Chemical Space for Antimicrobials on a Peptide Basis

Informazioni relative al progetto

SPACE4AMPS

ID dell’accordo di sovvenzione: 885076

DOI

10.3030/885076

Data della firma CE 27 Maggio 2020

Data di avvio 1 Gennaio 2021

Data di completamento 31 Dicembre 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 495 285,00

Contributo UE

€ 2 495 285,00

Coordinato da

UNIVERSITAET BERN
Switzerland

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (22)

Machine learning designs non-hemolytic antimicrobial peptides

Autori: Alice Capecchi; Xingguang Cai; Hippolyte Personne; Thilo Köhler; Christian van Delden; Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: Chemical Science, Numero 12(26), 2021, Pagina/e 9221-9232, ISSN 2041-6539
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1sc01713f

Navigating a 1E+60 Chemical Space of Peptide/Peptoid Oligomers

Autori: Markus Orsi, Jean‐Louis Reymond
Pubblicato in: Molecular Informatics, Numero 44, 2025, ISSN 1868-1743
Editore: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/minf.202400186

Inverse Polyamidoamine (i-PAMAM) Dendrimer Antimicrobials

Autori: Bonvin, Etienne; Reymond, Jean-Louis
Pubblicato in: Helvetica Chemica Acta, Numero Volume 106, Numero 6, 2023, Pagina/e n/a, ISSN 1522-2675
Editore: Wiley VCH
DOI: 10.5281/zenodo.7839868

A mixed chirality α-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography

Autori: Stéphane Baeriswyl; Hippolyte Personne; Ivan Di Bonaventura; Thilo Köhler; Christian van Delden; Achim Stocker; Sacha Javor; Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: RSC chemical biology, Numero 2(6), 2021, Pagina/e 1608-1617, ISSN 2633-0679
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cb00124h

Antimicrobial Peptide‐Peptoid Macrocycles from the Polymyxin B2 Chemical Space

Autori: Etienne Bonvin, Markus Orsi, Thierry Paschoud, Ashvin Gopalasingam, Jérémie Reusser, Thilo Köhler, Christian van Delden, Jean‐Louis Reymond
Pubblicato in: Angewandte Chemie, Numero 137, 2025, ISSN 0044-8249
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202501299

Assigning the Stereochemistry of Natural Products by Machine Learning

Autori: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: Biological and Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Editore: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-zz9pw

Maschinelles Lernen zur Vorhersage antibakterieller Aktivität von Ruthenium‐Komplexen**

Autori: Markus Orsi, Boon Shing Loh, Cheng Weng, Wee Han Ang, Angelo Frei
Pubblicato in: Angewandte Chemie, Numero 136, 2025, ISSN 0044-8249
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/ange.202317901

Can Large Language Models Predict Antimicrobial Peptide Activity and Toxicity?

Autori: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: RSC Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2632-8682
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-74041-v2

Submonomer Synthesis of Inverse Polyamidoamine (i‐PAMAM) Dendrimer Antibacterials

Autori: Hippolyte Personne, Xiaoling Hu, Etienne Bonvin, Jérémie Reusser, Jean‐Louis Reymond
Pubblicato in: Helvetica Chimica Acta, Numero 107, 2024, ISSN 0018-019X
Editore: Verlag Helvetica Chimica Acta
DOI: 10.1002/hlca.202400041

Stereorandomized Oncocins with Preserved Ribosome Binding and Antibacterial Activity

Autori: Bee Ha Gan, Etienne Bonvin, Thierry Paschoud, Hippolyte Personne, Jérémie Reusser, Xingguang Cai, Robert Rauscher, Thilo Köhler, Christian van Delden, Norbert Polacek, Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: Journal of Medicinal Chemistry, Numero 67, 2024, Pagina/e 19448-19459, ISSN 0022-2623
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.4c01768

Antimicrobial Peptide–Peptoid Hybrids with and without Membrane Disruption

Autori: Etienne Bonvin; Hippolyte Personne; Thierry Paschoud; Jérémie Reusser; Bee-Ha Gan; Alexandre Luscher; Thilo Köhler; Christian van Delden; Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: ACS Infectious Diseases, Numero Volume 9, Numero 12, 2023, Pagina/e 2593-2606, ISSN 2373-8227
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsinfecdis.3c00421

Machine Learning Guided Discovery of Non-Hemolytic Membrane Disruptive Anticancer Peptides

Autori: E. Zakharova, Markus Orsi, A. Capecchi, J.-L. Reymond
Pubblicato in: ChemMedChem, 2022, ISSN 1860-7187
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/cmdc.202200291

ELECTRUM: An Electron Configuration-based Universal Metal Fingerprint for Transition Metal Compounds

Autori: Angelo Frei, Markus Orsi
Pubblicato in: Inorganic Chemistry, 2024, ISSN 2573-2293
Editore: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-vqktn

Alchemical analysis of FDA approved drugs

Autori: Markus Orsi; Daniel Probst; Philippe Schwaller; Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: Orsi, Markus; Probst, Daniel; Schwaller, Philippe; Reymond, Jean-Louis (2023). Alchemical analysis of FDA approved drugs. Digital discovery, 2(5), pp. 1289-1296. Royal Society of Chemistry 10.1039/d3dd00039g <http://dx.doi.org/10.1039/d3dd00039g>, Numero Numero 5, 2023, Pagina/e n/a, ISSN 2635-098X
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3dd00039g

Inverse Polyamidoamine (i‐PAMAM) Dendrimer Antimicrobials

Autori: Etienne Bonvin; Jean‐Louis Reymond
Pubblicato in: Helvetica Chimica Acta, Numero 1, 2023, Pagina/e e202300035, ISSN 1522-2675
Editore: Wiley-VHCA
DOI: 10.1002/hlca.202300035

Chemical Space for Peptide-based Antimicrobials

Autori: Markus Orsi, Hippolyte Personne, Etienne Bonvin, Thierry Paschoud, Basak Olcay, Xiaoling Hu, Sacha Javor, Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: CHIMIA, Numero 78, 2024, Pagina/e 648-653, ISSN 0009-4293
Editore: Schweizerische Chemische Gedellschaft
DOI: 10.2533/chimia.2024.648

To Fold or Not to Fold: Diastereomeric Optimization of an α-Helical Antimicrobial Peptide

Autori: Personne, Hippolyte; Paschoud, Thierry; Fulgencio, Sofia; Baeriswyl, Stéphane; Köhler, Thilo; van Delden, Christian; Stocker, Achim; Javor, Sacha; Reymond, Jean-Louis
Pubblicato in: Journal of Medicinal Chemistry, Numero 66, 2023, 2023, Pagina/e 7570-7583, ISSN 1520-4804
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c00460

Exploring the Sequence Space of Antimicrobial Peptide Dendrimers

Autori: Xingguang Cai; Alice Capecchi; Basak Olcay; Markus Orsi; Sacha Javor; Jean‐Louis Reymond
Pubblicato in: Israel Journal of Chemistry, Numero Volume 63, Numero 10-11, 2023, Pagina/e n/a, ISSN 0021-2148
Editore: Laser Pages Publishing Ltd.
DOI: 10.1002/ijch.202300096

Dipropylamine for 9-Fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) Deprotection with Reduced Aspartimide Formation in Solid-Phase Peptide Synthesis

Autori: Personne, Hippolyte; Siriwardena, Thissa N; Javor, Sacha; Reymond, Jean-Louis
Pubblicato in: ACS Omega, Numero 8, 2023, 2023, Pagina/e 5050-5056, ISSN 2470-1343
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.2c07861

One chiral fingerprint to find them all

Autori: Markus Orsi, Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: Journal of Cheminformatics, Numero 16, 2024, ISSN 1758-2946
Editore: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-024-00849-6

The antibacterial activity of peptide dendrimers and polymyxin B increases sharply above pH 7.4

Autori: Xingguang Cai; Sacha Javor; Bee Ha Gan; Thilo Köhler; Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: Chemical communications, Numero 57(46), 2021, Pagina/e 5654-5657, ISSN 1359-7345
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cc01838h

An intrinsically disordered antimicrobial peptide dendrimer from stereorandomized virtual screening.

Autori: Xingguang Cai; Markus Orsi; Alice Capecchi; Thilo Köhler; Christian van Delden; Sacha Javor; Jean-Louis Reymond
Pubblicato in: Cell Reports Physical Sciences, Numero 3, 2022, Pagina/e 101161, ISSN 2666-3864
Editore: Elsevier
DOI: 10.48350/177350