Opis projektu
Transkryptomika porównawcza patogenicznych krętków z hodowli in vitro
Krętek blady jest bakterią wywołującą kiłę, która uważana jest za chorobę nawracającą występującą u ponad 5,6 miliona osób na całym świecie. Co zaskakujące, bardzo niewiele wiadomo na temat podstawowych właściwości biologicznych i patogenezy krętka bladego, głównie z powodu skomplikowanej propagacji tej bakterii w warunkach in vitro. Opisany niedawno model hodowli in vitro oparty na komórkach nabłonkowych królika otwiera nowe możliwości badania podstawowych właściwości biologicznych tego patogenu. Celem finansowanego ze środków UE projektu ComTransTrep jest zastosowanie modelu in vitro w połączeniu z wysokowydajnym podejściem genomicznym w celu uzyskania danych na temat profili ekspresji genu patogenu krętka bladego.
Cel
Syphilis, caused by the bacterium Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) is considered a re-emerging disease with over 5.6 million cases worldwide. Despite causing severe life-threatening infections, very little is known about the basic biology and pathogenesis of TPA, largely as the result of the inability to routinely propagate it in vitro.
The recently described in vitro culture model (containing rabbit epithelial cells) has opened new avenues for the study of the basic biology of this pathogen. The ultimate goal of my research proposal is to take advantage of the in vitro model and link its use to high throughput genomic approaches to provide unique insights into the gene expression profiles of this pathogen. This has been transformative for other bacteria, enhancing our knowledge of genetic regulation: essential genes vs differentially expressed genes and intra- and inter-strain differences in response to different growth conditions. This has not been possible until now for TPA. Here, I will perform dual RNA-seq of multiple strains grown in vitro under different conditions. This research proposal has three aims. First, to describe global gene expression patterns of phylogenetically selected TPA strains. Second, to describe genome-wide interaction-linked transcriptional alterations of the infected host cells. And lastly, to correlate the whole transcriptome data with genomic and allelic diversity we see in circulating clinical TPA populations.
This project will generate novel fundamental data which can lead to identification of functional pathways and prediction of the function for hypothetical genes, give light to the patterns of selection we see in genomic data and a better understanding of the key growth dependencies that could inform future axenic cultivation of TPA and combined a better understanding of basic biology introduce a more mechanistic understanding to surveillance and genomic epidemiology.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczenauki biologicznemikrobiologiabakteriologia
- medycyna i nauki o zdrowiunauki o zdrowiuzdrowie publiczne i środowiskoweepidemiologia
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
CB10 1SA SAFFRON WALDEN
Zjednoczone Królestwo