Description du projet
Des méthodes innovantes pour détecter l’intervention humaine dans l’élevage sélectif des animaux
Les fils génétiques des ancêtres des chèvres, des bovins et des ovins ont été façonnés par un large éventail de facteurs tels que l’élevage humain, les conditions environnementales, l’hybridation et la dérive génétique fortuite. Leur domestication initiale, l’intensification de l’utilisation des produits animaux et la création de races primitives spécifiques sont des épisodes clés des interactions entre l’homme et l’animal. La situation de ces événements importants dans le temps et l’espace est toutefois approximative. Le projet AncestralWeave, financé par l’UE, combinera des méthodes innovantes avec des données anciennes sur le génome entier afin de démêler les fils de l’ascendance des chèvres, des bovins et des ovins sur l’ensemble du génome dans les épisodes de transformation mentionnés ci-dessus. Le projet générera un total de 1 000 génomes d’animaux anciens qui permettront de détecter l’intervention humaine dans l’élevage sélectif des animaux. Les résultats contribueront à terme à la compréhension des mutations nocives qui menacent aujourd’hui les animaux de ferme.
Objectif
The genetic threads of goat, cattle and sheep ancestry have been woven by human breeding, environmental pressures, hybridisation and the chance effects of genetic drift. The ancestral weaves of these key animals intertwine with human creativity in the most profoundly innovative episodes of the human past. Three broad episodes of particular import were: initial domestications circa 11 kya in Southwest Asia; the intensification circa 6 kya of use of those animal products which are harvested without killing such as wool, milk and traction; and the development of exceptionally productive landraces, later formalized into breeds, in recent millennia. However, each of these is loosely defined in time and space, the key traits are often osteologically invisible, and the vectors of causality in their virtuous cycles of gene-economy innovation are completely unknown.
A combination of high coverage ancient whole genome data coupled with new analysis methods that allow efficient computation of genomewide locus genealogies will be used to untangle the threads of ancestry in sheep, cattle and goat across the whole genome in these transformative phases. Combining these with additional low coverage genomes generated from less preserved samples will generate a total set of 1,000 ancient animal genomes. These data will be unprecedented and will allow tracking of selection at trait genes, in order to detect human agency in breeding and, in collaboration with archaeologist partners, asking are there periods and places where threads of innovation coalesce. The project will also use ancient epigenetics to explore archaeological variation in gene activation patterns and will seek to understand the problematic build up of harmful mutations that threaten livestock today. With cognate disciplines, it will compare signals of animal mobility identifying distinct genetic strata correlating with archaeological horizons and affording the prospect of DNA-dating in future excavation.
Champ scientifique
Mots‑clés
Programme(s)
Thème(s)
Régime de financement
ERC-ADG - Advanced GrantInstitution d’accueil
D02 CX56 Dublin
Irlande