Chemical Space for Antimicrobials on a Peptide Basis

Projektinformationen

SPACE4AMPS

ID Finanzhilfevereinbarung: 885076

DOI

10.3030/885076

EK-Unterschriftsdatum 27 Mai 2020

Startdatum 1 Januar 2021

Enddatum 31 Dezember 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 495 285,00

EU-Beitrag

€ 2 495 285,00

Koordiniert durch

UNIVERSITAET BERN
Switzerland

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (22)

Machine learning designs non-hemolytic antimicrobial peptides

Autoren: Alice Capecchi; Xingguang Cai; Hippolyte Personne; Thilo Köhler; Christian van Delden; Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: Chemical Science, Ausgabe 12(26), 2021, Seite(n) 9221-9232, ISSN 2041-6539
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1sc01713f

Navigating a 1E+60 Chemical Space of Peptide/Peptoid Oligomers

Autoren: Markus Orsi, Jean‐Louis Reymond
Veröffentlicht in: Molecular Informatics, Ausgabe 44, 2025, ISSN 1868-1743
Herausgeber: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/minf.202400186

Inverse Polyamidoamine (i-PAMAM) Dendrimer Antimicrobials

Autoren: Bonvin, Etienne; Reymond, Jean-Louis
Veröffentlicht in: Helvetica Chemica Acta, Ausgabe Volume 106, Ausgabe 6, 2023, Seite(n) n/a, ISSN 1522-2675
Herausgeber: Wiley VCH
DOI: 10.5281/zenodo.7839868

A mixed chirality α-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography

Autoren: Stéphane Baeriswyl; Hippolyte Personne; Ivan Di Bonaventura; Thilo Köhler; Christian van Delden; Achim Stocker; Sacha Javor; Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: RSC chemical biology, Ausgabe 2(6), 2021, Seite(n) 1608-1617, ISSN 2633-0679
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cb00124h

Antimicrobial Peptide‐Peptoid Macrocycles from the Polymyxin B2 Chemical Space

Autoren: Etienne Bonvin, Markus Orsi, Thierry Paschoud, Ashvin Gopalasingam, Jérémie Reusser, Thilo Köhler, Christian van Delden, Jean‐Louis Reymond
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie, Ausgabe 137, 2025, ISSN 0044-8249
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202501299

Assigning the Stereochemistry of Natural Products by Machine Learning

Autoren: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: Biological and Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Herausgeber: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-zz9pw

Maschinelles Lernen zur Vorhersage antibakterieller Aktivität von Ruthenium‐Komplexen**

Autoren: Markus Orsi, Boon Shing Loh, Cheng Weng, Wee Han Ang, Angelo Frei
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie, Ausgabe 136, 2025, ISSN 0044-8249
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202317901

Can Large Language Models Predict Antimicrobial Peptide Activity and Toxicity?

Autoren: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: RSC Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2632-8682
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-74041-v2

Submonomer Synthesis of Inverse Polyamidoamine (i‐PAMAM) Dendrimer Antibacterials

Autoren: Hippolyte Personne, Xiaoling Hu, Etienne Bonvin, Jérémie Reusser, Jean‐Louis Reymond
Veröffentlicht in: Helvetica Chimica Acta, Ausgabe 107, 2024, ISSN 0018-019X
Herausgeber: Verlag Helvetica Chimica Acta
DOI: 10.1002/hlca.202400041

Stereorandomized Oncocins with Preserved Ribosome Binding and Antibacterial Activity

Autoren: Bee Ha Gan, Etienne Bonvin, Thierry Paschoud, Hippolyte Personne, Jérémie Reusser, Xingguang Cai, Robert Rauscher, Thilo Köhler, Christian van Delden, Norbert Polacek, Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: Journal of Medicinal Chemistry, Ausgabe 67, 2024, Seite(n) 19448-19459, ISSN 0022-2623
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.4c01768

Antimicrobial Peptide–Peptoid Hybrids with and without Membrane Disruption

Autoren: Etienne Bonvin; Hippolyte Personne; Thierry Paschoud; Jérémie Reusser; Bee-Ha Gan; Alexandre Luscher; Thilo Köhler; Christian van Delden; Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: ACS Infectious Diseases, Ausgabe Volume 9, Ausgabe 12, 2023, Seite(n) 2593-2606, ISSN 2373-8227
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsinfecdis.3c00421

Machine Learning Guided Discovery of Non-Hemolytic Membrane Disruptive Anticancer Peptides

Autoren: E. Zakharova, Markus Orsi, A. Capecchi, J.-L. Reymond
Veröffentlicht in: ChemMedChem, 2022, ISSN 1860-7187
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/cmdc.202200291

ELECTRUM: An Electron Configuration-based Universal Metal Fingerprint for Transition Metal Compounds

Autoren: Angelo Frei, Markus Orsi
Veröffentlicht in: Inorganic Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Herausgeber: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-vqktn

Alchemical analysis of FDA approved drugs

Autoren: Markus Orsi; Daniel Probst; Philippe Schwaller; Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: Orsi, Markus; Probst, Daniel; Schwaller, Philippe; Reymond, Jean-Louis (2023). Alchemical analysis of FDA approved drugs. Digital discovery, 2(5), pp. 1289-1296. Royal Society of Chemistry 10.1039/d3dd00039g <http://dx.doi.org/10.1039/d3dd00039g>, Ausgabe Ausgabe 5, 2023, Seite(n) n/a, ISSN 2635-098X
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3dd00039g

Inverse Polyamidoamine (i‐PAMAM) Dendrimer Antimicrobials

Autoren: Etienne Bonvin; Jean‐Louis Reymond
Veröffentlicht in: Helvetica Chimica Acta, Ausgabe 1, 2023, Seite(n) e202300035, ISSN 1522-2675
Herausgeber: Wiley-VHCA
DOI: 10.1002/hlca.202300035

Chemical Space for Peptide-based Antimicrobials

Autoren: Markus Orsi, Hippolyte Personne, Etienne Bonvin, Thierry Paschoud, Basak Olcay, Xiaoling Hu, Sacha Javor, Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: CHIMIA, Ausgabe 78, 2024, Seite(n) 648-653, ISSN 0009-4293
Herausgeber: Schweizerische Chemische Gedellschaft
DOI: 10.2533/chimia.2024.648

To Fold or Not to Fold: Diastereomeric Optimization of an α-Helical Antimicrobial Peptide

Autoren: Personne, Hippolyte; Paschoud, Thierry; Fulgencio, Sofia; Baeriswyl, Stéphane; Köhler, Thilo; van Delden, Christian; Stocker, Achim; Javor, Sacha; Reymond, Jean-Louis
Veröffentlicht in: Journal of Medicinal Chemistry, Ausgabe 66, 2023, 2023, Seite(n) 7570-7583, ISSN 1520-4804
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c00460

Exploring the Sequence Space of Antimicrobial Peptide Dendrimers

Autoren: Xingguang Cai; Alice Capecchi; Basak Olcay; Markus Orsi; Sacha Javor; Jean‐Louis Reymond
Veröffentlicht in: Israel Journal of Chemistry, Ausgabe Volume 63, Ausgabe 10-11, 2023, Seite(n) n/a, ISSN 0021-2148
Herausgeber: Laser Pages Publishing Ltd.
DOI: 10.1002/ijch.202300096

Dipropylamine for 9-Fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) Deprotection with Reduced Aspartimide Formation in Solid-Phase Peptide Synthesis

Autoren: Personne, Hippolyte; Siriwardena, Thissa N; Javor, Sacha; Reymond, Jean-Louis
Veröffentlicht in: ACS Omega, Ausgabe 8, 2023, 2023, Seite(n) 5050-5056, ISSN 2470-1343
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.2c07861

One chiral fingerprint to find them all

Autoren: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: Journal of Cheminformatics, Ausgabe 16, 2024, ISSN 1758-2946
Herausgeber: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-024-00849-6

The antibacterial activity of peptide dendrimers and polymyxin B increases sharply above pH 7.4

Autoren: Xingguang Cai; Sacha Javor; Bee Ha Gan; Thilo Köhler; Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: Chemical communications, Ausgabe 57(46), 2021, Seite(n) 5654-5657, ISSN 1359-7345
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cc01838h

An intrinsically disordered antimicrobial peptide dendrimer from stereorandomized virtual screening.

Autoren: Xingguang Cai; Markus Orsi; Alice Capecchi; Thilo Köhler; Christian van Delden; Sacha Javor; Jean-Louis Reymond
Veröffentlicht in: Cell Reports Physical Sciences, Ausgabe 3, 2022, Seite(n) 101161, ISSN 2666-3864
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.48350/177350