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Circular DNA in diagnosis and disease models

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Publicaciones

Targeted removal of mitochondrial DNA from mouse and humanextrachromosomal circular DNA with CRISPR-Cas9 (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Weijia Feng , Gerard Arrey , Egija Zole , Wei Lv , Xue Liang , Peng Han , Marghoob Mohiyuddin , Henriette Pilegaard , Birgitte Regenberg
Publicado en: Computational and Structural Biotechnology Journal, Edición Volume 20, 2022, Pages 3059-3067, 2022, ISSN 2001-0370
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.06.028

Variation of extrachromosomal circular DNA in cancer cell lines (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Carl Rung dos Santos, Lasse Bøllehuus Hansen, Monica Rojas-Triana, Astrid Zedlitz Johansen, Mirna Perez-Moreno, and Birgitte Regenberg
Publicado en: Computational and Structural Biotechnology Journal, Edición Volume 21, 2023, Página(s) 4207–4214, ISSN 2001-0370
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2023.08.027

Skeletal Muscles of Sedentary and Physically Active Aged People Have Distinctive Genic Extrachromosomal Circular DNA Profiles (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Daniela Gerovska; Marcos J. Araúzo-Bravo
Publicado en: International Journal of Molecular Sciences, Edición Volume 24; Edición 3, 2023, Página(s) 2736, ISSN 1422-0067
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24032736

Extrachromosomal Circular DNA: An Emerging Potential Biomarker for Inflammatory Bowel Diseases? (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Petito V, Di Vincenzo F, Putignani L, Abreu MT, Regenberg B, Gasbarrini A, Scaldaferri F.
Publicado en: Genes, Edición Volume 15, Edición 4, 2024, Página(s) 414, ISSN 2073-4425
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes15040414

Systemic Lupus Erythematosus Patients with DNASE1L3·Deficiency Have a Distinctive and Specific Genic Circular DNA Profile in Plasma (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Daniela Gerovska; Marcos J. Araúzo-Bravo
Publicado en: Cells, Edición Volume 12; Edición 7, 2023, Página(s) 1061, ISSN 2073-4409
Editor: MDPI
DOI: 10.3390/cells12071061

Circular and Circulating DNA in Inflammatory Bowel Disease: From Pathogenesis to Potential Molecular Therapies (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Federica Di Vincenzo; Ylenia Yadid; Valentina Petito; Valeria Emoli; Letizia Masi; Daniela Gerovska; Marcos Jesus Araúzo-Bravo; Antonio Gasbarrini; Birgitte Regenberg; Franco Scaldaferri
Publicado en: Cells, Edición Volume 12; Edición 15, 2023, Página(s) 1953, ISSN 2073-4409
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cells12151953

Enhancing CRISPR-Cas9 gRNA efficiency prediction by data integration and deep learning (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Xi Xiang, Giulia I. Corsi, Christian Anthon, Kunli Qu, Xiaoguang Pan, Xue Liang, Peng Han, Zhanying Dong, Lijun Liu, Jiayan Zhong, Tao Ma, Jinbao Wang, Xiuqing Zhang, Hui Jiang, Fengping Xu, Xin Liu, Xun Xu, Jian Wang, Huanming Yang, Lars Bolund, George M. Church, Lin Lin, Jan Gorodkin, Yonglun Luo
Publicado en: Nature Communications, Edición 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23576-0

Endothelial cell heterogeneity and microglia regulons revealed by a pig cell landscape at single-cell level (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Fei Wang; Peiwen Ding; Xue Liang; Xiangning Ding; Camilla Blunk Brandt; Evelina Sjöstedt; Jiacheng Zhu; Saga Bolund; Lijing Zhang; Laura P. M. H. de Rooij; Lihua Luo; Yanan Wei; Wandong Zhao; Zhiyuan Lv; János Haskó; Runchu Li; Qiuyu Qin; Yi Jia; Wendi Wu; Yuting Yuan; Mingyi Pu; Haoyu Wang; Aiping Wu; Lin Xie; Ping Liu; Fang Chen; Jacqueline Herold; Joanna Kalucka; Max Karlsson; Xiuqing Zhang;
Publicado en: Nature Communications, Edición vol. 13 , 3620, 2022, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31388-z

FOntCell: Fusion of Ontologies of Cells (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Javier Cabau-Laporta, Alex M. Ascensión, Mikel Arrospide-Elgarresta, Daniela Gerovska, Marcos J. Araúzo-Bravo
Publicado en: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Edición 9, 2021, ISSN 2296-634X
Editor: Frontiers in Cell and Developmental Biology
DOI: 10.3389/fcell.2021.562908

Genome Scale Modeling to Study the Metabolic Competition between Cells in the Tumor Microenvironment (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Itziar Frades, Carles Foguet, Marta Cascante, Marcos J. Araúzo-Bravo
Publicado en: Cancers, 2021, ISSN 2072-6694
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers13184609

Circular DNA in the human germline and its association with recombination (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Rasmus Amund Henriksen, Piroon Jenjaroenpun, Ida Borup Sjøstrøm, Kristian Reveles Jensen, Iñigo Prada-Luengo, Thidathip Wongsurawat, Intawat Nookae, BirgitteRegenberg
Publicado en: Molecular Cell, Edición Volume 82, Edición 1, 6 January 2022, 2022, Página(s) Pages 209-217.e7, ISSN 1097-4164
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.11.027

DNA circles promote yeast ageing in part through stimulating the reorganization of nuclear pore complexes (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Mihailo Mirkovic; Anna Marzelliusardottir; Anne C Meinema; Théo Aspert; Sung Sik Lee; Gilles Charvin; Yves Barral
Publicado en: eLife, Edición 11, 4, 2022, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71196

Circle-Seq reveals genomic and disease-specific hallmarksin urinary cell-free extrachromosomal circular DNAs (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Wei Lv, Xiaoguang Pan, Peng Han, Ziyu Wang, Weijia Feng, Xue Xing, Qingqing Wang, Kunli Qu, Yuchen Zeng, Cailin Zhang, Zhe Xu, Yi Li, Tianyu Zheng, Ling Lin, Chengxun Liu, Xuemei Liu, Hanbo Li, Rasmus Amund Henriksen, Lars Bolund, Lin Lin, Xin Jin, Huanming Yang, Xiuqing Zhang, Tailang Yin, Birgitte Regenberg, Fan He, Yonglun Luo
Publicado en: Clin. Transl. Med. 2022, Edición 12:e817, 2022, ISSN 2001-1326
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/ctm2.817

Extrachromosomal circular DNA in cancer: history, current knowledge, and methods (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Birgitte Regenberg; Julie Noer; Oskar Hørsdal; Yonglun Luo; Xi Xiang
Publicado en: Trends in Genetics, Edición Vol. 38 , no. 7 , pp. 766-781, 2022, ISSN 0168-9525
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2022.02.007

Methods for the purification and detection of single nucleotide KRAS mutations on extrachromosomal circular DNA in human plasma (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Lasse Bøllehuus Hansen, Sandra Fugl Jakobsen, Egija Zole, Julie Boertmann Noer, Li Tai Fang, Sefa Alizadeh, Julia Sidenius Johansen, Marghoob Mohiyuddin, Birgitte Regenberg
Publicado en: Cancer Medicine, Edición Volume 12; Edición 17, 2023, Página(s) 17679-17691, ISSN 2045-7634
Editor: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cam4.6385

CRISPR/Cas9 gRNA activity depends on free energy changes and on the target PAM context (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Giulia I. Corsi, Kunli Qu, Ferhat Alkan, Xiaoguang Pan, Yonglun Luo, Jan Gorodkin
Publicado en: Nature Communications, Edición 13, 2022, Página(s) Article number: 3006, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30515-0

GeromiRs Are Downregulated in the Tumor Microenvironment during Colon Cancer Colonization of the Liver in a Murine Metastasis Model (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Daniela Gerovska, Patricia Garcia-Gallastegi, Olatz Crende, Joana Márquez, Gorka Larrinaga, Maite Unzurrunzaga, Marcos J. Araúzo-Bravo, Iker Badiola
Publicado en: International Journal of Molecular Sciences, Edición 22/9, 2021, Página(s) 4819, ISSN 1422-0067
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22094819

Proprotein convertases blockage up-regulates specifically metallothioneins coding genes in human colon cancer stem cells (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Daniela Gerovska, Patricia García-Gallastegi, Jean Descarpentrie, Olatz Crende, María Casado-Andrés, Ander Martín, Jokin Eguia, Abdel-Majid Khatib, Marcos J. Araúzo-Bravo, Iker Badiola
Publicado en: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, Edición 1868/3, 2021, Página(s) 118912, ISSN 0167-4889
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2020.118912

Cell-Free Genic Extrachromosomal Circular DNA Profiles of DNase Knockouts Associated with Systemic Lupus Erythematosus and Relation with Common Fragile Sites (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Gerovska D, Fernández Moreno P, Zabala A, Araúzo-Bravo MJ
Publicado en: Biomedicines, Edición Volume 12, Edición 1, 2023, Página(s) 80, ISSN 2227-9059
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/biomedicines12010080

A unifying model for extrachromosomal circular DNA load in eukaryotic cells (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Gerard Arrey , Samuel T Keating , Birgitte Regenberg
Publicado en: Seminars in Cell & Developmental Biology, Edición Volume 128, August 2022, Pages 40-50, 2022, ISSN 1084-9521
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.03.002

Microfluidic isolation of extrachromosomal circular DNA through selective digestion of plasmids and linear DNA using immobilized nucleases (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Egija Zole, Gowtham Sathyanarayanan, Birgitte Regenberg and Jörg P. Kutter
Publicado en: Lab on a Chip, 2024, ISSN 1473-0189
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3lc01028g

CReSIL: accurate identification of extrachromosomal circular DNA from long-read sequences (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Visanu Wanchai, Piroon Jenjaroenpun, Thongpan Leangapichart, Gerard Arrey, Charles M Burnham, Maria C Tümmler, Jesus Delgado-Calle, Birgitte Regenberg, Intawat Nookaew
Publicado en: Briefings in Bioinformatics, Edición Volume 23, Edición 6, November 2022, bbac422, 2022, ISSN 1477-4054
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.1093/bib/bbac422

Consistent DNA Hypomethylations in Prostate Cancer (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Marcos J. Araúzo-Bravo; Lars Erichsen; Pauline Ott; Agnes Beermann; Jamal Sheikh; Daniela Gerovska; Chantelle Thimm; Marcelo L. Bendhack; Simeon Santourlidis
Publicado en: International Journal of Molecular Sciences, Edición Volume 24; Edición 1, 2023, Página(s) 386, ISSN 1422-0067
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24010386

Epigenetics in the Diagnosis and Therapy of Malignant Melanoma (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Simeon Santourlidis; Wolfgang A. Schulz; Marcos J. Araúzo-Bravo; Daniela Gerovska; Pauline Ott; Marcelo L. Bendhack; Mohamed Hassan; Lars Erichsen
Publicado en: International Journal of Molecular Sciences, Edición Volume 23; Edición 3, 2022, Página(s) 1531, ISSN 1422-0067
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23031531

Role of Furin in Colon Cancer Stem Cells Malignant Phenotype and Expression of LGR5 and NANOG in KRAS and BRAF-Mutated Colon Tumors (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Jean Descarpentrie; Marcos J. Araúzo-Bravo; Zongsheng He; Alexia François; Álvaro González; Patricia Garcia-Gallastegi; Iker Badiola; Serge Evrard; Simon Pernot; John W. M. Creemers; Abdel-Majid Khatib
Publicado en: Cancers, Edición 14(5): 1195, 2022, ISSN 2072-6694
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers14051195

A distinct circular DNA profile intersects with proteome changes in the genotoxic stress-related hSOD1G93A model of ALS (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: Daniela Gerovska, Julie B Noer, Yating Qin, Quratul Ain, Donjetë Januzi, Matthias Schwab, Otto W Witte, Marcos J Araúzo-Bravo, Alexandra Kretz
Publicado en: Cell & Bioscience, Edición Volume 13; Edición 1, 2023, Página(s) 170, ISSN 2045-3701
Editor: Society of Chinese Bioscientists in America
DOI: 10.1186/s13578-023-01116-1

P096 Human extrachromosomal circular DNA is an emerging biomarker in Inflammatory Bowel Disease (se abrirá en una nueva ventana)

Autores: V Petito, F DI VINCENZO, D Gerovska, A Piazzesi, A Russo, L Turchini, L Masi, L R Lopetuso, M T Abreu, B Regenberg, A Gasbarrini, L Putignani, M J Bravo Araúzo, F Scaldaferri
Publicado en: Journal of Crohn's and Colitis, Edición Volume 18, Edición supplement 1, 2024, Página(s) i375, ISSN 1876-4479
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ecco-jcc/jjad212.0226

Derechos de propiedad intelectual

Circle-Pure

Número de solicitud/publicación: VA 2023 02129
Fecha: 2023-11-17
Solicitante(s): KOBENHAVNS UNIVERSITET

ASSESSMENT OF BIOLOGICAL PARTICLES IMMOBILIZED IN A HYDROGEL

Número de solicitud/publicación: 22 714391
Fecha: 2022-03-11
Solicitante(s): CHEMOMETEC

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