Determining in vivo protein structures and understanding genetic interactions using deep mutagenesis

Informations projet

MUTANOMICS

N° de convention de subvention: 883742

DOI

10.3030/883742

Projet clôturé

Date de signature de la CE 23 Juillet 2020

Date de début 1 Janvier 2021

Date de fin 31 Decembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 333 279,00

Contribution de l’UE

€ 2 333 279,00

Coordonné par

FUNDACIO CENTRE DE REGULACIO GENOMICA
Spain

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Publications

Peer reviewed articles (21)

DiMSum: an error model and pipeline for analyzing deep mutational scanning data and diagnosing common experimental pathologies

Auteurs: Andre J. Faure, Jörn M. Schmiedel, Pablo Baeza-Centurion, Ben Lehner
Publié dans: Genome Biology, Numéro 21, 2021, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-020-02091-3

Neuronal perception of the social environment generates an inherited memory that controls the development and generation time of C. elegans

Auteurs: Marcos Francisco Perez, Mehrnaz Shamalnasab, Alejandro Mata-Cabana, María Olmedo, Mirko Francesconi, Ben Lehner
Publié dans: Current Biology, 2021, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.07.031

Massively parallel genetic perturbation suggests the energetic structure of an amyloid-β transition state

Auteurs: Anna Arutyunyan, Mireia Seuma, Andre J. Faure, Benedetta Bolognesi, Ben Lehner
Publié dans: Science Advances, Numéro 11, 2025, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adv1422

A small molecule stabilizer rescues the surface expression of nearly all missense variants in a GPCR

Auteurs: Taylor L. Mighell, Ben Lehner
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 32, 2025, Page(s) 2429-2440, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-025-01659-6

The energetic and allosteric landscape for KRAS inhibition

Auteurs: Chenchun Weng, Andre J. Faure, Albert Escobedo, Ben Lehner
Publié dans: Nature, Numéro 626, 2024, Page(s) 643-652, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06954-0

Deep indel mutagenesis reveals the regulatory and modulatory architecture of alternative exon splicing

Auteurs: Pablo Baeza-Centurión, Belén Miñana, Andre J. Faure, Mike Thompson, Sophie Bonnal, Gioia Quarantani, Joseph Clarke, Ben Lehner, Juan Valcárcel
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-62957-7

The allosteric landscape of the Src kinase

Auteurs: Antoni Beltran, Mohsin M. Naqvi, Andre J. Faure, Ben Lehner
Publié dans: Science Advances, Numéro 12, 2026, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.aea2726

The impact of rare germline variants on human somatic mutation processes

Auteurs: Ben Lehner; Fran Supek; Mischan Vali Pour Jamnani
Publié dans: Crossref, Numéro 1, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31483-1

Mapping the energetic and allosteric landscapes of protein binding domains.

Auteurs: Andre J. Faure; Júlia Domingo; Jörn M. Schmiedel; Cristina Hidalgo-Carcedo; Guillaume Diss; Ben Lehner
Publié dans: Crossref, Numéro 1, 2022, ISSN 1476-4687
Éditeur: Nature Research
DOI: 10.1038/s41586-022-04586-4

The genetic landscape for amyloid beta fibril nucleation accurately discriminates familial Alzheimer’s disease mutations

Auteurs: Mireia Seuma, Andre J Faure, Marta Badia, Ben Lehner, Benedetta Bolognesi
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.63364

Site-saturation mutagenesis of 500 human protein domains

Auteurs: Antoni Beltran, Xiang’er Jiang, Yue Shen, Ben Lehner
Publié dans: Nature, Numéro 637, 2025, Page(s) 885-894, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-08370-4

SUNi mutagenesis: Scalable and uniform nicking for efficient generation of variant libraries

Auteurs: Taylor L. Mighell, Ignasi Toledano, Ben Lehner
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 18, 2023, Page(s) e0288158, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0288158

An atlas of amyloid aggregation: the impact of substitutions, insertions, deletions and truncations on amyloid beta fibril nucleation.

Auteurs: Benedetta Bolognesi; Ben Lehner; Mireia Seuma
Publié dans: Crossref, Numéro 1, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34742-3

Genome-scale quantification and prediction of pathogenic stop codon readthrough by small molecules

Auteurs: Ignasi Toledano, Fran Supek, Ben Lehner
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 56, 2024, Page(s) 1914-1924, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01878-5

MoCHI: neural networks to fit interpretable models and quantify energies, energetic couplings, epistasis, and allostery from deep mutational scanning data

Auteurs: Andre J. Faure, Ben Lehner
Publié dans: Genome Biology, Numéro 25, 2024, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03444-y

The genetic architecture of protein stability

Auteurs: Andre J. Faure, Aina Martí-Aranda, Cristina Hidalgo-Carcedo, Antoni Beltran, Jörn M. Schmiedel, Ben Lehner
Publié dans: Nature, Numéro 634, 2024, Page(s) 995-1003, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07966-0

Genetics, energetics, and allostery in proteins with randomized cores and surfaces

Auteurs: Albert Escobedo, Gesa Voigt, Andre J. Faure, Ben Lehner
Publié dans: Science, Numéro 389, 2025, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adq3948

Higher order genetic interactions switch cancer genes from two-hit to one-hit drivers.

Auteurs: Park, Solip; Supek, Fran; Lehner, Ben; park
Publié dans: Nature Communications, Numéro 1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27242-3

Dominance vs epistasis: the biophysical origins and plasticity of genetic interactions within and between alleles

Auteurs: Xuan Xie, Xia Sun, Yuheng Wang, Ben Lehner, Xianghua Li
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41188-8

Massive experimental quantification allows interpretable deep learning of protein aggregation

Auteurs: Mike Thompson, Mariano Martín, Trinidad Sanmartín Olmo, Chandana Rajesh, Peter K. Koo, Benedetta Bolognesi, Ben Lehner
Publié dans: Science Advances, Numéro 11, 2025, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adt5111

Deep indel mutagenesis reveals the impact of amino acid insertions and deletions on protein stability and function

Auteurs: Magdalena Topolska, Antoni Beltran, Ben Lehner
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-57510-5