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Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration

Projektbeschreibung

Sequenzierungsdaten des Genoms in Graphen darstellen

Die moderne Sequenzierungstechnologie erzeugt Genomsequenzdaten in einem gigantischen Ausmaß, das die Größenordnung von Exabytes erreichen kann. Dabei stellt sich die dringende Frage, wie diese Datenmengen auf rechnerisch effiziente und biomedizinisch sinnvolle Weise strukturiert und analysiert werden können. Dieses EU-finanzierte Projekt wird die auf Graphen basierende Darstellung großer Genom-Datensätze erforschen und hier Vorteile gegenüber der traditionellen sequenzbasierten Darstellung von pangenomischen Daten ermitteln. Evolutionär nahe beieinander liegende Genome unterscheiden sich nur wenig, und die graphenbasierte pangenomische Darstellung gestattet es, Redundanzen zu beseitigen und gleichzeitig die wichtigen Unterschiede hervorzuheben. Die Forschung wird den Vorteil der Umstellung auf den neuen Ansatz der Datendarstellung anhand vergleichender Analyse, Kompression, Integration und Nutzung von Genomdaten als grundlegende Punkte aufzeigen.

Koordinator

UNIVERSITA' DEGLI STUDI DI MILANO-BICOCCA
Netto-EU-Beitrag
€ 197 800,00
Adresse
Piazza Dell'ateneo Nuovo 1
20126 Milano
Italien

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Region
Nord-Ovest Lombardia Milano
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00

Beteiligte (6)

STICHTING NEDERLANDSE WETENSCHAPPELIJK ONDERZOEK INSTITUTEN
Niederlande
Netto-EU-Beitrag
€ 55 200,00
Adresse
Winthontlaan 2
3526 KV Utrecht

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Region
West-Nederland Utrecht Utrecht
Aktivitätstyp
Research Organisations
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00
UNIVERSITAET BIELEFELD
Deutschland
Netto-EU-Beitrag
€ 289 800,00
Adresse
Universitaetsstrasse 25
33615 Bielefeld

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Region
Nordrhein-Westfalen Detmold Bielefeld, Kreisfreie Stadt
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00
UNIVERZITA KOMENSKEHO V BRATISLAVE
Slowakei
Netto-EU-Beitrag
€ 128 800,00
Adresse
Safarikovo Nam 6
814 99 Bratislava

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Region
Slovensko Bratislavský kraj Bratislavský kraj
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00
GENETON S.R.O.
Slowakei
Netto-EU-Beitrag
€ 322 000,00
Adresse
Ilkovicova 8
841 04 Bratislava

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KMU

Die Organisation definierte sich zum Zeitpunkt der Unterzeichnung der Finanzhilfevereinbarung selbst als KMU (Kleine und mittlere Unternehmen).

Ja
Region
Slovensko Bratislavský kraj Bratislavský kraj
Aktivitätstyp
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00
INSTITUT PASTEUR
Frankreich
Netto-EU-Beitrag
€ 147 200,00
Adresse
Rue Du Docteur Roux 25-28
75724 Paris Cedex 15

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Region
Ile-de-France Ile-de-France Paris
Aktivitätstyp
Research Organisations
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00
ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED
United Kingdom
Netto-EU-Beitrag
€ 0,00
Adresse
Illumina Centre 19 Granta Park
CB21 6DF Great Abington

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Region
East of England East Anglia Cambridgeshire CC
Aktivitätstyp
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00

Partner (5)

Partner

Partnerorganisationen tragen zur Umsetzung der Aktion bei, unterzeichnen jedoch nicht die Finanzhilfevereinbarung.

CORNELL UNIVERSITY
Vereinigte Staaten
Netto-EU-Beitrag
€ 0,00
Adresse
Pine Tree Road 373
14850 Ithaca Ny

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Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00
Partner

Partnerorganisationen tragen zur Umsetzung der Aktion bei, unterzeichnen jedoch nicht die Finanzhilfevereinbarung.

NATIONAL UNIVERSITY CORPORATION THEUNIVERSITY OF TOKYO
Japan
Netto-EU-Beitrag
€ 0,00
Adresse
Hongo Bunkyo Ku 7 3 1
113 8656 Tokyo

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Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00
Partner

Partnerorganisationen tragen zur Umsetzung der Aktion bei, unterzeichnen jedoch nicht die Finanzhilfevereinbarung.

Simon Fraser University
Kanada
Netto-EU-Beitrag
€ 0,00
Adresse
University Drive 8888
V5A 1S6 Burnaby

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Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00
Partner

Partnerorganisationen tragen zur Umsetzung der Aktion bei, unterzeichnen jedoch nicht die Finanzhilfevereinbarung.

THE PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY
Vereinigte Staaten
Netto-EU-Beitrag
€ 0,00
Adresse
Technology Center Building 110
16802 7000 University Park Pa

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Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00
Partner

Partnerorganisationen tragen zur Umsetzung der Aktion bei, unterzeichnen jedoch nicht die Finanzhilfevereinbarung.

THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA
Vereinigte Staaten
Netto-EU-Beitrag
€ 0,00
Adresse
Franklin Street 1111 12 Floor
94607 Oakland Ca

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Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Nicht-EU-Beitrag
€ 0,00