Description du projet
Délimiter la guerre hôte-pathogène
Les interactions hôte-pathogène ont conduit à l’évolution de stratégies des deux côtés visant à exercer leur domination respective. La détermination de ces interactions est essentielle pour concevoir et développer des méthodes efficaces visant à éradiquer les agents pathogènes. Les scientifiques du projet FISHnCRISPS, financé par l’UE, utiliseront Salmonella typhi comme modèle pour réaliser un criblage génétique à l’aide de l’interférence CRISPR. L’idée consiste à isoler plusieurs facteurs de virulence et à déterminer leur impact sur les réponses de l’hôte. En outre, le profilage transcriptomique simultané de l’hôte et de l’agent pathogène à l’échelle unicellulaire aidera les scientifiques à comprendre l’hétérogénéité des résultats souvent observés parmi les individus confrontés au même agent pathogène.
Objectif
Over the course of host-pathogen evolution, both the players in this game have set out strategies to overcome each other, by adapting to challenging environments and camouflaging on the one side, and by detecting and eradicating the enemy on the other. In this context, the identification of the pathogenic potential, that is, the genetic elements conferring virulence and how they subvert the host’s defences, is fundamental. With a multiplexed approach, I aim at developing a pooled genetic screen using CRISPR interference to produce pathogen knocked-down libraries impaired in a curated subset of virulence factors of Salmonella Typhi. This pathogen is of particular interest because of the severity of its systemic infection combined with its human host-restriction, which left research lagging behind. Several cellular systems (macrophages, PBMCs, organoids) will be probed upon infection of S. typhi mutants, and the host transcriptome retrieved by single-cell RNA-seq. This analysis will provide a systematic and thorough map of the cause and effect network of the pathogen virulence factors and host responses.
Interestingly, in this pathogen-host “war”, each battle can end with a different winner, even when the teams are comprised of the same players, meaning that the heterogeneity in the cellular state of both the pathogen and the host previous to the infection, can lead to the occurrence of diverse outcomes within a single population. The pathogen can either replicate, persist or be cleared by the host. This intrinsic cell-to-cell variability posits the importance of profiling simultaneously the host and the pathogen at the level of single cells. To achieve this goal, I will profile the transcriptomes of the host and the pathogen at the same time, by using multiplexed smFISH. This analysis will quantitatively untangle the contribution of heterogeneity to disease outcomes.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2019
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
7610001 Rehovot
Israël
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.