Opis projektu
Poznać interakcje gospodarz–patogen
Interakcje gospodarz–patogen doprowadziły do wypracowania przez oba organizmy strategii dominacji. Stworzenie skutecznych metod walki z patogenami wymaga wyjaśnienia tej zależności. Skupieni wokół finansowanego z unijnych środków projektu FISHnCRISPS naukowcy przeprowadzą genetyczne badania przesiewowe z wykorzystaniem metody CRISPR. Za model posłuży im bakteria z rodzaju Salmonella typhi. Celem zespołu jest zidentyfikowanie różnych czynników wirulencji i określenie ich wpływu na odpowiedź gospodarza. Ponadto jednoczesne profilowanie transkryptomu gospodarza i patogenu na poziomie pojedynczej komórki pozwoli naukowcom zrozumieć różnice w reakcji gospodarzy, które są często obserwowane u organizmów zmagających się z tym samym patogenem.
Cel
Over the course of host-pathogen evolution, both the players in this game have set out strategies to overcome each other, by adapting to challenging environments and camouflaging on the one side, and by detecting and eradicating the enemy on the other. In this context, the identification of the pathogenic potential, that is, the genetic elements conferring virulence and how they subvert the host’s defences, is fundamental. With a multiplexed approach, I aim at developing a pooled genetic screen using CRISPR interference to produce pathogen knocked-down libraries impaired in a curated subset of virulence factors of Salmonella Typhi. This pathogen is of particular interest because of the severity of its systemic infection combined with its human host-restriction, which left research lagging behind. Several cellular systems (macrophages, PBMCs, organoids) will be probed upon infection of S. typhi mutants, and the host transcriptome retrieved by single-cell RNA-seq. This analysis will provide a systematic and thorough map of the cause and effect network of the pathogen virulence factors and host responses.
Interestingly, in this pathogen-host “war”, each battle can end with a different winner, even when the teams are comprised of the same players, meaning that the heterogeneity in the cellular state of both the pathogen and the host previous to the infection, can lead to the occurrence of diverse outcomes within a single population. The pathogen can either replicate, persist or be cleared by the host. This intrinsic cell-to-cell variability posits the importance of profiling simultaneously the host and the pathogen at the level of single cells. To achieve this goal, I will profile the transcriptomes of the host and the pathogen at the same time, by using multiplexed smFISH. This analysis will quantitatively untangle the contribution of heterogeneity to disease outcomes.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF-EF-ST - Standard EFKoordynator
7610001 Rehovot
Izrael