Descrizione del progetto
Lo studio delle caratteristiche funzionali delle proteine leganti l’RNA attraverso un modello di apprendimento automatico
Le proteine leganti l’RNA (RBP, RNA-Binding Protein) regolano l’espressione genica poiché sono in grado di riconoscere centinaia di trascrizioni e di formare reti di regolazione per mantenere l’omeostasi cellulare. Gli screening globali per le proteine leganti l’RNA hanno trovato centinaia di proteine prive di domini leganti l’RNA distinguibili. Queste proteine, note come enigmRBP, legano l’RNA in modi sconosciuti e variabili. Il progetto DEEPLEARNRBP, finanziato dall’UE, si propone di sviluppare un modello di apprendimento automatico per esplorare le implicazioni funzionali delle caratteristiche di legame delle proteine leganti l’RNA. Il progetto si concentrerà sull’interpretazione pratica del modello di apprendimento automatico per le conoscenze biologiche, cercando di scoprire, in particolare, l’interazione tra input diversificati di struttura secondaria, sequenza e conservazione.
Obiettivo
New technologies have revolutionized our understanding of RNA binding protein (RBP) function. Global screens for RBPs have pulled down hundreds of proteins for which no discernable RNA Binding Domain is present. These proteins, termed enigmRBPs due to their enigmatic nature, do bind RNA in unknown and variable fashion. An ever increasing number of such RBPs are having their target sites identified via CrossLinking and ImmunoPrecipitation Sequencing techniques (CLIP-Seq). This torrent of data can be harnessed by novel Deep Learning techniques to identify high order characteristics of RBP function.
The aim of this proposal is the development of a machine learning model that can explore the functional implications of RBP binding characteristics. A model that, given an enigmatic RBP, can identify other known RBPs that show similar binding characteristics, such as sequence motifs, conservation motifs, secondary structure motifs, and higher order combinations of the above.
We will focus on methods to practically interpret the machine learning model to biological knowledge, especially higher order filters that can learn the interplay among varied input, such as secondary structure, sequence and conservation. Beyond the theoretical, we will disseminate our methods in easy to use, standalone and web application format, in order to increase the practical application of our research.
We are transplanting expertise from the bioinformatics and machine learning field, into a fertile substrate of RNA biology and CLIP-Seq experimentation. This interdisciplinary project will involve close collaboration and two-way transfer of knowledge in a dynamic research environment.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione intelligenza artificiale apprendimento automatico apprendimento profondo
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.4. - SPREADING EXCELLENCE AND WIDENING PARTICIPATION
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF-EF-RI - RI – Reintegration panel
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-WF-2018-2020
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
601 77 Brno
Cechia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.