Description du projet
L’évolution du cancer de la prostate
Le cancer de la prostate (CaP) se caractérise par une grande hétérogénéité moléculaire et clinique. Le projet SCEPTRE financé par l’UE cherche à comprendre le rôle de l’épigénétique dans l’hétérogénéité tumorale et au sein de l’évolution clonale. À cette fin, les scientifiques utiliseront des technologies de séquençage de pointe pour identifier les variations épigénétiques, transcriptomiques et génomiques des cellules cancéreuses. Les moteurs épigénétiques et la méthylation de l’ADN ont le pouvoir de servir de biomarqueurs de la maladie et d’offrir un aperçu de l’évolution de différents clones cancéreux. Considérant que le CaP est le cancer le plus fréquemment diagnostiqué chez les hommes en Europe, les résultats du projet ont une grande importance clinique et thérapeutique.
Objectif
Prostate cancer (PrCa) is the most frequently diagnosed cancer in men in the European Union (EU), and is a molecularly and clinically heterogeneous disease. Although the genomic and transcriptomic landscapes of PrCa have been characterized deeply, the genome-wide epigenetic landscape and its contribution to tumor heterogeneity has received less attention. The lack of single-cell methylation (with parallel single-cell transcriptomic) datasets in solid tumors (and none in PrCA) has stunted inference on clonal evolution. Consequently, the understanding of the coordinated relationship between methylation and transcriptome remains tenuous at best. Structural variants have also not been able to be accurately resolved in cancer due to the reliance on short-read sequencing, and their interplay with DNA methylation is still poorly understood. I present the project, SCEPTRE which is tightly connected to and builds upon ample expertise in the laboratories of Prof. Christoph Plass, Division Chair of Cancer Epigenomics, DKFZ, and Dr. Oliver Stegle, Division Chair of Computational Genomics, DKFZ. Within this project, I will drive the generation of novel ‘single-cell’ and ‘single-molecule long-read’ PrCa datasets, and exploit existing data resources to comprehensively assess the epigenetic and joint transcriptomic and genomic dimensions of human PrCa with the aim to examine cancer evolution. To realize this aim, I will also derive a comprehensive computational toolbox for the analysis of single-cell (and single-molecule) DNA methylation and joint multi-omic profiles. This project will deliver novel innovative ways to identify epigenetic drivers; as well as link DNA methylation for lineage tracing as a biomarker for disease progression. Moreover, the project will uncover putative relationships between the DNA methylome and transcriptome as well as between structural genetic aberrations and epigenetic changes.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- sciences médicales et de la santémédecine cliniqueoncologiecancer de la prostate
- sciences naturellessciences biologiquesgénétiqueADN
- sciences naturellessciences biologiquesgénétiqueépigénétique
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Mots‑clés
Programme(s)
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2019
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MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinateur
69120 Heidelberg
Allemagne