Descripción del proyecto
Decodificar la cooperación de los factores de transcripción en la expresión génica del cromosoma X inactivo
La función de los factores de transcripción (FT) es regular el momento y grado adecuados de la expresión génica a lo largo de la vida de la célula y del organismo. Durante el desarrollo de las hembras de los mamíferos, se inactiva uno de los dos cromosomas X. Con todo, se sigue expresando una pequeña proporción de los genes del cromosoma X inactivo (Xi). Se desconocen los mecanismos exactos que regulan su expresión y la coordinación con los genes del cromosoma X activo. El objetivo del proyecto financiado con fondos europeos TAXi-ch es determinar los FT que rigen la expresión de genes del cromosoma Xi. Se trata de una investigación innovadora, ya que esta cuestión no ha sido estudiada con anterioridad mediante una integración de datos multiómicos específicos de alelos. Además, los resultados del proyecto serán importantes para el estudio de los trastornos relacionados con el cromosoma X.
Objetivo
Transcription factor (TF) cooperativity controls gene expression and is essential to establish transcriptional programs during development. One of the hallmarks of development in female mammals is the inactivation of one of the two X chromosomes to achieve dosage compensation of X-linked genes. Although the inactive X (Xi) chromosome is a heterochromatin environment, a small fraction of genes is expressed from this chromosome. However, the exact mechanisms regulating their expression and the possible similarities in regulation between these genes and genes from the active X chromosome are unknown. TAXi-ch aims to determine the TFs driving the expression of genes from the Xi chromosome, as well as, the contribution of each TF to this process and their cooperativity. Specifically, an interdisciplinary approach based on functional genomics techniques, machine learning algorithms and genome editing tools will be applied to: 1) predict TFs that bind regulatory regions in the X chromosomes and generate their binding profiles, 2) assess the contribution of TFs to gene expression through classification models and targeted depletion of TFs, 3) infer regulatory networks of X-linked genes in the Xi chromosome, 4) model the transcriptional effect of abolishing binding of different combinations of TFs using 2 selected networks, and 5) experimentally validate the modelling predictions. The research is innovative, as this question has not previously been addressed using integration of allele-specific multi-omics data, and timely, considering the current interest to understand TF cooperativity. Furthermore, the results of this project will be important to the study of X-linked disorders. The dual expertise on data analysis and molecular biology of the experienced researcher ensures the feasibility of the project, and its implementation will hone her technical and transferable skills to facilitate her future establishment as an independent leader in the European Research Area.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Palabras clave
Programa(s)
Régimen de financiación
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinador
69117 Heidelberg
Alemania