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Circular DNA in diagnosis and disease models

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Publications

Targeted removal of mitochondrial DNA from mouse and humanextrachromosomal circular DNA with CRISPR-Cas9 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Weijia Feng , Gerard Arrey , Egija Zole , Wei Lv , Xue Liang , Peng Han , Marghoob Mohiyuddin , Henriette Pilegaard , Birgitte Regenberg
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro Volume 20, 2022, Pages 3059-3067, 2022, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.06.028

Variation of extrachromosomal circular DNA in cancer cell lines (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Carl Rung dos Santos, Lasse Bøllehuus Hansen, Monica Rojas-Triana, Astrid Zedlitz Johansen, Mirna Perez-Moreno, and Birgitte Regenberg
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro Volume 21, 2023, Page(s) 4207–4214, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2023.08.027

Skeletal Muscles of Sedentary and Physically Active Aged People Have Distinctive Genic Extrachromosomal Circular DNA Profiles (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Daniela Gerovska; Marcos J. Araúzo-Bravo
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro Volume 24; Numéro 3, 2023, Page(s) 2736, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24032736

Extrachromosomal Circular DNA: An Emerging Potential Biomarker for Inflammatory Bowel Diseases? (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Petito V, Di Vincenzo F, Putignani L, Abreu MT, Regenberg B, Gasbarrini A, Scaldaferri F.
Publié dans: Genes, Numéro Volume 15, Numéro 4, 2024, Page(s) 414, ISSN 2073-4425
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes15040414

Systemic Lupus Erythematosus Patients with DNASE1L3·Deficiency Have a Distinctive and Specific Genic Circular DNA Profile in Plasma (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Daniela Gerovska; Marcos J. Araúzo-Bravo
Publié dans: Cells, Numéro Volume 12; Numéro 7, 2023, Page(s) 1061, ISSN 2073-4409
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/cells12071061

Circular and Circulating DNA in Inflammatory Bowel Disease: From Pathogenesis to Potential Molecular Therapies (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Federica Di Vincenzo; Ylenia Yadid; Valentina Petito; Valeria Emoli; Letizia Masi; Daniela Gerovska; Marcos Jesus Araúzo-Bravo; Antonio Gasbarrini; Birgitte Regenberg; Franco Scaldaferri
Publié dans: Cells, Numéro Volume 12; Numéro 15, 2023, Page(s) 1953, ISSN 2073-4409
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cells12151953

Enhancing CRISPR-Cas9 gRNA efficiency prediction by data integration and deep learning (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Xi Xiang, Giulia I. Corsi, Christian Anthon, Kunli Qu, Xiaoguang Pan, Xue Liang, Peng Han, Zhanying Dong, Lijun Liu, Jiayan Zhong, Tao Ma, Jinbao Wang, Xiuqing Zhang, Hui Jiang, Fengping Xu, Xin Liu, Xun Xu, Jian Wang, Huanming Yang, Lars Bolund, George M. Church, Lin Lin, Jan Gorodkin, Yonglun Luo
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23576-0

Endothelial cell heterogeneity and microglia regulons revealed by a pig cell landscape at single-cell level (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Fei Wang; Peiwen Ding; Xue Liang; Xiangning Ding; Camilla Blunk Brandt; Evelina Sjöstedt; Jiacheng Zhu; Saga Bolund; Lijing Zhang; Laura P. M. H. de Rooij; Lihua Luo; Yanan Wei; Wandong Zhao; Zhiyuan Lv; János Haskó; Runchu Li; Qiuyu Qin; Yi Jia; Wendi Wu; Yuting Yuan; Mingyi Pu; Haoyu Wang; Aiping Wu; Lin Xie; Ping Liu; Fang Chen; Jacqueline Herold; Joanna Kalucka; Max Karlsson; Xiuqing Zhang;
Publié dans: Nature Communications, Numéro vol. 13 , 3620, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31388-z

FOntCell: Fusion of Ontologies of Cells (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Javier Cabau-Laporta, Alex M. Ascensión, Mikel Arrospide-Elgarresta, Daniela Gerovska, Marcos J. Araúzo-Bravo
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro 9, 2021, ISSN 2296-634X
Éditeur: Frontiers in Cell and Developmental Biology
DOI: 10.3389/fcell.2021.562908

Genome Scale Modeling to Study the Metabolic Competition between Cells in the Tumor Microenvironment (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Itziar Frades, Carles Foguet, Marta Cascante, Marcos J. Araúzo-Bravo
Publié dans: Cancers, 2021, ISSN 2072-6694
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers13184609

Circular DNA in the human germline and its association with recombination (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Rasmus Amund Henriksen, Piroon Jenjaroenpun, Ida Borup Sjøstrøm, Kristian Reveles Jensen, Iñigo Prada-Luengo, Thidathip Wongsurawat, Intawat Nookae, BirgitteRegenberg
Publié dans: Molecular Cell, Numéro Volume 82, Numéro 1, 6 January 2022, 2022, Page(s) Pages 209-217.e7, ISSN 1097-4164
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.11.027

DNA circles promote yeast ageing in part through stimulating the reorganization of nuclear pore complexes (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Mihailo Mirkovic; Anna Marzelliusardottir; Anne C Meinema; Théo Aspert; Sung Sik Lee; Gilles Charvin; Yves Barral
Publié dans: eLife, Numéro 11, 4, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71196

Circle-Seq reveals genomic and disease-specific hallmarksin urinary cell-free extrachromosomal circular DNAs (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Wei Lv, Xiaoguang Pan, Peng Han, Ziyu Wang, Weijia Feng, Xue Xing, Qingqing Wang, Kunli Qu, Yuchen Zeng, Cailin Zhang, Zhe Xu, Yi Li, Tianyu Zheng, Ling Lin, Chengxun Liu, Xuemei Liu, Hanbo Li, Rasmus Amund Henriksen, Lars Bolund, Lin Lin, Xin Jin, Huanming Yang, Xiuqing Zhang, Tailang Yin, Birgitte Regenberg, Fan He, Yonglun Luo
Publié dans: Clin. Transl. Med. 2022, Numéro 12:e817, 2022, ISSN 2001-1326
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/ctm2.817

Extrachromosomal circular DNA in cancer: history, current knowledge, and methods (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Birgitte Regenberg; Julie Noer; Oskar Hørsdal; Yonglun Luo; Xi Xiang
Publié dans: Trends in Genetics, Numéro Vol. 38 , no. 7 , pp. 766-781, 2022, ISSN 0168-9525
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2022.02.007

Methods for the purification and detection of single nucleotide KRAS mutations on extrachromosomal circular DNA in human plasma (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Lasse Bøllehuus Hansen, Sandra Fugl Jakobsen, Egija Zole, Julie Boertmann Noer, Li Tai Fang, Sefa Alizadeh, Julia Sidenius Johansen, Marghoob Mohiyuddin, Birgitte Regenberg
Publié dans: Cancer Medicine, Numéro Volume 12; Numéro 17, 2023, Page(s) 17679-17691, ISSN 2045-7634
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cam4.6385

CRISPR/Cas9 gRNA activity depends on free energy changes and on the target PAM context (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Giulia I. Corsi, Kunli Qu, Ferhat Alkan, Xiaoguang Pan, Yonglun Luo, Jan Gorodkin
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, Page(s) Article number: 3006, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30515-0

GeromiRs Are Downregulated in the Tumor Microenvironment during Colon Cancer Colonization of the Liver in a Murine Metastasis Model (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Daniela Gerovska, Patricia Garcia-Gallastegi, Olatz Crende, Joana Márquez, Gorka Larrinaga, Maite Unzurrunzaga, Marcos J. Araúzo-Bravo, Iker Badiola
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 22/9, 2021, Page(s) 4819, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22094819

Proprotein convertases blockage up-regulates specifically metallothioneins coding genes in human colon cancer stem cells (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Daniela Gerovska, Patricia García-Gallastegi, Jean Descarpentrie, Olatz Crende, María Casado-Andrés, Ander Martín, Jokin Eguia, Abdel-Majid Khatib, Marcos J. Araúzo-Bravo, Iker Badiola
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, Numéro 1868/3, 2021, Page(s) 118912, ISSN 0167-4889
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2020.118912

Cell-Free Genic Extrachromosomal Circular DNA Profiles of DNase Knockouts Associated with Systemic Lupus Erythematosus and Relation with Common Fragile Sites (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Gerovska D, Fernández Moreno P, Zabala A, Araúzo-Bravo MJ
Publié dans: Biomedicines, Numéro Volume 12, Numéro 1, 2023, Page(s) 80, ISSN 2227-9059
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/biomedicines12010080

A unifying model for extrachromosomal circular DNA load in eukaryotic cells (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Gerard Arrey , Samuel T Keating , Birgitte Regenberg
Publié dans: Seminars in Cell & Developmental Biology, Numéro Volume 128, August 2022, Pages 40-50, 2022, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.03.002

Microfluidic isolation of extrachromosomal circular DNA through selective digestion of plasmids and linear DNA using immobilized nucleases (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Egija Zole, Gowtham Sathyanarayanan, Birgitte Regenberg and Jörg P. Kutter
Publié dans: Lab on a Chip, 2024, ISSN 1473-0189
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3lc01028g

CReSIL: accurate identification of extrachromosomal circular DNA from long-read sequences (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Visanu Wanchai, Piroon Jenjaroenpun, Thongpan Leangapichart, Gerard Arrey, Charles M Burnham, Maria C Tümmler, Jesus Delgado-Calle, Birgitte Regenberg, Intawat Nookaew
Publié dans: Briefings in Bioinformatics, Numéro Volume 23, Numéro 6, November 2022, bbac422, 2022, ISSN 1477-4054
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/bib/bbac422

Consistent DNA Hypomethylations in Prostate Cancer (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Marcos J. Araúzo-Bravo; Lars Erichsen; Pauline Ott; Agnes Beermann; Jamal Sheikh; Daniela Gerovska; Chantelle Thimm; Marcelo L. Bendhack; Simeon Santourlidis
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro Volume 24; Numéro 1, 2023, Page(s) 386, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24010386

Epigenetics in the Diagnosis and Therapy of Malignant Melanoma (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Simeon Santourlidis; Wolfgang A. Schulz; Marcos J. Araúzo-Bravo; Daniela Gerovska; Pauline Ott; Marcelo L. Bendhack; Mohamed Hassan; Lars Erichsen
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro Volume 23; Numéro 3, 2022, Page(s) 1531, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23031531

Role of Furin in Colon Cancer Stem Cells Malignant Phenotype and Expression of LGR5 and NANOG in KRAS and BRAF-Mutated Colon Tumors (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Jean Descarpentrie; Marcos J. Araúzo-Bravo; Zongsheng He; Alexia François; Álvaro González; Patricia Garcia-Gallastegi; Iker Badiola; Serge Evrard; Simon Pernot; John W. M. Creemers; Abdel-Majid Khatib
Publié dans: Cancers, Numéro 14(5): 1195, 2022, ISSN 2072-6694
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers14051195

A distinct circular DNA profile intersects with proteome changes in the genotoxic stress-related hSOD1G93A model of ALS (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Daniela Gerovska, Julie B Noer, Yating Qin, Quratul Ain, Donjetë Januzi, Matthias Schwab, Otto W Witte, Marcos J Araúzo-Bravo, Alexandra Kretz
Publié dans: Cell & Bioscience, Numéro Volume 13; Numéro 1, 2023, Page(s) 170, ISSN 2045-3701
Éditeur: Society of Chinese Bioscientists in America
DOI: 10.1186/s13578-023-01116-1

P096 Human extrachromosomal circular DNA is an emerging biomarker in Inflammatory Bowel Disease (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: V Petito, F DI VINCENZO, D Gerovska, A Piazzesi, A Russo, L Turchini, L Masi, L R Lopetuso, M T Abreu, B Regenberg, A Gasbarrini, L Putignani, M J Bravo Araúzo, F Scaldaferri
Publié dans: Journal of Crohn's and Colitis, Numéro Volume 18, Numéro supplement 1, 2024, Page(s) i375, ISSN 1876-4479
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ecco-jcc/jjad212.0226

Droits de propriété intellectuelle

Circle-Pure

Numéro de demande/publication: VA 2023 02129
Date: 2023-11-17
Demandeur(s): KOBENHAVNS UNIVERSITET

ASSESSMENT OF BIOLOGICAL PARTICLES IMMOBILIZED IN A HYDROGEL

Numéro de demande/publication: 22 714391
Date: 2022-03-11
Demandeur(s): CHEMOMETEC

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