Chemical Space for Antimicrobials on a Peptide Basis

Información del proyecto

SPACE4AMPS

Identificador del acuerdo de subvención: 885076

DOI

10.3030/885076

Fecha de la firma de la CE 27 Mayo 2020

Fecha de inicio 1 Enero 2021

Fecha de finalización 31 Diciembre 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 495 285,00

Aportación de la UE

€ 2 495 285,00

Coordinado por

UNIVERSITAET BERN
Switzerland

CORDIS proporciona enlaces a los documentos públicos y las publicaciones de los proyectos de los programas marco HORIZONTE.

Los enlaces a los documentos y las publicaciones de los proyectos del Séptimo Programa Marco, así como los enlaces a algunos tipos de resultados específicos, como conjuntos de datos y «software», se obtienen dinámicamente de OpenAIRE .

Publicaciones

Peer reviewed articles (22)

Machine learning designs non-hemolytic antimicrobial peptides

Autores: Alice Capecchi; Xingguang Cai; Hippolyte Personne; Thilo Köhler; Christian van Delden; Jean-Louis Reymond
Publicado en: Chemical Science, Edición 12(26), 2021, Página(s) 9221-9232, ISSN 2041-6539
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1sc01713f

Navigating a 1E+60 Chemical Space of Peptide/Peptoid Oligomers

Autores: Markus Orsi, Jean‐Louis Reymond
Publicado en: Molecular Informatics, Edición 44, 2025, ISSN 1868-1743
Editor: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/minf.202400186

Inverse Polyamidoamine (i-PAMAM) Dendrimer Antimicrobials

Autores: Bonvin, Etienne; Reymond, Jean-Louis
Publicado en: Helvetica Chemica Acta, Edición Volume 106, Edición 6, 2023, Página(s) n/a, ISSN 1522-2675
Editor: Wiley VCH
DOI: 10.5281/zenodo.7839868

A mixed chirality α-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography

Autores: Stéphane Baeriswyl; Hippolyte Personne; Ivan Di Bonaventura; Thilo Köhler; Christian van Delden; Achim Stocker; Sacha Javor; Jean-Louis Reymond
Publicado en: RSC chemical biology, Edición 2(6), 2021, Página(s) 1608-1617, ISSN 2633-0679
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cb00124h

Antimicrobial Peptide‐Peptoid Macrocycles from the Polymyxin B2 Chemical Space

Autores: Etienne Bonvin, Markus Orsi, Thierry Paschoud, Ashvin Gopalasingam, Jérémie Reusser, Thilo Köhler, Christian van Delden, Jean‐Louis Reymond
Publicado en: Angewandte Chemie, Edición 137, 2025, ISSN 0044-8249
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202501299

Assigning the Stereochemistry of Natural Products by Machine Learning

Autores: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Publicado en: Biological and Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Editor: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-zz9pw

Maschinelles Lernen zur Vorhersage antibakterieller Aktivität von Ruthenium‐Komplexen**

Autores: Markus Orsi, Boon Shing Loh, Cheng Weng, Wee Han Ang, Angelo Frei
Publicado en: Angewandte Chemie, Edición 136, 2025, ISSN 0044-8249
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202317901

Can Large Language Models Predict Antimicrobial Peptide Activity and Toxicity?

Autores: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Publicado en: RSC Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2632-8682
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-74041-v2

Submonomer Synthesis of Inverse Polyamidoamine (i‐PAMAM) Dendrimer Antibacterials

Autores: Hippolyte Personne, Xiaoling Hu, Etienne Bonvin, Jérémie Reusser, Jean‐Louis Reymond
Publicado en: Helvetica Chimica Acta, Edición 107, 2024, ISSN 0018-019X
Editor: Verlag Helvetica Chimica Acta
DOI: 10.1002/hlca.202400041

Stereorandomized Oncocins with Preserved Ribosome Binding and Antibacterial Activity

Autores: Bee Ha Gan, Etienne Bonvin, Thierry Paschoud, Hippolyte Personne, Jérémie Reusser, Xingguang Cai, Robert Rauscher, Thilo Köhler, Christian van Delden, Norbert Polacek, Jean-Louis Reymond
Publicado en: Journal of Medicinal Chemistry, Edición 67, 2024, Página(s) 19448-19459, ISSN 0022-2623
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.4c01768

Antimicrobial Peptide–Peptoid Hybrids with and without Membrane Disruption

Autores: Etienne Bonvin; Hippolyte Personne; Thierry Paschoud; Jérémie Reusser; Bee-Ha Gan; Alexandre Luscher; Thilo Köhler; Christian van Delden; Jean-Louis Reymond
Publicado en: ACS Infectious Diseases, Edición Volume 9, Edición 12, 2023, Página(s) 2593-2606, ISSN 2373-8227
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsinfecdis.3c00421

Machine Learning Guided Discovery of Non-Hemolytic Membrane Disruptive Anticancer Peptides

Autores: E. Zakharova, Markus Orsi, A. Capecchi, J.-L. Reymond
Publicado en: ChemMedChem, 2022, ISSN 1860-7187
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/cmdc.202200291

ELECTRUM: An Electron Configuration-based Universal Metal Fingerprint for Transition Metal Compounds

Autores: Angelo Frei, Markus Orsi
Publicado en: Inorganic Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Editor: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-vqktn

Alchemical analysis of FDA approved drugs

Autores: Markus Orsi; Daniel Probst; Philippe Schwaller; Jean-Louis Reymond
Publicado en: Orsi, Markus; Probst, Daniel; Schwaller, Philippe; Reymond, Jean-Louis (2023). Alchemical analysis of FDA approved drugs. Digital discovery, 2(5), pp. 1289-1296. Royal Society of Chemistry 10.1039/d3dd00039g <http://dx.doi.org/10.1039/d3dd00039g>, Edición Edición 5, 2023, Página(s) n/a, ISSN 2635-098X
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3dd00039g

Inverse Polyamidoamine (i‐PAMAM) Dendrimer Antimicrobials

Autores: Etienne Bonvin; Jean‐Louis Reymond
Publicado en: Helvetica Chimica Acta, Edición 1, 2023, Página(s) e202300035, ISSN 1522-2675
Editor: Wiley-VHCA
DOI: 10.1002/hlca.202300035

Chemical Space for Peptide-based Antimicrobials

Autores: Markus Orsi, Hippolyte Personne, Etienne Bonvin, Thierry Paschoud, Basak Olcay, Xiaoling Hu, Sacha Javor, Jean-Louis Reymond
Publicado en: CHIMIA, Edición 78, 2024, Página(s) 648-653, ISSN 0009-4293
Editor: Schweizerische Chemische Gedellschaft
DOI: 10.2533/chimia.2024.648

To Fold or Not to Fold: Diastereomeric Optimization of an α-Helical Antimicrobial Peptide

Autores: Personne, Hippolyte; Paschoud, Thierry; Fulgencio, Sofia; Baeriswyl, Stéphane; Köhler, Thilo; van Delden, Christian; Stocker, Achim; Javor, Sacha; Reymond, Jean-Louis
Publicado en: Journal of Medicinal Chemistry, Edición 66, 2023, 2023, Página(s) 7570-7583, ISSN 1520-4804
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c00460

Exploring the Sequence Space of Antimicrobial Peptide Dendrimers

Autores: Xingguang Cai; Alice Capecchi; Basak Olcay; Markus Orsi; Sacha Javor; Jean‐Louis Reymond
Publicado en: Israel Journal of Chemistry, Edición Volume 63, Edición 10-11, 2023, Página(s) n/a, ISSN 0021-2148
Editor: Laser Pages Publishing Ltd.
DOI: 10.1002/ijch.202300096

Dipropylamine for 9-Fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) Deprotection with Reduced Aspartimide Formation in Solid-Phase Peptide Synthesis

Autores: Personne, Hippolyte; Siriwardena, Thissa N; Javor, Sacha; Reymond, Jean-Louis
Publicado en: ACS Omega, Edición 8, 2023, 2023, Página(s) 5050-5056, ISSN 2470-1343
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.2c07861

One chiral fingerprint to find them all

Autores: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Publicado en: Journal of Cheminformatics, Edición 16, 2024, ISSN 1758-2946
Editor: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-024-00849-6

The antibacterial activity of peptide dendrimers and polymyxin B increases sharply above pH 7.4

Autores: Xingguang Cai; Sacha Javor; Bee Ha Gan; Thilo Köhler; Jean-Louis Reymond
Publicado en: Chemical communications, Edición 57(46), 2021, Página(s) 5654-5657, ISSN 1359-7345
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cc01838h

An intrinsically disordered antimicrobial peptide dendrimer from stereorandomized virtual screening.

Autores: Xingguang Cai; Markus Orsi; Alice Capecchi; Thilo Köhler; Christian van Delden; Sacha Javor; Jean-Louis Reymond
Publicado en: Cell Reports Physical Sciences, Edición 3, 2022, Página(s) 101161, ISSN 2666-3864
Editor: Elsevier
DOI: 10.48350/177350