Description du projet
Une plateforme d’organoïdes de tissus humains dans le cadre de l’initiative Human Cell Atlas
Le projet Human Cell Atlas (Atlas des cellules humaines) est une initiative scientifique mondiale visant à cartographier et à caractériser toutes les cellules du corps humain par types, nombres, emplacements, relations et structure moléculaire. Il est considéré comme une ressource future fondamentale pour les scientifiques, permettant de comprendre le fonctionnement des cellules saines et ce qui se passe en cas de maladie. Le projet HCA Organoid, financé par l’UE, créera un atlas des organoïdes humains dans le cadre de l’initiative Human Cell Atlas dans le but d’approfondir la capacité de tirer des conclusions fonctionnelles, causales ou mécanistiques pertinentes pour les maladies humaines. Le projet établira des transcriptomes unicellulaires, des épigénomes unicellulaires et des données d’imagerie pour plusieurs milliers d’organoïdes et de tissus primaires appariés. Initialement, l’accent sera mis sur le côlon et le cerveau et des organes supplémentaires seront inclus dans des études pilotes. En général, cette ressource permettra de caractériser les variations normales de la population et fournira une base de référence pour les études sur les maladies.
Objectif
"Excellence: The Human Cell Atlas (HCA) is descriptive by definition, as it seeks to map all cells in the human body. Yet its goal of “understanding fundamental human biological processes and diagnosing, monitoring, and treating disease” (HCA Whitepaper) depends on our ability to draw functional/causal/mechanistic conclusions relevant to human diseases. Personalized organoid technology aptly fills this gap, as it makes human tissue amenable to functional studies and faithful disease modeling in vitro.
This project will firmly establish a ""Human Organoid Atlas"" within the HCA. Initially focusing on two organs (colon and brain: 100 distinct organoid lines each). We will establish single-cell transcriptomes, single-cell epigenomes, and time-series imaging for several thousand organoids and matched primary tissue. This resource will primarily quantify normal population variation and provide a baseline for disease studies. Moreover, the project will include data generation and analysis of >20 colorectal cancer organoid lines with matching organoid lines derived from normal (healthy) material as well as the respective matching primary tissue. We will show the practical utility of the resource by proof-of-concept disease modeling for genetic epilepsy (brain) and large-scale characterization of disease-linked genetic variants (colon).
Impact: 1. Deeply characterized organoid collection enables functional and disease-centric studies pursuing HCA insights. 2. Single-cell dataset provides reference of population variation under highly standardized conditions. 3. Linking single-cell profiling and organoids will boost HCA’s impact on human health.
Implementation: The project connects the European founders of organoid research (Hans Clevers, Jürgen Knoblich) with expertise in large-scale epigenome/transcriptome profiling (Christoph Bock, Henk Stunnenberg), advanced imaging (Prisca Liberali, Anne Rios), bioinformatics and systems genetics (Oliver Stegle, Michael Boutros), data management (Laura Clarke/EBI), and strong SME contribution (Hubrecht Organoid Technology, Eurice). The project is fully committed to the HCA's values. It implements extensive data sharing and sustainability measures."
Champ scientifique
Mots‑clés
Programme(s)
Régime de financement
RIA - Research and Innovation actionCoordinateur
1090 Wien
Autriche