Opis projektu
Nowe spojrzenie na odpowiedzi na hipoksję i infekcję u roślin
U ssaków odkryto niedawno mechanizmy epigenetyczne, takie jak demetylacja histonów, które odgrywają istotną rolę w odpowiedzi na niedobór tlenu (hipoksja) i infekcje. Analizy wskazują, że reakcje tego typu występują także u roślin. Zespół finansowanego ze środków UE projektu EpiStress oceni, czy u podstaw zmian w ekspresji genów związanych z odpowiedzią na hipoksję i/lub infekcję u roślin leżą poważne zmiany krajobrazu genetycznego. W tym samym kontekście zbadane zostaną także kompromisy między programami tych odpowiedzi. Naukowcy zbadają, czy jęczmień (Hordeum vulgare) można dostosować do zmiany klimatu. Stosując kombinację technik genetycznych, modyfikacji z zastosowaniem hipoksji i patogenów, immunoprecypitacji chromatyny z sekwencjonowaniem nowej generacji (ChIP-seq), sekwencjonowania RNA (RNA-seq) oraz bioinformatyki zidentyfikują nowy, ważny szlak odpowiedzi na hipoksję i infekcję u roślin.
Cel
Climate change is a global problem that is drastically changing our planet. Increased precipitation in Northern Europe has caused major crop losses, in part due to the oxygen deprivation experienced by the waterlogged roots. In mammals, epigenetic mechanisms (histone demethylation) have recently been identified that play a major role in the response to low oxygen levels (hypoxia), and response to infection. There are striking similarities between the mammalian and plant responses to hypoxia and infection. My preliminary analyses suggest that the epigenetic mechanisms that control these responses in mammals may be conserved in plants. EpiStress aims to determine if major changes to the epigenetic landscape underlie (i) gene expression changes in response to hypoxia and/or immune response in plants; (ii) the trade-off between the hypoxia and immune programs. These aims will be achieved through three objectives; (i) determining if histone demethylases are novel players in the regulation of hypoxia response in the model plant Arabidopsis thaliana; (ii) testing if histone methylation or acetylation changes underlie the trade-off between hypoxia response and immunity; (iii) describing the epigenetic changes that occur in response to hypoxia in barley (Hordeum vulgare) and if these changes can explain corresponding gene expression changes. Fundamental mechanisms will first be established at Maynooth University, Ireland under the supervision of Dr. Emmanuelle Graciet. The potential for crop adaptation to climate change will be explored during a secondment at the state agency Teagasc, Ireland under the supervision of Dr. Ewen Mullins, using barley, Ireland’s most widely grown tillage crop. A combination of genetics, hypoxia and pathogen treatments, chromatin immunoprecipitation with next generation sequencing (ChIP-seq), RNA-seq and bioinformatics will be used throughout this project to identify a major new pathway of hypoxia and infection response in plants.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetyka
- nauki przyrodniczenauki fizyczneastronomiaplanetologiaplanety
- nauki rolniczerolnictwo, leśnictwo i rybołówstworolnictwo
- nauki przyrodniczenauki biologicznezoologiamammalogia
- nauki przyrodniczenauki o Ziemi i pokrewne nauki o środowiskunauki o atmosferzeklimatologiazmiany klimatu
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
W23 Maynooth
Irlandia