Descrizione del progetto
Trascrittomica comparativa di treponemi patogeni coltivati in vitro
Il treponema pallidum (TPA) è il batterio responsabile della sifilide, una malattia considerata riemergente con oltre 5,6 milioni di casi in tutto il mondo. Stranamente si sa ben poco della biologia di base e della patogenesi del batterio, in gran parte a causa della sua complicata propagazione in vitro. Un modello di coltura in vitro di recente descrizione basato sulle cellule epiteliali dei conigli apre nuove possibilità allo studio della biologia di base di questo patogeno. L’obiettivo del progetto ComTransTrep, finanziato dall’UE, è di applicare il modello in vitro insieme ad approcci genomici ad alto rendimento, al fine di ottenere dati sui profili di espressione genica del treponema pallidum.
Obiettivo
Syphilis, caused by the bacterium Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) is considered a re-emerging disease with over 5.6 million cases worldwide. Despite causing severe life-threatening infections, very little is known about the basic biology and pathogenesis of TPA, largely as the result of the inability to routinely propagate it in vitro.
The recently described in vitro culture model (containing rabbit epithelial cells) has opened new avenues for the study of the basic biology of this pathogen. The ultimate goal of my research proposal is to take advantage of the in vitro model and link its use to high throughput genomic approaches to provide unique insights into the gene expression profiles of this pathogen. This has been transformative for other bacteria, enhancing our knowledge of genetic regulation: essential genes vs differentially expressed genes and intra- and inter-strain differences in response to different growth conditions. This has not been possible until now for TPA. Here, I will perform dual RNA-seq of multiple strains grown in vitro under different conditions. This research proposal has three aims. First, to describe global gene expression patterns of phylogenetically selected TPA strains. Second, to describe genome-wide interaction-linked transcriptional alterations of the infected host cells. And lastly, to correlate the whole transcriptome data with genomic and allelic diversity we see in circulating clinical TPA populations.
This project will generate novel fundamental data which can lead to identification of functional pathways and prediction of the function for hypothetical genes, give light to the patterns of selection we see in genomic data and a better understanding of the key growth dependencies that could inform future axenic cultivation of TPA and combined a better understanding of basic biology introduce a more mechanistic understanding to surveillance and genomic epidemiology.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia batteriologia
- scienze mediche e della salute scienze della salute salute pubblica epidemiologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA trascrittomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2019
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
CB10 1SA SAFFRON WALDEN
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.