Description du projet
Une nouvelle méthode pour séquencer les protéines
Les modifications post-traductionnelles (MPT) confèrent aux protéines une importante variation fonctionnelle, primordiale pour les organismes vivants. Toutefois, la détection de ces modifications par séquençage ou spectrométrie de masse rencontre certaines limites. Ces deux techniques demandent beaucoup de travail, nécessitent une préparation importante des échantillons et ne peuvent pas prendre en compte les protéines de faible abondance ni fournir d’informations au niveau unicellulaire. Les scientifiques du projet SMPSBN, financé par l’UE, proposent de développer une méthode similaire au séquençage de l’ADN par nanopores pour déterminer les MPT à haut débit et avec une sensibilité au niveau de la molécule unique. Une fois matérialisée, cette technologie devrait révolutionner la recherche en protéomique et ouvrir la voie à son utilisation en clinique.
Objectif
Despite the importance of post-translational variation to the function of proteins in a living organism, sequencing proteins to study these variations is still a costly and time-consuming process, with intrinsic limitations. Protein sequencing and detection of post-translational modifications (PTMs) by mass spectrometry, the current gold standard, requires extensive sample preparation and large sample sizes, and possesses a limited dynamic range with respect to sample concentration. These limitations severely restrict its application to biological and clinical problems. A robust method for sequencing proteins and detecting PTMs at the single-molecule level would be revolutionary for proteomics research, allowing biologists to quantify low-abundance proteins as well as distributions and correlations of PTM patterns, all at a single-cell level. I propose a first-of-kind method for protein sequencing with applications in fundamental biology, cancer immunotherapy, and pharmaceutical development. This method uses biological nanopores in a manner similar to nanopore DNA sequencing, an established single-molecule sequencing technology capable of high throughput and single-molecule sensitivity. Developing this method for protein sequencing comes with many significant challenges, which will be addressed over the course of the proposed research.
Champ scientifique
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteinsproteomics
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsDNA
- medical and health sciencesclinical medicineoncology
- medical and health sciencesbasic medicineimmunologyimmunotherapy
- natural scienceschemical sciencesanalytical chemistrymass spectrometry
Programme(s)
Régime de financement
MSCA-IF-EF-ST - Standard EFCoordinateur
2628 CN Delft
Pays-Bas