Projektbeschreibung
Der Kampf zwischen Wirt und Pathogen im Blick der Forschung
Die Wirt-Pathogen-Interaktion hat auf beiden Seiten zu einer Evolution geführt, um über die jeweilige Gegenseite die Oberhand zu gewinnen. Die Erforschung dieser Zusammenwirkung ist von zentraler Bedeutung, um wirksame Methoden zur Vernichtung von Pathogenen zu konzipieren und zu entwickeln. Das am EU-finanzierten Projekt FISHnCRISPS beteiligte Forschungsteam wird am Modell Salmonella typhi mithilfe von CRISPR-Interferenz ein genetisches Screening durchführen. Der Sinn dahinter ist es, verschiedene Virulenzfaktoren zu isolieren und ihre Auswirkungen auf Wirtsreaktionen zu bestimmen. Darüber hinaus werden außerdem Transkriptomprofile von Wirt und Pathogen auf Einzelzellebene erstellt. Diese werden den Forschenden ein besseres Verständnis von der Heterogenität der Ergebnisse ermöglichen, die bei Personen mit Infektionen durch denselben Krankheitserreger häufig beobachtet wird.
Ziel
Over the course of host-pathogen evolution, both the players in this game have set out strategies to overcome each other, by adapting to challenging environments and camouflaging on the one side, and by detecting and eradicating the enemy on the other. In this context, the identification of the pathogenic potential, that is, the genetic elements conferring virulence and how they subvert the host’s defences, is fundamental. With a multiplexed approach, I aim at developing a pooled genetic screen using CRISPR interference to produce pathogen knocked-down libraries impaired in a curated subset of virulence factors of Salmonella Typhi. This pathogen is of particular interest because of the severity of its systemic infection combined with its human host-restriction, which left research lagging behind. Several cellular systems (macrophages, PBMCs, organoids) will be probed upon infection of S. typhi mutants, and the host transcriptome retrieved by single-cell RNA-seq. This analysis will provide a systematic and thorough map of the cause and effect network of the pathogen virulence factors and host responses.
Interestingly, in this pathogen-host “war”, each battle can end with a different winner, even when the teams are comprised of the same players, meaning that the heterogeneity in the cellular state of both the pathogen and the host previous to the infection, can lead to the occurrence of diverse outcomes within a single population. The pathogen can either replicate, persist or be cleared by the host. This intrinsic cell-to-cell variability posits the importance of profiling simultaneously the host and the pathogen at the level of single cells. To achieve this goal, I will profile the transcriptomes of the host and the pathogen at the same time, by using multiplexed smFISH. This analysis will quantitatively untangle the contribution of heterogeneity to disease outcomes.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
HAUPTPROGRAMM
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) H2020-MSCA-IF-2019
Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigenKoordinator
Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
7610001 Rehovot
Israel
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.