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Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration

Descripción del proyecto

Representación en gráficos de los datos de la secuencia del genoma

La tecnología de secuenciación moderna genera datos de la secuencia del genoma a una escala gigantesca que llega hasta los exabytes. La cuestión apremiante que se plantea es cómo podrían ordenarse y analizarse estos volúmenes de datos de forma eficiente desde el punto de vista informático y con sentido desde el punto de vista biomédico. Este proyecto financiado con fondos europeos va a analizar la representación basada en gráficos de grandes conjuntos de datos genómicos y determinará sus ventajas respecto a la presentación tradicional basada en secuencias de datos pangenómicos. Los genomas que son evolutivamente cercanos tan solo varían ligeramente y la representación pangenómica basada en gráficos permite eliminar redundancias, a la vez que destaca las diferencias importantes. La investigación va a demostrar la ventaja del cambio al nuevo método de representación de datos utilizando el análisis comparativo, la compresión, la integración y la explotación de datos genómicos como aspectos fundamentales.

Coordinador

UNIVERSITA' DEGLI STUDI DI MILANO-BICOCCA
Aportación neta de la UEn
€ 197 800,00
Dirección
Piazza Dell'ateneo Nuovo 1
20126 Milano
Italia

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Región
Nord-Ovest Lombardia Milano
Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00

Participantes (6)

STICHTING NEDERLANDSE WETENSCHAPPELIJK ONDERZOEK INSTITUTEN
Países Bajos
Aportación neta de la UEn
€ 55 200,00
Dirección
Winthontlaan 2
3526 KV Utrecht

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Región
West-Nederland Utrecht Utrecht
Tipo de actividad
Research Organisations
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00
UNIVERSITAET BIELEFELD
Alemania
Aportación neta de la UEn
€ 289 800,00
Dirección
Universitaetsstrasse 25
33615 Bielefeld

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Región
Nordrhein-Westfalen Detmold Bielefeld, Kreisfreie Stadt
Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00
UNIVERZITA KOMENSKEHO V BRATISLAVE
Eslovaquia
Aportación neta de la UEn
€ 128 800,00
Dirección
Safarikovo Nam 6
814 99 Bratislava

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Región
Slovensko Bratislavský kraj Bratislavský kraj
Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00
GENETON S.R.O.
Eslovaquia
Aportación neta de la UEn
€ 322 000,00
Dirección
Ilkovicova 8
841 04 Bratislava

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Pyme

Organización definida por ella misma como pequeña y mediana empresa (pyme) en el momento de la firma del acuerdo de subvención.

Región
Slovensko Bratislavský kraj Bratislavský kraj
Tipo de actividad
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00
INSTITUT PASTEUR
Francia
Aportación neta de la UEn
€ 147 200,00
Dirección
Rue Du Docteur Roux 25-28
75724 Paris Cedex 15

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Región
Ile-de-France Ile-de-France Paris
Tipo de actividad
Research Organisations
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00
ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED
United Kingdom
Aportación neta de la UEn
€ 0,00
Dirección
Illumina Centre 19 Granta Park
CB21 6DF Great Abington

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Región
East of England East Anglia Cambridgeshire CC
Tipo de actividad
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00

Socios (5)

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

CORNELL UNIVERSITY
Estados Unidos
Aportación neta de la UEn
€ 0,00
Dirección
Pine Tree Road 373
14850 Ithaca Ny

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00
Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

NATIONAL UNIVERSITY CORPORATION THEUNIVERSITY OF TOKYO
Japón
Aportación neta de la UEn
€ 0,00
Dirección
Hongo Bunkyo Ku 7 3 1
113 8656 Tokyo

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00
Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

Simon Fraser University
Canadá
Aportación neta de la UEn
€ 0,00
Dirección
University Drive 8888
V5A 1S6 Burnaby

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00
Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

THE PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY
Estados Unidos
Aportación neta de la UEn
€ 0,00
Dirección
Technology Center Building 110
16802 7000 University Park Pa

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00
Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA
Estados Unidos
Aportación neta de la UEn
€ 0,00
Dirección
Franklin Street 1111 12 Floor
94607 Oakland Ca

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Aportación de fuera de la UE
€ 0,00