Descripción del proyecto
Estudio de los determinantes potenciales de la diversidad genética
La diversidad genética desempeña un papel fundamental en la adaptación a los cambios medioambientales y la resiliencia de un ecosistema. Sin embargo, nuestros conocimientos sobre los factores determinantes de la diversidad genética siguen siendo limitados. Se ha propuesto una amplia variedad de factores determinantes como el tamaño de la población, la mutación, la selección, la tasa de especiación, la recombinación, la historia vital y las características ecológicas. El proyecto financiado con fondos europeos DIFFER propone una combinación de técnicas genómicas avanzadas con un sistema muy adecuado para analizar el papel de los determinantes de la diversidad genética previamente mencionados. El proyecto se centrará en más de doscientas especies endémicas de peces cíclidos del lago Tanganica de África oriental, las cuales ofrecen una base perfecta para llevar a cabo análisis comparativos gracias a sus características exclusivas.
Objetivo
Genetic diversity – that is, the genomic variation among individuals of a given species – is pivotal for adaptation to environmental alterations and an important factor for ecosystem resilience. Yet, the determinants of genetic diversity remain poorly understood. Population size is often used as a proxy for genetic diversity, but the amount of genetic variation within populations is not always reflected by their population size. Instead, factors such as linked selection, the recombination-, mutation-, and speciation rate, or life history and ecological traits may be more strongly connected to genetic diversity. So far, the interplay of all these parameters has not been empirically investigated, so that their relative contributions to genetic diversity are unknown.
In DIFFER!, I propose to thoroughly examine the role of all these potential determinants of genetic diversity by means of combining cutting-edge genomic techniques with a highly suitable model system: the more than 200 endemic cichlid fish species of the East African Lake Tanganyika. Owing to their great morphological and behavioral variation, contrasting speciation rates, and their recent radiation, these fishes offer an ideal framework for comparative analyses. Availability of long-read reference assemblies, recombination maps, a massive dataset of underwater photographs for estimating census population sizes, together with population sequencing of selected species and family-based ‘trio’ sequencing will enable me to investigate specifically the interplay between genetic diversity and (i) life history and ecological traits, (ii) speciation and hybridization rates, and (iii) mutation rates, while at the same time controlling for variation in population size, selection, and recombination.
The results of this project will contribute towards the understanding of organismal evolution and provide a new basis for the evaluation of genetic diversity in ecosystem management.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Palabras clave
Programa(s)
Régimen de financiación
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinador
4051 Basel
Suiza