Chemical Space for Antimicrobials on a Peptide Basis

Informations projet

SPACE4AMPS

N° de convention de subvention: 885076

DOI

10.3030/885076

Date de signature de la CE 27 Mai 2020

Date de début 1 Janvier 2021

Date de fin 31 Decembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 495 285,00

Contribution de l’UE

€ 2 495 285,00

Coordonné par

UNIVERSITAET BERN
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (22)

Machine learning designs non-hemolytic antimicrobial peptides

Auteurs: Alice Capecchi; Xingguang Cai; Hippolyte Personne; Thilo Köhler; Christian van Delden; Jean-Louis Reymond
Publié dans: Chemical Science, Numéro 12(26), 2021, Page(s) 9221-9232, ISSN 2041-6539
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1sc01713f

Navigating a 1E+60 Chemical Space of Peptide/Peptoid Oligomers

Auteurs: Markus Orsi, Jean‐Louis Reymond
Publié dans: Molecular Informatics, Numéro 44, 2025, ISSN 1868-1743
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/minf.202400186

Inverse Polyamidoamine (i-PAMAM) Dendrimer Antimicrobials

Auteurs: Bonvin, Etienne; Reymond, Jean-Louis
Publié dans: Helvetica Chemica Acta, Numéro Volume 106, Numéro 6, 2023, Page(s) n/a, ISSN 1522-2675
Éditeur: Wiley VCH
DOI: 10.5281/zenodo.7839868

A mixed chirality α-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography

Auteurs: Stéphane Baeriswyl; Hippolyte Personne; Ivan Di Bonaventura; Thilo Köhler; Christian van Delden; Achim Stocker; Sacha Javor; Jean-Louis Reymond
Publié dans: RSC chemical biology, Numéro 2(6), 2021, Page(s) 1608-1617, ISSN 2633-0679
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cb00124h

Antimicrobial Peptide‐Peptoid Macrocycles from the Polymyxin B2 Chemical Space

Auteurs: Etienne Bonvin, Markus Orsi, Thierry Paschoud, Ashvin Gopalasingam, Jérémie Reusser, Thilo Köhler, Christian van Delden, Jean‐Louis Reymond
Publié dans: Angewandte Chemie, Numéro 137, 2025, ISSN 0044-8249
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202501299

Assigning the Stereochemistry of Natural Products by Machine Learning

Auteurs: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Publié dans: Biological and Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-zz9pw

Maschinelles Lernen zur Vorhersage antibakterieller Aktivität von Ruthenium‐Komplexen**

Auteurs: Markus Orsi, Boon Shing Loh, Cheng Weng, Wee Han Ang, Angelo Frei
Publié dans: Angewandte Chemie, Numéro 136, 2025, ISSN 0044-8249
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202317901

Can Large Language Models Predict Antimicrobial Peptide Activity and Toxicity?

Auteurs: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Publié dans: RSC Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2632-8682
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-74041-v2

Submonomer Synthesis of Inverse Polyamidoamine (i‐PAMAM) Dendrimer Antibacterials

Auteurs: Hippolyte Personne, Xiaoling Hu, Etienne Bonvin, Jérémie Reusser, Jean‐Louis Reymond
Publié dans: Helvetica Chimica Acta, Numéro 107, 2024, ISSN 0018-019X
Éditeur: Verlag Helvetica Chimica Acta
DOI: 10.1002/hlca.202400041

Stereorandomized Oncocins with Preserved Ribosome Binding and Antibacterial Activity

Auteurs: Bee Ha Gan, Etienne Bonvin, Thierry Paschoud, Hippolyte Personne, Jérémie Reusser, Xingguang Cai, Robert Rauscher, Thilo Köhler, Christian van Delden, Norbert Polacek, Jean-Louis Reymond
Publié dans: Journal of Medicinal Chemistry, Numéro 67, 2024, Page(s) 19448-19459, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.4c01768

Antimicrobial Peptide–Peptoid Hybrids with and without Membrane Disruption

Auteurs: Etienne Bonvin; Hippolyte Personne; Thierry Paschoud; Jérémie Reusser; Bee-Ha Gan; Alexandre Luscher; Thilo Köhler; Christian van Delden; Jean-Louis Reymond
Publié dans: ACS Infectious Diseases, Numéro Volume 9, Numéro 12, 2023, Page(s) 2593-2606, ISSN 2373-8227
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsinfecdis.3c00421

Machine Learning Guided Discovery of Non-Hemolytic Membrane Disruptive Anticancer Peptides

Auteurs: E. Zakharova, Markus Orsi, A. Capecchi, J.-L. Reymond
Publié dans: ChemMedChem, 2022, ISSN 1860-7187
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/cmdc.202200291

ELECTRUM: An Electron Configuration-based Universal Metal Fingerprint for Transition Metal Compounds

Auteurs: Angelo Frei, Markus Orsi
Publié dans: Inorganic Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-vqktn

Alchemical analysis of FDA approved drugs

Auteurs: Markus Orsi; Daniel Probst; Philippe Schwaller; Jean-Louis Reymond
Publié dans: Orsi, Markus; Probst, Daniel; Schwaller, Philippe; Reymond, Jean-Louis (2023). Alchemical analysis of FDA approved drugs. Digital discovery, 2(5), pp. 1289-1296. Royal Society of Chemistry 10.1039/d3dd00039g <http://dx.doi.org/10.1039/d3dd00039g>, Numéro Numéro 5, 2023, Page(s) n/a, ISSN 2635-098X
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3dd00039g

Inverse Polyamidoamine (i‐PAMAM) Dendrimer Antimicrobials

Auteurs: Etienne Bonvin; Jean‐Louis Reymond
Publié dans: Helvetica Chimica Acta, Numéro 1, 2023, Page(s) e202300035, ISSN 1522-2675
Éditeur: Wiley-VHCA
DOI: 10.1002/hlca.202300035

Chemical Space for Peptide-based Antimicrobials

Auteurs: Markus Orsi, Hippolyte Personne, Etienne Bonvin, Thierry Paschoud, Basak Olcay, Xiaoling Hu, Sacha Javor, Jean-Louis Reymond
Publié dans: CHIMIA, Numéro 78, 2024, Page(s) 648-653, ISSN 0009-4293
Éditeur: Schweizerische Chemische Gedellschaft
DOI: 10.2533/chimia.2024.648

To Fold or Not to Fold: Diastereomeric Optimization of an α-Helical Antimicrobial Peptide

Auteurs: Personne, Hippolyte; Paschoud, Thierry; Fulgencio, Sofia; Baeriswyl, Stéphane; Köhler, Thilo; van Delden, Christian; Stocker, Achim; Javor, Sacha; Reymond, Jean-Louis
Publié dans: Journal of Medicinal Chemistry, Numéro 66, 2023, 2023, Page(s) 7570-7583, ISSN 1520-4804
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c00460

Exploring the Sequence Space of Antimicrobial Peptide Dendrimers

Auteurs: Xingguang Cai; Alice Capecchi; Basak Olcay; Markus Orsi; Sacha Javor; Jean‐Louis Reymond
Publié dans: Israel Journal of Chemistry, Numéro Volume 63, Numéro 10-11, 2023, Page(s) n/a, ISSN 0021-2148
Éditeur: Laser Pages Publishing Ltd.
DOI: 10.1002/ijch.202300096

Dipropylamine for 9-Fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) Deprotection with Reduced Aspartimide Formation in Solid-Phase Peptide Synthesis

Auteurs: Personne, Hippolyte; Siriwardena, Thissa N; Javor, Sacha; Reymond, Jean-Louis
Publié dans: ACS Omega, Numéro 8, 2023, 2023, Page(s) 5050-5056, ISSN 2470-1343
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.2c07861

One chiral fingerprint to find them all

Auteurs: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Publié dans: Journal of Cheminformatics, Numéro 16, 2024, ISSN 1758-2946
Éditeur: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-024-00849-6

The antibacterial activity of peptide dendrimers and polymyxin B increases sharply above pH 7.4

Auteurs: Xingguang Cai; Sacha Javor; Bee Ha Gan; Thilo Köhler; Jean-Louis Reymond
Publié dans: Chemical communications, Numéro 57(46), 2021, Page(s) 5654-5657, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cc01838h

An intrinsically disordered antimicrobial peptide dendrimer from stereorandomized virtual screening.

Auteurs: Xingguang Cai; Markus Orsi; Alice Capecchi; Thilo Köhler; Christian van Delden; Sacha Javor; Jean-Louis Reymond
Publié dans: Cell Reports Physical Sciences, Numéro 3, 2022, Page(s) 101161, ISSN 2666-3864
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.48350/177350