometry Part A, Ausgabe 107, 2025, Seite(n) 390-403, ISSN 1552-4922
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.24940

Cell-to-cell and type-to-type heterogeneity of signaling networks: insights from the crowd

Autoren: Attila Gabor, Marco Tognetti, Alice Driessen, Jovan Tanevski, Baosen Guo, Wencai Cao, He Shen, Thomas Yu Verena Chung, Single Cell Signaling in Breast Cancer DREAM Consortium members, Bernd Bodenmiller1, Julio Saez-Rodriguez1
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 2021 Oct;17(10), 2021, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110402

Multiplex protein imaging in tumour biology

Autoren: Natalie de Souza, Shan Zhao, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Nature Reviews Cancer, Ausgabe 24, 2024, Seite(n) 171-191, ISSN 1474-175X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41568-023-00657-4

Mass cytometric and transcriptomic profiling of epithelial-mesenchymal transitions in human mammary cell lines.

Autoren: Johanna Wagner, Markus, Masek, Andrea Jacobs, Charlotte Soneson, Sujana Sivapatham, Nicolas Damond, Natalie de Souza, Mark D. Robinson, Bernd Bodenmiller.
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 2022 Apr;7(70), 2022, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41597-022-01137-4

Establishing standardized immune phenotyping of metastatic melanoma by digital pathology.

Autoren: Bettina Sobottka, Marta Nowak, Anja L. Frei, Martina Haberecker, Samuel Merki, Tumor Profiler consortium, Mitchell P. Levesque, Reinhard Dummer, Holger Moch, Viktor H. Koelzer.
Veröffentlicht in: Laboratory Investigation, Ausgabe 2021 Dec;101(12, 2021, ISSN 0023-6837
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41374-021-00653-y

A stratification system for breast cancer based on basoluminal tumor cells and spatial tumor architecture

Autoren: Lasse Meyer, Hartland W. Jackson, Nils Eling, Shan Zhao, Genki Usui, Haithem Dakhli, Peter Schraml, Susanne Dettwiler, Constanze Elfgen, Zsuzsanna Varga, Holger Moch, Natalie de Souza, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Cancer Cell, Ausgabe 43, 2025, Seite(n) 1637-1655.e9, ISSN 1535-6108
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.ccell.2025.06.019

A comprehensive single-cell map of T cell exhaustion-associated immune environments in human breast cancer

Autoren: Sandra Tietscher, Johanna Wagner, Tobias Anzeneder, Claus Langwieder, Martin Rees, Bettina Sobottka, Natalie de Souza, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35238-w

Cancer Research in the Age of Spatial Omics: Lessons from IMAXT

Autoren: Dario Bressan, null null, Nicholas Walton, Gregory J. Hannon, null null, Mohammad Al Sa’d, Bruno Albuquerque, Hamid Raza Ali, Martina Alini, Samuel Aparicio, Heather Ashmore, Thomas Ashmore, Vinci Au, Shankar Balasubramanian, Caroline Baril, Giorgia Battistoni, Sean Beatty, Robby Becker, Bernd Bodenmiller, Alina Bollhagen, Carla Boquetale, Edward S. Boyden, Dario Bressan, Alejandra Bruna, Marcel
Veröffentlicht in: Cancer Discovery, Ausgabe 15, 2025, Seite(n) 16-21, ISSN 2159-8274
Herausgeber: American Association for Cancer Research Inc.
DOI: 10.1158/2159-8290.cd-24-1686

Landscapes of cellular phenotypic diversity in breast cancer xenografts and their impact on drug response

Autoren: Dimitra Georgopoulou, Maurizio Callari, Oscar M. Rueda, Abigail Shea,. Alistair Martin, Agnese Giovannetti, Fatime Qosaj, Ali Dariush, Suet-Feung Chin, Larissa S. Carnevalli, Elena Provenzano, Wendy Greenwood, Giulia Lerda, Elham Esmaeilishirazifard, Martin O'Reilly, Violeta Serra, Dario Bressan, IMAXT Consortium, Gordon B. Mills, H. Raza Ali, Sabina S Cosulich, Gregory J. Hannon, Alejandra Bruna,
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe Mar 31;12(1), 2021, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22303-z

Profound dysregulation of T cell homeostasisand function in patients with severe COVID-19.

Autoren: Sarah Adamo, Stéphane Chevrier, Carlo Cervia, Yves Zurbuchen, Miro E. Raeber, Lilinae Yang, Sujana Sivapatham, Andrea Jacobs, Esther Baechli, Alain Rudiger, Melina Stüssi-Helbling, Lars C. Huber, Dominik J. Schaer, Bernd Bodenmiller1, Onur Boyman1, Jakob Nilsson1.
Veröffentlicht in: Allergy, Ausgabe Apr 21, 2021, ISSN 0105-4538
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/all.14866

LifeTime improving European healthcare through cell-based interceptive medicine

Autoren: Nikolaus Rajewsky, Geneviève Almouzni, Stanislaw A. Gorski, Stein Aerts, Ido Amit, Michela G. Bertero, Christoph Bock, Annelien L. Bredenoord, Giacomo Cavall, Susanne Chiocca, Hans Clevers, Bart De Strooper, Angelika Eggert, Jan Ellenberg, Xosé M. Fernández, Marek Figlerowicz, Susan M. Gasser, Norbert Hubner, Jorgen Kjems, Jürgen A. Knoblich, Grietje Krabbe, Peter Lichter, Sten Linnarsson, Jea
Veröffentlicht in: Nature, 2020, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2715-9

Cytomapper: an R/bioconductor package for visualisation of highly multiplexed imaging data

Autoren: Nils Eling, Nicolas Damond, Tobias Hoch, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1061

Monogenic Diabetes and Integrated Stress Response Genes Display Altered Gene Expression in Type 1 Diabetes.

Autoren: Helmut Hiller, Dawn E. Beachy, Jospeh J. Lebowitz, Stefanie Engler, Justin R. Mason, Douglas R. Miller, Irina Kusmarteva, Laura M. Jacobsen, Amanda L. Posgai, Habibeh Khoshbouei, Richard A. Oram, Desmond A. Schatz, Andrew T. Hattersley, Bernd Bodenmiller, Mark A. Atkinson, Harry S. Nick, Clive H. Wasserfall
Veröffentlicht in: Diabetes, Ausgabe 2021 Aug;70(8), 2021, ISSN 0012-1797
Herausgeber: American Diabetes Association
DOI: 10.2337/db21-0070

Statistical modeling and analysis of cell counts from multiplexed imaging data

Autoren: Pierre Bost, Ruben Casanova, Uria Mor, Martina Haberecker, Chantal Pauli, Susanne Dettwiler, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 16, 2025, Seite(n) 101296, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cels.2025.101296

Expansion sequencing: Spatially precise in situ transcriptomics in intact biological systems

Autoren: Shahar Alon, Daniel R. Goodwin, Anubhav Sinha, Asmamaw T. Wassie, Fei Chen, Evan R. Daugharthy, Yosuke Bando, Atsushi Kajita, Andrew Xue, Karl Marrett, Robert Prior, Yi Cui, Andrew C. Payne, Chun-Chen Yao, Ho-Jun Suk, Ru Wang, Chih-Chieh Jay Yu, Paul Tillberg, Paul Reginato, Nikita Pak, Songlei Liu, Sukanya Punthambaker, Eswar P.R. Iyer, Richie E. Kohman, Jeremy A. Miller, Ed S. Lein, Ana Lako, Ni
Veröffentlicht in: Science, 2021, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax2656

A quantitative analysis of the interplay of environment, neighborhood, cell state in 3D spheroids

Autoren: Vito R.T. Zanotelli, Matthias Leutenegger, Xiao-Kang Lun, Fanny Georgi, Natalie de Souza, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, 2020, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209798

Precision Oncology Program (POP), an observational study using real-world data and imaging mass cytometry to explore decision support for the Molecular Tumor Board: study protocol

Autoren: Laura Amanda Boos, Christian Doerig, Gabriele Gut, Nicola Miglino, Luis Fábregas Ibáñez, Shemra Rizzo, Charlotta Schärfe Fruechtenicht, Nandini Chitale, Charles Lu, Martin Zoche, Bernd Bodenmiller, Stephane Chevrier, Alexandra Sophia Eklund, Marta Nowak, Sepehr Rahmani Khajouei, Carmen Galani Berardo, Lukasz Kaczmarek, Karin Bosshard, William Archey, Matthias Bodmer, Dominik Glinz, Eva Camaril
Veröffentlicht in: BMJ Open, Ausgabe 15, 2025, Seite(n) e096591, ISSN 2044-6055
Herausgeber: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/bmjopen-2024-096591

Three-dimensional imaging mass cytometry for highly multiplexed molecular and cellular mapping of tissues and the tumor microenvironment

Autoren: Laura Kuett, Raul Catena, Alaz Özcan, Alex Plüss A, Cancer Grand Challenges IMAXT Consortium, Peter Schraml, Holger Moch, Natalie de Souza, Bernd Bodenmiller.
Veröffentlicht in: Nature Cancer, Ausgabe 2022 Jan;3(1):, 2022, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43018-021-00301-w

cytoviewer: an R/Bioconductor package for interactive visualization and exploration of highly multiplexed imaging data

Autoren: Lasse Meyer, Nils Eling, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05546-z

Sensitive detection of minimal residual disease and immunotherapy targets by multi-modal bone marrow analysis in high-risk neuroblastoma – a multi-center study

Autoren: Nina U. Gelineau, Eva Bozsaky, Lieke M. J. van Zogchel, Fikret Rifatbegovic, Daria Lazic, Andrea Ziegler, Ahmad Javadi, Lily Zappeij-Kannegieter, Ulrike Pötschger, Marta Fiocco, Peter F. Ambros, Inge M. Ambros, Bernd Bodenmiller, Ellen C. van der Schoot, Ruth Ladenstein, Marie Bernkopf, Godelieve A. M. Tytgat, Sabine Taschner-Mandl
Veröffentlicht in: Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, Ausgabe 44, 2025, ISSN 1756-9966
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13046-025-03481-w

Distant Metastases of Breast Cancer Resemble Primary Tumors in Cancer Cell Composition but Differ in Immune Cell Phenotypes

Autoren: Laura Kuett, Alina Bollhagen, Sandra Tietscher, Bettina Sobottka, Nils Eling, Zsuzsanna Varga, Holger Moch, Natalie de Souza, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Cancer Research, Ausgabe 85, 2025, Seite(n) 15-31, ISSN 0008-5472
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-24-1211

Multi-omics reveals clinically relevant proliferative drive associated with mTOR-MYC-OXPHOS activity in chronic lymphocytic leukemia.

Autoren: Junyan Lu, Ester Cannizzaro, Fabienne Meier-Abt, Sebastian Scheinost, Peter-Martin Bruch, Holly A. Giles, Almut Lütge, Jennifer Hüllein, Lena Wagner, Brian Giacopelli, Ferran Nadeu, Julio Delgado, Elias Campo, Maurizio Mangolini, Ingo Ringshausen, Martin Böttcher, Dimitros Mougiakakos, Andrea Jacobs, Bernd Bodenmiller, Sascha Dietrich, Christopher C. Oakes, Thorsten Zenz, Wolfgang Huber.
Veröffentlicht in: Nature Cancer, Ausgabe 2021 Aug;2(8), 2021, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43018-021-00216-6

SCIM: universal single-cell matching with unpaired feature sets

Autoren: Stefan G. Stark, Joanna Ficek, Francesco Locatello, Ximena Bonilla, Stéphane Chevrier, Franziska Singer, Tumor Profiler Consortium, Gunnar Rätsch, Kjong-Van Lehmann
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa843

Cutaneous and systemic hyperinflammation drives maculopapular drug exanthema in severely ill COVID-19 patients.

Autoren: Ysutaka Mitamura, Daniel Schulz, Saskia Oro, Nick Li, Isabel Kolm, Claudia Lang, Reihane Ziadlou, Ge Tan, Bernd Bodenmiller, Peter Steiger, Angelo Marzano, Nicolas de Prost, Olivier Caudin, Mitchell Levesque, Corinne Stoffel, Peter Schmid-Grendelmeier, Emanual Maverakis, Cezim A. Akdis, Marie-Charlotte Brüggen.
Veröffentlicht in: Allergy, Ausgabe 2021 Jun 22, 2021, ISSN 0105-4538
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/all.14983

Feasibility of multiomics tumor profiling for guiding treatment of melanoma

Autoren: Nicola Miglino, Nora C. Toussaint, Alexander Ring, Ximena Bonilla, Marina Tusup, Benedict Gosztonyi, Tarun Mehra, Gabriele Gut, Francis Jacob, Stephane Chevrier, Kjong-Van Lehmann, Ruben Casanova, Andrea Jacobs, Sujana Sivapatham, Laura Boos, Parisa Rahimzadeh, Manuel Schuerch, Bettina Sobottka, Natalia Chicherova, Shuqing Yu, Rebekka Wegmann, Julien Mena, Emanuela S. Milani, Sandra Goetze, Cinzia
Veröffentlicht in: Nature Medicine, Ausgabe 31, 2025, Seite(n) 2430-2441, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-025-03715-6

An end-to-end workflow for multiplexed image processing and analysis

Autoren: Jonas Windhager, Vito Riccardo Tomaso Zanotelli, Daniel Schulz, Lasse Meyer, Michelle Daniel, Bernd Bodenmiller, Nils Eling
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 18, 2023, Seite(n) 3565-3613, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-023-00881-0

Breast tumor microenvironment structures are associated with genomic features and clinical outcome.

Autoren: Esther Danenberg, Helen Bardwell, Vito R.T.Zanotelli, Elena Provenzano, Suet-Fueng Chin, Oscar M. Rueda Andrew Green, Emad Rakha, Samuel Aparicio, Ian O. Ellis, Bernd Bodenmiller1, Carlos Caldas1, H. Raza Ali1.
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 2022 Apr 18, 2022, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01041-y

Multielement Z-tag imaging by X-ray fluorescence microscopy for next-generation multiplex imaging

Autoren: Merrick Strotton, Tsuyoshi Hosogane, Marco di Michiel, Holger Moch, Zsuzsanna Varga, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 1310-1322, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01977-x

Classifying cancer-associated fibroblasts—The good, the bad, and the target

Autoren: Lena Cords, Natalie de Souza, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Cancer Cell, Ausgabe 42, 2025, Seite(n) 1480-1485, ISSN 1535-6108
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.ccell.2024.08.011

Mechanistic Model of Signaling Dynamics Across an Epithelial Mesenchymal Transition.

Autoren: James D. Wade, Xiao-Kang Lun, Nevena Zivanovic, Eberhard O. Voit1, Bernd Bodenmiller1
Veröffentlicht in: Frontiers in Physiology, 2020, ISSN 1664-042x
Herausgeber: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fphys.2020.579117

A distinct innate immune signature marks progression from mild to severe COVID-19

Autoren: Stéphane Chevrier, Yves Zurbuchen, Carlo Cervia, Sarah Adamo, Miro E. Raeber, Natalie de Souza, Sujana Sivapatham, Andrea Jacobs, Esther Bachli, Alain Rudiger, Melina Stüssi-Helbling, Lars C. Huber, Dominik J. Schaer, Jakob Nilsson1, Onur Boyman1, Bernd Bodenmiller1.
Veröffentlicht in: Cell Reports Medicine, 2020, ISSN 2666-3791
Herausgeber: Cell Press (Elsevier)
DOI: 10.1016/j.xcrm.2020.100166

Multiplexed imaging mass cytometry of the chemokine milieus in melanoma characterizes features of the response to immunotherapy.

Autoren: Tobias Hoch, Daniel Schulz, Nils Eling, Julia Martínez Gómez, Mitchell P. Levesque, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Science Immunology, Ausgabe 2022 Apr;7(70, 2022, ISSN 2470-9468
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciimmunol.abk1692

DNA-barcoded signal amplification for imaging mass cytometry enables sensitive and highly multiplexed tissue imaging

Autoren: Tsuyoshi Hosogane, Ruben Casanova, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 1304-1309, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01976-y

Compressed sensing expands the multiplexity of imaging mass cytometry

Autoren: Tsuyoshi Hosogane, Leonor Schubert Santana, Nils Eling, Holger Moch, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-66629-4

Cancer-associated fibroblast classification in single-cell and spatial proteomics data

Autoren: Lena Cords, Sandra Tietscher, Tobias Anzeneder, Claus Langwieder, Martin Rees, Natalie de Souza, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-39762-1

Integrating Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded–Derived Whole-Genome Sequencing into Routine Molecular Pathology

Autoren: Cassandra Litchfield, Ronny Nienhold, Andreas Wicki, Michael Schmid, Domingo Aguilera-Garcia, Viktor Hendrik Koelzer, Rudolf Aebersold, Melike Ak, Faisal S. Al-Quaddoomi, Silvana I. Albert, Jonas Albinus, Ilaria Alborelli, Sonali Andani, Per-Olof Attinger, Marina Bacac, Monica-Andreea Baciu-Drăgan, Daniel Baumhoer, Beatrice Beck-Schimmer, Niko Beerenwinkel, Christian Beisel, Lara Bernasconi, Anne
Veröffentlicht in: The Journal of Molecular Diagnostics, Ausgabe 27, 2025, Seite(n) 722-735, ISSN 1525-1578
Herausgeber: American Society for Investigative Pathology
DOI: 10.1016/j.jmoldx.2025.04.011

Optimizing multiplexed imaging experimental design through tissue spatial segregation estimation

Autoren: Pierre Bost, Daniel Schulz, Stefanie Engler, Clive Wasserfall, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 418-423, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01692-z