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Circular DNA in diagnosis and disease models

Leistungen

Detailed communication, dissemination plan - 2nd update

Detailed communication dissemination plan 2nd update

Detailed communication, dissemination plan

Detailed communication dissemination plan

Detailed communication, dissemination plan – 1st update

Detailed communication dissemination plan 1st update

Veröffentlichungen

Targeted removal of mitochondrial DNA from mouse and humanextrachromosomal circular DNA with CRISPR-Cas9

Autoren: Weijia Feng , Gerard Arrey , Egija Zole , Wei Lv , Xue Liang , Peng Han , Marghoob Mohiyuddin , Henriette Pilegaard , Birgitte Regenberg
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe Volume 20, 2022, Pages 3059-3067, 2022, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.06.028

Variation of extrachromosomal circular DNA in cancer cell lines

Autoren: Carl Rung dos Santos, Lasse Bøllehuus Hansen, Monica Rojas-Triana, Astrid Zedlitz Johansen, Mirna Perez-Moreno, and Birgitte Regenberg
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe Volume 21, 2023, Seite(n) 4207–4214, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2023.08.027

Role of Furin in Colon Cancer Stem Cells Malignant Phenotype and Expression of LGR5 and NANOG in KRAS and BRAF-Mutated Colon Tumors

Autoren: Jean Descarpentrie; Marcos J. Araúzo-Bravo; Zongsheng He; Alexia François; Álvaro González; Patricia Garcia-Gallastegi; Iker Badiola; Serge Evrard; Simon Pernot; John W. M. Creemers; Abdel-Majid Khatib
Veröffentlicht in: Cancers, Ausgabe 14(5): 1195, 2022, ISSN 2072-6694
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers14051195

Systemic Lupus Erythematosus Patients with DNASE1L3·Deficiency Have a Distinctive and Specific Genic Circular DNA Profile in Plasma

Autoren: Daniela Gerovska; Marcos J. Araúzo-Bravo
Veröffentlicht in: Cells, Ausgabe Volume 12; Ausgabe 7, 2023, Seite(n) Pages: 1061, ISSN 2073-4409
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cells12071061

Extrachromosomal Circular DNA: An Emerging Potential Biomarker for Inflammatory Bowel Diseases?

Autoren: Petito V, Di Vincenzo F, Putignani L, Abreu MT, Regenberg B, Gasbarrini A, Scaldaferri F.
Veröffentlicht in: Genes, Ausgabe Volume 15, Ausgabe 4, 2024, Seite(n) 414, ISSN 2073-4425
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes15040414

Epigenetics in the Diagnosis and Therapy of Malignant Melanoma

Autoren: Simeon Santourlidis; Wolfgang A. Schulz; Marcos J. Araúzo-Bravo; Daniela Gerovska; Pauline Ott; Marcelo L. Bendhack; Mohamed Hassan; Lars Erichsen
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe Volume 23; Ausgabe 3, 2022, Seite(n) 1531, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23031531

Circular and Circulating DNA in Inflammatory Bowel Disease: From Pathogenesis to Potential Molecular Therapies

Autoren: Federica Di Vincenzo; Ylenia Yadid; Valentina Petito; Valeria Emoli; Letizia Masi; Daniela Gerovska; Marcos Jesus Araúzo-Bravo; Antonio Gasbarrini; Birgitte Regenberg; Franco Scaldaferri
Veröffentlicht in: Cells, Ausgabe Volume 12; Ausgabe 15, 2023, Seite(n) 1953, ISSN 2073-4409
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cells12151953

Enhancing CRISPR-Cas9 gRNA efficiency prediction by data integration and deep learning

Autoren: Xi Xiang, Giulia I. Corsi, Christian Anthon, Kunli Qu, Xiaoguang Pan, Xue Liang, Peng Han, Zhanying Dong, Lijun Liu, Jiayan Zhong, Tao Ma, Jinbao Wang, Xiuqing Zhang, Hui Jiang, Fengping Xu, Xin Liu, Xun Xu, Jian Wang, Huanming Yang, Lars Bolund, George M. Church, Lin Lin, Jan Gorodkin, Yonglun Luo
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23576-0

Endothelial cell heterogeneity and microglia regulons revealed by a pig cell landscape at single-cell level

Autoren: Fei Wang; Peiwen Ding; Xue Liang; Xiangning Ding; Camilla Blunk Brandt; Evelina Sjöstedt; Jiacheng Zhu; Saga Bolund; Lijing Zhang; Laura P. M. H. de Rooij; Lihua Luo; Yanan Wei; Wandong Zhao; Zhiyuan Lv; János Haskó; Runchu Li; Qiuyu Qin; Yi Jia; Wendi Wu; Yuting Yuan; Mingyi Pu; Haoyu Wang; Aiping Wu; Lin Xie; Ping Liu; Fang Chen; Jacqueline Herold; Joanna Kalucka; Max Karlsson; Xiuqing Zhang;
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe vol. 13 , 3620, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31388-z

FOntCell: Fusion of Ontologies of Cells

Autoren: Javier Cabau-Laporta, Alex M. Ascensión, Mikel Arrospide-Elgarresta, Daniela Gerovska, Marcos J. Araúzo-Bravo
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Ausgabe 9, 2021, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers in Cell and Developmental Biology
DOI: 10.3389/fcell.2021.562908

Genome Scale Modeling to Study the Metabolic Competition between Cells in the Tumor Microenvironment

Autoren: Itziar Frades, Carles Foguet, Marta Cascante, Marcos J. Araúzo-Bravo
Veröffentlicht in: Cancers, 2021, ISSN 2072-6694
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers13184609

Skeletal Muscles of Sedentary and Physically Active Aged People Have Distinctive Genic Extrachromosomal Circular DNA Profiles

Autoren: Daniela Gerovska; Marcos J. Araúzo-Bravo
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe Volume 24; Ausgabe 3, 2023, Seite(n) 2736, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24032736

Circular DNA in the human germline and its association with recombination

Autoren: Rasmus Amund Henriksen, Piroon Jenjaroenpun, Ida Borup Sjøstrøm, Kristian Reveles Jensen, Iñigo Prada-Luengo, Thidathip Wongsurawat, Intawat Nookae, BirgitteRegenberg
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe Volume 82, Ausgabe 1, 6 January 2022, 2022, Seite(n) Pages 209-217.e7, ISSN 1097-4164
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.11.027

DNA circles promote yeast ageing in part through stimulating the reorganization of nuclear pore complexes

Autoren: Mihailo Mirkovic; Anna Marzelliusardottir; Anne C Meinema; Théo Aspert; Sung Sik Lee; Gilles Charvin; Yves Barral
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 11, 4, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71196

Circle-Seq reveals genomic and disease-specific hallmarksin urinary cell-free extrachromosomal circular DNAs

Autoren: Wei Lv, Xiaoguang Pan, Peng Han, Ziyu Wang, Weijia Feng, Xue Xing, Qingqing Wang, Kunli Qu, Yuchen Zeng, Cailin Zhang, Zhe Xu, Yi Li, Tianyu Zheng, Ling Lin, Chengxun Liu, Xuemei Liu, Hanbo Li, Rasmus Amund Henriksen, Lars Bolund, Lin Lin, Xin Jin, Huanming Yang, Xiuqing Zhang, Tailang Yin, Birgitte Regenberg, Fan He, Yonglun Luo
Veröffentlicht in: Clin. Transl. Med. 2022, Ausgabe 12:e817, 2022, ISSN 2001-1326
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/ctm2.817

An Integrative Omics Approach Reveals Involvement of BRCA1 in Hepatic Metastatic Progression of Colorectal Cancer

Autoren: Daniela Gerovska, Gorka Larrinaga, Jon Danel Solano-Iturri, Joana Márquez, Patricia García Gallastegi, Abdel-Majid Khatib, Gereon Poschmann, Kai Stühler, María Armesto, Charles H. Lawrie, Iker Badiola, Marcos J. Araúzo-Bravo
Veröffentlicht in: Cancers, Ausgabe 12/9, 2020, Seite(n) 2380, ISSN 2072-6694
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers12092380

Extrachromosomal circular DNA in cancer: history, current knowledge, and methods

Autoren: Birgitte Regenberg; Julie Noer; Oskar Hørsdal; Yonglun Luo; Xi Xiang
Veröffentlicht in: Trends in Genetics, Ausgabe Vol. 38 , no. 7 , pp. 766-781, 2022, ISSN 0168-9525
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2022.02.007

Methods for the purification and detection of single nucleotide KRAS mutations on extrachromosomal circular DNA in human plasma

Autoren: Lasse Bøllehuus Hansen, Sandra Fugl Jakobsen, Egija Zole, Julie Boertmann Noer, Li Tai Fang, Sefa Alizadeh, Julia Sidenius Johansen, Marghoob Mohiyuddin, Birgitte Regenberg
Veröffentlicht in: Cancer Medicine, Ausgabe Volume 12; Ausgabe 17, 2023, Seite(n) 17679-17691, ISSN 2045-7634
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cam4.6385

CRISPR/Cas9 gRNA activity depends on free energy changes and on the target PAM context

Autoren: Giulia I. Corsi, Kunli Qu, Ferhat Alkan, Xiaoguang Pan, Yonglun Luo, Jan Gorodkin
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13, 2022, Seite(n) Article number: 3006, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30515-0

GeromiRs Are Downregulated in the Tumor Microenvironment during Colon Cancer Colonization of the Liver in a Murine Metastasis Model

Autoren: Daniela Gerovska, Patricia Garcia-Gallastegi, Olatz Crende, Joana Márquez, Gorka Larrinaga, Maite Unzurrunzaga, Marcos J. Araúzo-Bravo, Iker Badiola
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 22/9, 2021, Seite(n) 4819, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22094819

Proprotein convertases blockage up-regulates specifically metallothioneins coding genes in human colon cancer stem cells

Autoren: Daniela Gerovska, Patricia García-Gallastegi, Jean Descarpentrie, Olatz Crende, María Casado-Andrés, Ander Martín, Jokin Eguia, Abdel-Majid Khatib, Marcos J. Araúzo-Bravo, Iker Badiola
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, Ausgabe 1868/3, 2021, Seite(n) 118912, ISSN 0167-4889
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2020.118912

Cell-Free Genic Extrachromosomal Circular DNA Profiles of DNase Knockouts Associated with Systemic Lupus Erythematosus and Relation with Common Fragile Sites

Autoren: Gerovska D, Fernández Moreno P, Zabala A, Araúzo-Bravo MJ
Veröffentlicht in: Biomedicines, Ausgabe Volume 12, Ausgabe 1, 2023, Seite(n) 80, ISSN 2227-9059
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/biomedicines12010080

A unifying model for extrachromosomal circular DNA load in eukaryotic cells

Autoren: Gerard Arrey , Samuel T Keating , Birgitte Regenberg
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, Ausgabe Volume 128, August 2022, Pages 40-50, 2022, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.03.002

CReSIL: accurate identification of extrachromosomal circular DNA from long-read sequences

Autoren: Visanu Wanchai, Piroon Jenjaroenpun, Thongpan Leangapichart, Gerard Arrey, Charles M Burnham, Maria C Tümmler, Jesus Delgado-Calle, Birgitte Regenberg, Intawat Nookaew
Veröffentlicht in: Briefings in Bioinformatics, Ausgabe Volume 23, Ausgabe 6, November 2022, bbac422, 2022, ISSN 1477-4054
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/bib/bbac422

Consistent DNA Hypomethylations in Prostate Cancer

Autoren: Marcos J. Araúzo-Bravo; Lars Erichsen; Pauline Ott; Agnes Beermann; Jamal Sheikh; Daniela Gerovska; Chantelle Thimm; Marcelo L. Bendhack; Simeon Santourlidis
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe Volume 24; Ausgabe 1, 2023, Seite(n) 386, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24010386

A distinct circular DNA profile intersects with proteome changes in the genotoxic stress-related hSOD1G93A model of ALS

Autoren: Daniela Gerovska, Julie B Noer, Yating Qin, Quratul Ain, Donjetë Januzi, Matthias Schwab, Otto W Witte, Marcos J Araúzo-Bravo, Alexandra Kretz
Veröffentlicht in: Cell & Bioscience, Ausgabe Volume 13; Ausgabe 1, 2023, Seite(n) 170, ISSN 2045-3701
Herausgeber: Society of Chinese Bioscientists in America
DOI: 10.1186/s13578-023-01116-1

P096 Human extrachromosomal circular DNA is an emerging biomarker in Inflammatory Bowel Disease

Autoren: V Petito, F DI VINCENZO, D Gerovska, A Piazzesi, A Russo, L Turchini, L Masi, L R Lopetuso, M T Abreu, B Regenberg, A Gasbarrini, L Putignani, M J Bravo Araúzo, F Scaldaferri
Veröffentlicht in: Journal of Crohn's and Colitis, Ausgabe Volume 18, Ausgabe supplement 1, 2024, Seite(n) i375, ISSN 1876-4479
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ecco-jcc/jjad212.0226

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