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Resolving spinal cord cell type evolution with single cell sequencing

Descripción del proyecto

Información sobre la evolución de la médula espinal de los vertebrados

El encéfalo y la médula espinal de los vertebrados se caracterizan por una diversidad inigualable de tipos de células y mecanismos complejos que los organizan en una sofisticada red. Aunque el sistema nervioso de los vertebrados evolucionó para hacer frente al aumento de estímulos sensoriales y respuestas motoras coordinadas directas, actualmente se debate si la teoría de la duplicación del genoma completo ha contribuido a su complejidad. Con tal fin, el proyecto financiado con fondos europeos ScLamprey estudiará la médula espinal de la lamprea, uno de los primeros vertebrados. Los científicos del proyecto se centrarán en los mecanismos moleculares que conducen a la especificación de las células de la médula espinal y su origen evolutivo. El atlas celular generado servirá de base para futuros estudios sobre la evolución del sistema nervioso de los vertebrados.

Objetivo

The emergence of vertebrates was accompanied by a major increase in nervous system complexity, as a sophisticated brain and spinal cord evolved to process enhanced sensory input and direct co-ordinated motor output. Such complexity is achieved by an increase in cell number, a greater diversity of cell types and sophisticated mechanisms to organise them. Is has long been debated whether the 2R whole genome duplications, which occurred just before the vertebrate split, contributed to the vertebrate increased complexity. To address this, we will focus on the lamprey spinal cord a representative of the first branching vertebrates and relate gene duplication events to the emergence of new neural cell types. Bulk RNA sequencing and developmental studies have started to shed light on neural patterning mechanisms in lamprey, but they do not provide cellular resolution in this complex tissue. This proposal combines traditional molecular methods with cutting-edge single cell mRNA profiling, to explore (1) the cellular diversity of the lamprey spinal cord, (2) the molecular mechanisms that specify those cell types and (3) the evolutionary origins of these mechanisms. First, I will identify marker genes that define specific cell types in lamprey embryonic spinal cord. Second, I will characterise each cell type transcriptional profile at single-cell resolution. Third, I will manipulate pattering signals and assesses the effect on gene expression, particularly on 2R paralogs. Finally, I will compare the lamprey spinal cord to that of other chordates, and relate gene duplication to the evolution of new cell types.
This project will generate a cellular atlas of the lamprey spinal cord, which will be the framework for future studies, and shed light onto whether the 2R genome duplications supported the evolution of vertebrate complexity.

Ámbito científico (EuroSciVoc)

CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.

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Coordinador

THE CHANCELLOR, MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF OXFORD
Aportación neta de la UEn
€ 224 933,76
Dirección
WELLINGTON SQUARE UNIVERSITY OFFICES
OX1 2JD Oxford
Reino Unido

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Región
South East (England) Berkshire, Buckinghamshire and Oxfordshire Oxfordshire
Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Enlaces
Coste total
€ 224 933,76