Description du projet
Nouvelles données sur les réponses immunitaires et à l’hypoxie des végétaux
Chez les mammifères, les mécanismes épigénétiques comme la déméthylation des histones, qui jouent un rôle majeur dans la réponse aux faibles niveaux d’oxygène (hypoxie) et à l’infection, ont récemment été identifiés. Des analyses indiquent que les végétaux pourraient également utiliser ces réponses. Le projet EpiStress, financé par l’UE, déterminera si de grands changements au paysage épigénétique sous-tendent des changements dans l’expression génétique en réponse à l’hypoxie et/ou à la réponse immunitaire chez les végétaux, ainsi que le compromis entre les programmes liés à l’hypoxie et à l’immunité. Des chercheurs étudieront le potentiel d’adaptation de l’orge (Hordeum vulgare) au changement climatique en combinant la génétique, les traitements contre l’hypoxie et les agents pathogènes, l’immunoprécipitation de chromatine avec le séquençage de nouvelle génération (ChIP-seq), le séquençage de l’ARN et la bio-informatique afin d’identifier une nouvelle voie importante de la réponse à l’hypoxie et à l’infection chez les végétaux.
Objectif
Climate change is a global problem that is drastically changing our planet. Increased precipitation in Northern Europe has caused major crop losses, in part due to the oxygen deprivation experienced by the waterlogged roots. In mammals, epigenetic mechanisms (histone demethylation) have recently been identified that play a major role in the response to low oxygen levels (hypoxia), and response to infection. There are striking similarities between the mammalian and plant responses to hypoxia and infection. My preliminary analyses suggest that the epigenetic mechanisms that control these responses in mammals may be conserved in plants. EpiStress aims to determine if major changes to the epigenetic landscape underlie (i) gene expression changes in response to hypoxia and/or immune response in plants; (ii) the trade-off between the hypoxia and immune programs. These aims will be achieved through three objectives; (i) determining if histone demethylases are novel players in the regulation of hypoxia response in the model plant Arabidopsis thaliana; (ii) testing if histone methylation or acetylation changes underlie the trade-off between hypoxia response and immunity; (iii) describing the epigenetic changes that occur in response to hypoxia in barley (Hordeum vulgare) and if these changes can explain corresponding gene expression changes. Fundamental mechanisms will first be established at Maynooth University, Ireland under the supervision of Dr. Emmanuelle Graciet. The potential for crop adaptation to climate change will be explored during a secondment at the state agency Teagasc, Ireland under the supervision of Dr. Ewen Mullins, using barley, Ireland’s most widely grown tillage crop. A combination of genetics, hypoxia and pathogen treatments, chromatin immunoprecipitation with next generation sequencing (ChIP-seq), RNA-seq and bioinformatics will be used throughout this project to identify a major new pathway of hypoxia and infection response in plants.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN.
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Programme(s)
Régime de financement
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinateur
W23 Maynooth
Irlande