Projektbeschreibung
Organoide zur Interpretation der Pathogenität von Krebsgenen
Bei der Sequenzierung der nächsten Generation handelt es sich um ein Verfahren mit hohem Durchsatz, das die Biowissenschaften revolutioniert hat, da es im Bereich der Onkologie unerreichte Informationen zu genetischen Varianten liefert. Die Klassifikation dieser Informationen stellt unterdessen oftmals aufgrund der ungewissen Signifikanz eine erhebliche medizinische Herausforderung dar. Das EU-finanzierte Projekt Organ-VIP zielt darauf ab, Einschränkungen in Verbindung mit bestehenden funktionellen Assays zu überwinden, die zur Interpretation der genetischen Krebsvarianten verwendet werden. Durch die Fokussierung auf Darmkrebsgene entwickeln die Forschenden eine organoidbasierte Screening-Plattform, um die funktionelle Pathogenität genetischer Varianten zu analysieren. Der hohe Durchsatz, den das Verfahren in Aussicht stellt, eröffnet neue Möglichkeiten für die routinemäßige Implementierung in die Untersuchung neuer und bekannter Darmkrebsgene.
Ziel
Implementation of next generation sequencing to genetic diagnosis and precision medicine has revolutionized the fields of hereditary cancer and oncology, increasing exponencially the identification of genetic variants of uncertain significance. Their classification is one of the most relevant and urgent challenges we face, since decision-making in the clinics depends on it. Evidence obtained from empirical functional studies is essential to reach a definitive classification; however, clinical relevance of such studies is currently low due to lack of standardized tests, use of inadequate models, and tediousness and cost- and time-inefficiency of available assays.
Organ-VIP aims at surpassing the barriers we face when using and implementing functional assays for the interpretation of genetic variants in colorectal cancer (CRC) genes. State-of-the-art methodological and conceptual developments will facilitate the development of a screening platform to interpret the pathogenicity of variants in any CRC gene. To do so, we aim to: i) Use a model that faithfully represents the target tissue and genetic context (CRISPR/Cas9-edited human normal colon organoids); ii) Optimize end-point assay(s) to maximize performance, implementation, robustness and agreement with clinical evidence; iii) Assess genetic variants in hereditary CRC and polyposis genes; and iv) Calibrate the results for implementation in variant classifiers.
Organ-VIP integrates clinical aspects, molecular and cell biology, next generation sequencing, and advanced bioinformatics analysis. The platform will not only be useful for variant interpretation in germline and somatic testing, but also for functional evaluation of new candidate CRC genes. In the longer term, Organ-VIP will become high-throughput by the implementation of saturation genome editing, high-throughput organoid culture, automation of sampling, and implementation of artificial intelligence.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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