Descripción del proyecto
Conocimientos nuevos sobre la hipoxia y las respuestas inmunitarias en plantas
Recientemente, se han identificado en los mamíferos mecanismos epigenéticos, como la desmetilación de histonas, que desempeñan un papel importante en la respuesta a niveles bajos de oxígeno (hipoxia) y a infecciones. Los análisis revelan que tales respuestas también pueden encontrarse en plantas. En el proyecto EpiStress, financiado con fondos europeos, se estudiará si las modificaciones sustanciales en el panorama epigenético son debidas a cambios en la expresión génica vegetal en respuesta a la hipoxia o las respuestas inmunitarias, así como el compromiso entre la hipoxia y las respuestas inmunitarias. Sus investigadores examinarán la capacidad de adaptación de la cebada («Hordeum vulgare») al cambio climático mediante la combinación de genética, tratamientos contra la hipoxia y patógenos, inmunoprecipitación de cromatina con secuenciación de nueva generación, secuenciación de ARN y bioinformática, a fin de determinar una nueva e importante ruta de respuesta a la hipoxia y la infección en plantas.
Objetivo
Climate change is a global problem that is drastically changing our planet. Increased precipitation in Northern Europe has caused major crop losses, in part due to the oxygen deprivation experienced by the waterlogged roots. In mammals, epigenetic mechanisms (histone demethylation) have recently been identified that play a major role in the response to low oxygen levels (hypoxia), and response to infection. There are striking similarities between the mammalian and plant responses to hypoxia and infection. My preliminary analyses suggest that the epigenetic mechanisms that control these responses in mammals may be conserved in plants. EpiStress aims to determine if major changes to the epigenetic landscape underlie (i) gene expression changes in response to hypoxia and/or immune response in plants; (ii) the trade-off between the hypoxia and immune programs. These aims will be achieved through three objectives; (i) determining if histone demethylases are novel players in the regulation of hypoxia response in the model plant Arabidopsis thaliana; (ii) testing if histone methylation or acetylation changes underlie the trade-off between hypoxia response and immunity; (iii) describing the epigenetic changes that occur in response to hypoxia in barley (Hordeum vulgare) and if these changes can explain corresponding gene expression changes. Fundamental mechanisms will first be established at Maynooth University, Ireland under the supervision of Dr. Emmanuelle Graciet. The potential for crop adaptation to climate change will be explored during a secondment at the state agency Teagasc, Ireland under the supervision of Dr. Ewen Mullins, using barley, Ireland’s most widely grown tillage crop. A combination of genetics, hypoxia and pathogen treatments, chromatin immunoprecipitation with next generation sequencing (ChIP-seq), RNA-seq and bioinformatics will be used throughout this project to identify a major new pathway of hypoxia and infection response in plants.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Palabras clave
Programa(s)
Régimen de financiación
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinador
W23 Maynooth
Irlanda