Descripción del proyecto DEENESFRITPL Representación en gráficos de los datos de la secuencia del genoma La tecnología de secuenciación moderna genera datos de la secuencia del genoma a una escala gigantesca que llega hasta los exabytes. La cuestión apremiante que se plantea es cómo podrían ordenarse y analizarse estos volúmenes de datos de forma eficiente desde el punto de vista informático y con sentido desde el punto de vista biomédico. Este proyecto financiado con fondos europeos va a analizar la representación basada en gráficos de grandes conjuntos de datos genómicos y determinará sus ventajas respecto a la presentación tradicional basada en secuencias de datos pangenómicos. Los genomas que son evolutivamente cercanos tan solo varían ligeramente y la representación pangenómica basada en gráficos permite eliminar redundancias, a la vez que destaca las diferencias importantes. La investigación va a demostrar la ventaja del cambio al nuevo método de representación de datos utilizando el análisis comparativo, la compresión, la integración y la explotación de datos genómicos como aspectos fundamentales. Mostrar el objetivo del proyecto Ocultar el objetivo del proyecto Objetivo Genomes are strings over the letters A,C,G,T, which represent nucleotides, the building blocks of DNA. In view of ultra-large amounts of genome sequence data emerging from ever more and technologically rapidly advancing genome sequencing devices—in the meantime, amounts of sequencing data accrued are reaching into the exabyte scale—the driving, urgent question is: how can we arrange and analyze these data masses in a formally rigorous, computationally efficient and biomedically rewarding manner?Graph based data structures have been pointed out to have disruptive benefits over traditional sequence based structures when representing pan-genomes, sufficiently large, evolutionarily coherent collections of genomes. This idea has its immediate justification in the laws of genetics: evolutionarily closely related genomes vary only in relatively little amounts of letters, while sharing the majority of their sequence content. Graph-based pan-genome representations that allow to remove redundancies without having to discard individual differences, make utmost sense. In this project, we will put this shift of paradigms—from sequence to graph based representations of genomes—into full effect. As a result, we can expect a wealth of practically relevant advantages, among which arrangement, analysis, compression, integration and exploitation of genome data are the most fundamental points. In addition, we will also open up a significant source of inspiration for computer science itself. Ámbito científico natural sciencesbiological sciencesgeneticsDNAnatural sciencescomputer and information sciencesnatural sciencesbiological sciencesgeneticsnucleotidesnatural sciencesmathematicspure mathematicsdiscrete mathematicsgraph theorynatural sciencesbiological sciencesgeneticsgenomes Palabras clave Algorithmic bionformatics computational pan-genomics graph algorithms data structures and indexing computational comparative genomics genome data science Programa(s) H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions Main Programme H2020-EU.1.3.3. - Stimulating innovation by means of cross-fertilisation of knowledge Tema(s) MSCA-RISE-2019 - Research and Innovation Staff Exchange Convocatoria de propuestas H2020-MSCA-RISE-2019 Consulte otros proyectos de esta convocatoria Régimen de financiación MSCA-RISE - Marie Skłodowska-Curie Research and Innovation Staff Exchange (RISE) Coordinador UNIVERSITA' DEGLI STUDI DI MILANO-BICOCCA Aportación neta de la UEn € 197 800,00 Dirección PIAZZA DELL'ATENEO NUOVO 1 20126 MILANO Italia Ver en el mapa Región Nord-Ovest Lombardia Milano Tipo de actividad Higher or Secondary Education Establishments Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total € 197 800,00 Participantes (6) Ordenar alfabéticamente Ordenar por aportación neta de la UE Ampliar todo Contraer todo STICHTING NEDERLANDSE WETENSCHAPPELIJK ONDERZOEK INSTITUTEN Países Bajos Aportación neta de la UEn € 55 200,00 Dirección WINTHONTLAAN 2 3526 KV Utrecht Ver en el mapa Región West-Nederland Utrecht Utrecht Tipo de actividad Research Organisations Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total € 55 200,00 UNIVERSITAET BIELEFELD Alemania Aportación neta de la UEn € 289 800,00 Dirección UNIVERSITAETSSTRASSE 25 33615 Bielefeld Ver en el mapa Región Nordrhein-Westfalen Detmold Bielefeld, Kreisfreie Stadt Tipo de actividad Higher or Secondary Education Establishments Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total € 289 800,00 UNIVERZITA KOMENSKEHO V BRATISLAVE Eslovaquia Aportación neta de la UEn € 128 800,00 Dirección SAFARIKOVO NAM 6 814 99 Bratislava Ver en el mapa Región Slovensko Bratislavský kraj Bratislavský kraj Tipo de actividad Higher or Secondary Education Establishments Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total € 128 800,00 GENETON S.R.O. Eslovaquia Aportación neta de la UEn € 322 000,00 Dirección ILKOVICOVA 8 841 04 Bratislava Ver en el mapa Pyme Organización definida por ella misma como pequeña y mediana empresa (pyme) en el momento de la firma del acuerdo de subvención. Sí Región Slovensko Bratislavský kraj Bratislavský kraj Tipo de actividad Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total € 322 000,00 INSTITUT PASTEUR Francia Aportación neta de la UEn € 147 200,00 Dirección RUE DU DOCTEUR ROUX 25-28 75724 Paris Ver en el mapa Región Ile-de-France Ile-de-France Paris Tipo de actividad Research Organisations Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total € 147 200,00 ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED Reino Unido Aportación neta de la UEn € 0,00 Dirección ILLUMINA CENTRE 19 GRANTA PARK CB21 6DF Great Abington Ver en el mapa Región East of England East Anglia Cambridgeshire CC Tipo de actividad Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total Sin datos Socios (6) Ordenar alfabéticamente Ordenar por aportación neta de la UE Ampliar todo Contraer todo Socio Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención. CORNELL UNIVERSITY Estados Unidos Aportación neta de la UEn € 0,00 Dirección PINE TREE ROAD 373 14850 Ithaca Ny Ver en el mapa Tipo de actividad Higher or Secondary Education Establishments Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total Sin datos Socio Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención. NATIONAL UNIVERSITY CORPORATION THEUNIVERSITY OF TOKYO Japón Aportación neta de la UEn € 0,00 Dirección HONGO BUNKYO KU 7 3 1 113 8656 Tokyo Ver en el mapa Tipo de actividad Higher or Secondary Education Establishments Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total Sin datos Socio Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención. Simon Fraser University Canadá Aportación neta de la UEn € 0,00 Dirección UNIVERSITY DRIVE 8888 V5A 1S6 Burnaby Ver en el mapa Tipo de actividad Higher or Secondary Education Establishments Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total Sin datos Socio Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención. THE PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY Estados Unidos Aportación neta de la UEn € 0,00 Dirección TECHNOLOGY CENTER BUILDING 110 16802 7000 UNIVERSITY PARK PA Ver en el mapa Tipo de actividad Higher or Secondary Education Establishments Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total Sin datos Socio Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención. THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA Estados Unidos Aportación neta de la UEn € 0,00 Dirección FRANKLIN STREET 1111 12 FLOOR 94607 OAKLAND CA Ver en el mapa Tipo de actividad Higher or Secondary Education Establishments Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total Sin datos Socio Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención. HUNAN UNIVERSITY China Aportación neta de la UEn € 0,00 Dirección LUSHAN SOUTH ROAD 1 410082 CHANGSHA Ver en el mapa Tipo de actividad Higher or Secondary Education Establishments Enlaces Contactar con la organización Opens in new window Sitio web Opens in new window Participación en los programas de I+D de la UE Opens in new window Red de colaboración de HORIZON Opens in new window Coste total Sin datos