Description du projet
La transcriptomique comparative de tréponèmes pathogènes cultivés in vitro
Treponema pallidum (TPA) est une bactérie qui provoque la syphilis, qui est considérée comme une maladie réémergente avec plus de 5,6 millions de cas dans le monde. Étonnamment, nous savons très peu de choses sur la biologie fondamentale et la pathogenèse de TPA, principalement en raison de la difficulté à propager cette bactérie in vitro. Un modèle de culture in vitro récemment décrit et fondé sur des cellules épithéliales de lapin ouvre de nouvelles possibilités pour l’étude de la biologie fondamentale de cet agent pathogène. L’objectif du projet ComTransTrep, financé par l’UE, consiste à combiner ce modèle in vitro avec des approches génomiques de haut débit afin d’obtenir des données sur les profils d’expression génétique de l’agent pathogène TPA.
Objectif
Syphilis, caused by the bacterium Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) is considered a re-emerging disease with over 5.6 million cases worldwide. Despite causing severe life-threatening infections, very little is known about the basic biology and pathogenesis of TPA, largely as the result of the inability to routinely propagate it in vitro.
The recently described in vitro culture model (containing rabbit epithelial cells) has opened new avenues for the study of the basic biology of this pathogen. The ultimate goal of my research proposal is to take advantage of the in vitro model and link its use to high throughput genomic approaches to provide unique insights into the gene expression profiles of this pathogen. This has been transformative for other bacteria, enhancing our knowledge of genetic regulation: essential genes vs differentially expressed genes and intra- and inter-strain differences in response to different growth conditions. This has not been possible until now for TPA. Here, I will perform dual RNA-seq of multiple strains grown in vitro under different conditions. This research proposal has three aims. First, to describe global gene expression patterns of phylogenetically selected TPA strains. Second, to describe genome-wide interaction-linked transcriptional alterations of the infected host cells. And lastly, to correlate the whole transcriptome data with genomic and allelic diversity we see in circulating clinical TPA populations.
This project will generate novel fundamental data which can lead to identification of functional pathways and prediction of the function for hypothetical genes, give light to the patterns of selection we see in genomic data and a better understanding of the key growth dependencies that could inform future axenic cultivation of TPA and combined a better understanding of basic biology introduce a more mechanistic understanding to surveillance and genomic epidemiology.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN.
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Mots‑clés
Programme(s)
Régime de financement
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinateur
CB10 1SA SAFFRON WALDEN
Royaume-Uni