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Epigenetic mechanisms controlling hypoxia and pathogen Stress responses in plants

Descrizione del progetto

Nuove informazioni sull’ipossia e sulla risposta immunitaria delle piante

Nei mammiferi, sono stati recentemente individuati meccanismi epigenetici come la demetilazione degli istoni, che svolge un ruolo importante nella risposta ai bassi livelli di ossigeno (ipossia) e all’infezione. Le analisi indicano la possibilità che tali risposte siano presenti anche nelle piante. Il progetto EpiStress, finanziato dall’UE, stabilirà se ci siano cambiamenti radicali al quadro epigenetico alla base delle modifiche dell’espressione genica in risposta all’ipossia e/o la risposta immunitaria delle piante, nonché lo scambio tra l’ipossia e i programmi immunitari. I ricercatori esamineranno la possibilità di adattamento ai cambiamenti climatici dell’orzo (Hordeum vulgare), per mezzo di una combinazione di genetica, ipossia e trattamenti patogeni, cromatina immunoprecipitata con il sequenziamento di ultima generazione (ChIP-seq), RNA-seq e bioinformatica, al fine di individuare un nuovo importante percorso di risposta all’ipossia e all’infezione nelle piante.

Obiettivo

Climate change is a global problem that is drastically changing our planet. Increased precipitation in Northern Europe has caused major crop losses, in part due to the oxygen deprivation experienced by the waterlogged roots. In mammals, epigenetic mechanisms (histone demethylation) have recently been identified that play a major role in the response to low oxygen levels (hypoxia), and response to infection. There are striking similarities between the mammalian and plant responses to hypoxia and infection. My preliminary analyses suggest that the epigenetic mechanisms that control these responses in mammals may be conserved in plants. EpiStress aims to determine if major changes to the epigenetic landscape underlie (i) gene expression changes in response to hypoxia and/or immune response in plants; (ii) the trade-off between the hypoxia and immune programs. These aims will be achieved through three objectives; (i) determining if histone demethylases are novel players in the regulation of hypoxia response in the model plant Arabidopsis thaliana; (ii) testing if histone methylation or acetylation changes underlie the trade-off between hypoxia response and immunity; (iii) describing the epigenetic changes that occur in response to hypoxia in barley (Hordeum vulgare) and if these changes can explain corresponding gene expression changes. Fundamental mechanisms will first be established at Maynooth University, Ireland under the supervision of Dr. Emmanuelle Graciet. The potential for crop adaptation to climate change will be explored during a secondment at the state agency Teagasc, Ireland under the supervision of Dr. Ewen Mullins, using barley, Ireland’s most widely grown tillage crop. A combination of genetics, hypoxia and pathogen treatments, chromatin immunoprecipitation with next generation sequencing (ChIP-seq), RNA-seq and bioinformatics will be used throughout this project to identify a major new pathway of hypoxia and infection response in plants.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2019

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Coordinatore

NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND MAYNOOTH
Contributo netto dell'UE
€ 184 590,72
Indirizzo
CO KILDARE
W23 Maynooth
Irlanda
Regione
Ireland Eastern and Midland Mid-East
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale
€ 184 590,72