Determining in vivo protein structures and understanding genetic interactions using deep mutagenesis

Projektinformationen

MUTANOMICS

ID Finanzhilfevereinbarung: 883742

DOI

10.3030/883742

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 23 Juli 2020

Startdatum 1 Januar 2021

Enddatum 31 Dezember 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 333 279,00

EU-Beitrag

€ 2 333 279,00

Koordiniert durch

FUNDACIO CENTRE DE REGULACIO GENOMICA
Spain

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (17)

Neuronal perception of the social environment generates an inherited memory that controls the development and generation time of C. elegans

Autoren: Marcos Francisco Perez, Mehrnaz Shamalnasab, Alejandro Mata-Cabana, María Olmedo, Mirko Francesconi, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Current Biology, 2021, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.07.031

Massively parallel genetic perturbation suggests the energetic structure of an amyloid-β transition state

Autoren: Anna Arutyunyan, Mireia Seuma, Andre J. Faure, Benedetta Bolognesi, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adv1422

A small molecule stabilizer rescues the surface expression of nearly all missense variants in a GPCR

Autoren: Taylor L. Mighell, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, Ausgabe 32, 2025, Seite(n) 2429-2440, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-025-01659-6

The energetic and allosteric landscape for KRAS inhibition

Autoren: Chenchun Weng, Andre J. Faure, Albert Escobedo, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 626, 2024, Seite(n) 643-652, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06954-0

Deep indel mutagenesis reveals the regulatory and modulatory architecture of alternative exon splicing

Autoren: Pablo Baeza-Centurión, Belén Miñana, Andre J. Faure, Mike Thompson, Sophie Bonnal, Gioia Quarantani, Joseph Clarke, Ben Lehner, Juan Valcárcel
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-62957-7

The allosteric landscape of the Src kinase

Autoren: Antoni Beltran, Mohsin M. Naqvi, Andre J. Faure, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 12, 2026, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.aea2726

The impact of rare germline variants on human somatic mutation processes

Autoren: Ben Lehner; Fran Supek; Mischan Vali Pour Jamnani
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31483-1

Mapping the energetic and allosteric landscapes of protein binding domains.

Autoren: Andre J. Faure; Júlia Domingo; Jörn M. Schmiedel; Cristina Hidalgo-Carcedo; Guillaume Diss; Ben Lehner
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Nature Research
DOI: 10.1038/s41586-022-04586-4

SUNi mutagenesis: Scalable and uniform nicking for efficient generation of variant libraries

Autoren: Taylor L. Mighell, Ignasi Toledano, Ben Lehner
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 18, 2023, Seite(n) e0288158, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0288158

An atlas of amyloid aggregation: the impact of substitutions, insertions, deletions and truncations on amyloid beta fibril nucleation.

Autoren: Benedetta Bolognesi; Ben Lehner; Mireia Seuma
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34742-3

Genome-scale quantification and prediction of pathogenic stop codon readthrough by small molecules

Autoren: Ignasi Toledano, Fran Supek, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 56, 2024, Seite(n) 1914-1924, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01878-5

MoCHI: neural networks to fit interpretable models and quantify energies, energetic couplings, epistasis, and allostery from deep mutational scanning data

Autoren: Andre J. Faure, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03444-y

The genetic architecture of protein stability

Autoren: Andre J. Faure, Aina Martí-Aranda, Cristina Hidalgo-Carcedo, Antoni Beltran, Jörn M. Schmiedel, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 634, 2024, Seite(n) 995-1003, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07966-0

Genetics, energetics, and allostery in proteins with randomized cores and surfaces

Autoren: Albert Escobedo, Gesa Voigt, Andre J. Faure, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 389, 2025, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adq3948

Higher order genetic interactions switch cancer genes from two-hit to one-hit drivers.

Autoren: Park, Solip; Supek, Fran; Lehner, Ben; park
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27242-3

Massive experimental quantification allows interpretable deep learning of protein aggregation

Autoren: Mike Thompson, Mariano Martín, Trinidad Sanmartín Olmo, Chandana Rajesh, Peter K. Koo, Benedetta Bolognesi, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adt5111

Deep indel mutagenesis reveals the impact of amino acid insertions and deletions on protein stability and function

Autoren: Magdalena Topolska, Antoni Beltran, Ben Lehner
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-57510-5