Description du projet
Pourquoi une espèce de poivre est résistante aux maladies
Piper colubrinum, qui est utilisé pour soigner le piétin, est une espèce sauvage apparentée à l’espèce cultivée de poivre noir Piper nigrum. Si P. colubrinum est résistant aux maladies, P. nigrum (une épice importante) ne l’est pas. Nous manquons de données validées sur la séquence du génome pour les deux espèces. De plus, la raison exacte de la résistance de P. colubrinum n’a pas encore été identifiée. Le projet OCNANO, financé par l’UE, tentera d’apporter des réponses au moyen du MinION, un appareil portable en temps réel pour le séquençage de l’ADN et de l’ARN. Plus précisément, il annotera les transcriptomes des deux espèces de Piper. Il utilisera également un système de capture par réseau pour identifier l’expression des gènes pathogènes pendant l’infection. Le projet comparera également l’analyse de l’expression des gènes de P. nigrum et de P. colubrinum pendant l’infection.
Objectif
Modern agriculture is dominated by crops noticeable for intense food supply leaving behind a class of neglected or orphan crops. Relatively poorly studied orphan crops have the potential to diversify the human diet, increase agricultural food productivity levels and enable more sustainable and resilient agro- and horti-food systems. Here, we focus on two such crops-Piper nigrum (black pepper) the most important spice traded internationally and Piper colubrinum, a wild relative of black pepper introduced from Brazil, which is the only known source of resistance to diseases such as foot rot or quick wilt caused by an Oomycete Phytophthora capsici. Negligible genome sequence data exists for either species. Although agricultural practices for making P. nigrum resistant to this Oomycete by interspecific hybridization with P.colubrinum are well known, no effective strategies have been generated yet. The exact reason behind the resistance of P.colubrinum is not yet understood, thus leaving open a fertile area of investigation.With this background, OCNANO aims to reveal the basis of pathogen resistance that distinguish resistant from susceptible species of Piper. We will employ Oxford nanopore MinION technology to address this issue with three specific objectives:(1) Annotate the transcriptomes of P.nigrum and P. colubrinum; (2) Identify pathogen gene expression during infection using a capture array; (3) Comparative analysis of P. nigrum and P. colubrinum gene expression during infection. Innovative strategies like nanopore in combination with other sequencing approaches can transform annotation and enable the richest understanding of gene expression during pathogen attack. Research progressing towards the rescue of such orphan crops from their environmental stresses, by applying leading edge technologies, can further enhance crop productivity, food security, knowledge based economy and society and contribute to the achievement of several UN Sustainable Development Goals.
Champ scientifique
Programme(s)
Régime de financement
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinateur
DD1 4HN Dundee
Royaume-Uni