Description du projet
Examiner les déterminants potentiels de la diversité génétique
La diversité génétique joue un rôle fondamental dans l’adaptation aux changements environnementaux et dans la résilience des écosystèmes. Toutefois, nos connaissances sur les déterminants de la diversité sont encore limitées. Un vaste éventail de déterminants possibles ont été proposés, tels que la taille de la population, les mutations, la sélection, le taux de spéciation, la recombinaison, le cycle biologique et les caractéristiques écologiques. Le projet DIFFER, financé par l’UE, propose de combiner des techniques génomiques avancées avec un système modèle parfaitement approprié pour examiner le rôle de tous les possibles déterminants de la diversité génétique susmentionnés. Le projet se concentrera sur plus de 200 espèces halieutiques de Cichlidés endémiques du lac Tanganyika en Afrique orientale, qui offrent une base idéale pour mener des analyses comparatives en raison de leurs caractéristiques uniques.
Objectif
Genetic diversity – that is, the genomic variation among individuals of a given species – is pivotal for adaptation to environmental alterations and an important factor for ecosystem resilience. Yet, the determinants of genetic diversity remain poorly understood. Population size is often used as a proxy for genetic diversity, but the amount of genetic variation within populations is not always reflected by their population size. Instead, factors such as linked selection, the recombination-, mutation-, and speciation rate, or life history and ecological traits may be more strongly connected to genetic diversity. So far, the interplay of all these parameters has not been empirically investigated, so that their relative contributions to genetic diversity are unknown.
In DIFFER!, I propose to thoroughly examine the role of all these potential determinants of genetic diversity by means of combining cutting-edge genomic techniques with a highly suitable model system: the more than 200 endemic cichlid fish species of the East African Lake Tanganyika. Owing to their great morphological and behavioral variation, contrasting speciation rates, and their recent radiation, these fishes offer an ideal framework for comparative analyses. Availability of long-read reference assemblies, recombination maps, a massive dataset of underwater photographs for estimating census population sizes, together with population sequencing of selected species and family-based ‘trio’ sequencing will enable me to investigate specifically the interplay between genetic diversity and (i) life history and ecological traits, (ii) speciation and hybridization rates, and (iii) mutation rates, while at the same time controlling for variation in population size, selection, and recombination.
The results of this project will contribute towards the understanding of organismal evolution and provide a new basis for the evaluation of genetic diversity in ecosystem management.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN.
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Mots‑clés
Programme(s)
Régime de financement
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinateur
4051 Basel
Suisse