Description du projet
Décoder la coopérativité des facteurs de transcription dans l’expression génétique à partir du chromosome X inactif
Les facteurs de transcription (FT) ont pour rôle de réguler l’expression génétique au bon moment et en bonne quantité tout au long de la vie des cellules et de l’organisme. Au cours du développement des mammifères femelles, l’un des deux chromosomes X est désactivé. Toutefois, une petite partie des gènes du chromosome X inactif (Xi) est encore exprimée. On ignore tout des mécanismes exacts qui régulent leur expression et de la coordination avec les gènes du chromosome X actif. Le projet TAXi‑ch, financé par l’UE, entend déterminer les FT qui dirigent l’expression génétique du chromosome Xi. Cette recherche est novatrice car la question n’a encore jamais été abordée en intégrant des données multi‑omiques spécifiques aux allèles; les résultats du projet seront également déterminants pour l’étude des troubles liés au chromosome X.
Objectif
Transcription factor (TF) cooperativity controls gene expression and is essential to establish transcriptional programs during development. One of the hallmarks of development in female mammals is the inactivation of one of the two X chromosomes to achieve dosage compensation of X-linked genes. Although the inactive X (Xi) chromosome is a heterochromatin environment, a small fraction of genes is expressed from this chromosome. However, the exact mechanisms regulating their expression and the possible similarities in regulation between these genes and genes from the active X chromosome are unknown. TAXi-ch aims to determine the TFs driving the expression of genes from the Xi chromosome, as well as, the contribution of each TF to this process and their cooperativity. Specifically, an interdisciplinary approach based on functional genomics techniques, machine learning algorithms and genome editing tools will be applied to: 1) predict TFs that bind regulatory regions in the X chromosomes and generate their binding profiles, 2) assess the contribution of TFs to gene expression through classification models and targeted depletion of TFs, 3) infer regulatory networks of X-linked genes in the Xi chromosome, 4) model the transcriptional effect of abolishing binding of different combinations of TFs using 2 selected networks, and 5) experimentally validate the modelling predictions. The research is innovative, as this question has not previously been addressed using integration of allele-specific multi-omics data, and timely, considering the current interest to understand TF cooperativity. Furthermore, the results of this project will be important to the study of X-linked disorders. The dual expertise on data analysis and molecular biology of the experienced researcher ensures the feasibility of the project, and its implementation will hone her technical and transferable skills to facilitate her future establishment as an independent leader in the European Research Area.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN.
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Mots‑clés
Programme(s)
Régime de financement
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinateur
69117 Heidelberg
Allemagne