Doctorate School in Integrated Genomics Research

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Leistungen

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Veröffentlichungen

Small Extracellular Vesicles Secreted by Cisplatin-Resistant Neuroblastoma Cells Increase Lactate Secretion and Alter Metabolic Pathways in Primary Human Umbilical Vein Endothelial Cells (HUVECs)

Autoren: Thomas Frawley, Lin Ma, Muhammad Zainul Arifin, Dan Wu, Alysia Scott, Brenton Cavanagh, Donal F. O’Shea, Vadim Zhernovkov, Mi Liu, Marco P. Monopoli, Olga Piskareva
Veröffentlicht in: Journal of Personalized Medicine, Ausgabe 15, 2025, Seite(n) 584, ISSN 2075-4426
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/jpm15120584

Multiomic Sequencing Reveals Distinctive Gene Expression and Epigenetic Alterations Associated With Primary Sclerosing Cholangitis Development in Treatment-Naïve Pediatric Ulcerative Colitis

Autoren: Alejandra Rodriguez-Sosa, Ololade Lawal, Ciaran McDonnell, Luke Grant, John O’Brien, Muhammad Ali, Ian Stephens, Grainne Kirwan, Flavia Genua, Alexander Kel, Anna Dominik, Roisin Stack, Gregory Yochum, Michael McDermot, Glen Doherty, Seamus Hussey, Sudipto Das
Veröffentlicht in: Gastro Hep Advances, 2025, ISSN 2772-5723
Herausgeber: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.gastha.2024.11.002

Identification of unique rectal cancer-specific subtypes

Autoren: Batuhan Kisakol, Anna Matveeva, Manuela Salvucci, Alexander Kel, Elizabeth McDonough, Fiona Ginty, Daniel B. Longley, Jochen H. M. Prehn
Veröffentlicht in: British Journal of Cancer, Ausgabe 130, 2024, Seite(n) 1809-1818, ISSN 0007-0920
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41416-024-02656-0

Comprehensive Analysis of Seasonal and Geographical Variation in UVB Radiation Relevant for Vitamin D Production in Europe

Autoren: Tarinee Khanna, Rasha Shraim, Masa Zarkovic, Michiel van Weele, Jos van Geffen, and Lina Zgaga
Veröffentlicht in: Nutrients, Ausgabe Vol. 14, No. 23, 2022, Seite(n) 5189, ISSN 2072-6643
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/nu14235189

Ancient genomes reveal demographic trajectories during the Classic Maya period

Autoren: Madeleine Murray, Seiichi Nakamura, Melvin Fuentes, Rolando Canizales, Omar Talavera, Salvador Varela, Zoila Madrid, Carlos Carbajal, Masahiro Ogawa, Minoru Yoneda, Lara M. Cassidy, Takashi Gakuhari, Shigeki Nakagome
Veröffentlicht in: Current Biology, Ausgabe 35, 2025, Seite(n) 2709-2719.e5, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2025.05.002

Spatial transcriptomic analysis reveals local effects of intratumoral fusobacterial infection on DNA damage and immune signaling in rectal cancer

Autoren: William P. Duggan, Batuhan Kisakol, Ina Woods, Mohammedreza Azimi, Heiko Dussmann, Joanna Fay, Tony O’Grady, Barry Maguire, Ian S. Reynolds, Manuela Salvucci, Daniel J. Slade, Deborah A. McNamara, John P. Burke, Jochen H.M. Prehn
Veröffentlicht in: Gut Microbes, Ausgabe 16, 2024, ISSN 1949-0984
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/19490976.2024.2350149

Increased Fusobacterium tumoural abundance affects immunogenicity in mucinous colorectal cancer and may be associated with improved clinical outcome

Autoren: William P. Duggan, Manuela Salvucci, Batuhan Kisakol, Andreas U. Lindner, Ian S. Reynolds, Heiko Dussmann, Joanna Fay, Tony O’Grady, Daniel B. Longley, Fiona Ginty, Elizabeth Mc Donough, Daniel J. Slade, John P. Burke, Jochen H. M. Prehn
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Medicine, Ausgabe 101, 2023, Seite(n) 829-841, ISSN 0946-2716
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00109-023-02324-5

Direct cell interactions potentially regulate transcriptional programmes that control the responses of high grade serous ovarian cancer patients to therapy

Autoren: Sodiq A. Hameed, Walter Kolch, Donal J. Brennan, Vadim Zhernovkov
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 15, 2025, Seite(n) 14484, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-98463-5

Strain-level variation among vaginal Lactobacillus crispatus and Lactobacillus iners as identified by comparative metagenomics

Autoren: Sai Ravi Chandra Nori, Calum J. Walsh, Fionnuala M. McAuliffe, Rebecca L. Moore, Douwe Van Sinderen, Conor Feehily, Paul D. Cotter
Veröffentlicht in: npj Biofilms and Microbiomes, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2055-5008
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41522-025-00682-1

Overview of Molecular Diagnostics in Irish Clinical Oncology

Autoren: Tyler Medina, Seán O. Hynes, Maeve Lowery, Patrick Gillespie, Walter Kolch, Cathal Seoighe
Veröffentlicht in: HRB Open Research, Ausgabe 7, 2025, Seite(n) 16, ISSN 2515-4826
Herausgeber: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/hrbopenres.13822.1

Non-Negative matrix factorization combined with kernel regression for the prediction of adverse drug reaction profiles

Autoren: Yezhao Zhong, Cathal Seoighe, Haixuan Yang
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 4, 2024, Seite(n) vbae009, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbae009

Integrated multiplex analysis of cell death regulators in stage II colorectal cancer suggests patients with ‘persister’ cell profiles fail to benefit from adjuvant chemotherapy

Autoren: Sanghee Cho, Elizabeth McDonough, John Graf, Jinru Shia, Canan Firat, Nil Urganci, Christine Surrette, Andreas Lindner, Manuela Salvucci, Anna Matveeva, Batuhan Kisakol, Anthony O’Grady, Mohammadreza Azimi, John P Burke, Deborah A McNamara, Simon McDade, Daniel B Longley, Jochen HM Prehn, Fiona Ginty
Veröffentlicht in: BMJ Oncology, Ausgabe 3, 2024, Seite(n) e000362, ISSN 2752-7948
Herausgeber: BMJ
DOI: 10.1136/bmjonc-2024-000362

Prevalence and determinants of profound vitamin D deficiency (25-hydroxyvitamin D <10 nmol/L) in the UK Biobank and potential implications for disease association studies

Autoren: Rasha Shraim, Margaret M. Brennan, Jos van Geffen, Lina Zgaga
Veröffentlicht in: The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology, 2025, ISSN 1879-1220
Herausgeber: Elsevier Ltd.
DOI: 10.1016/j.jsbmb.2025.106737

Gene essentiality in cancer is better predicted by mRNA abundance than by gene regulatory network-inferred activity

Autoren: Cosmin Tudose, Jonathan Bond, Colm J Ryan
Veröffentlicht in: NAR Cancer, Ausgabe 5, 2023, ISSN 2632-8674
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/narcan/zcad056

SATB2 Expression Affects Chemotherapy Metabolism and Immune Checkpoint Gene Expression in Colorectal Cancer

Autoren: Barry Maguire, Batuhan Kisakol, Jochen H.M. Prehn, John P. Burke
Veröffentlicht in: Clinical Colorectal Cancer, Ausgabe 24, 2026, Seite(n) 129-134.e7, ISSN 1533-0028
Herausgeber: Cancer Information Group
DOI: 10.1016/j.clcc.2024.12.004

Multiplexed Immunofluorescence Imaging Reveals an Immune-Rich Tumor Microenvironment in Mucinous Rectal Cancer Characterized by Increased Lymphocyte Infiltration and Enhanced Programmed Cell Death Protein 1 Expression

Autoren: William P. Duggan, Batuhan Kisakol, Emer O’Connell, Anna Matveeva, Tony O’Grady, Elizabeth McDonough, Andreas U. Lindner, Deborah McNamara, Daniel Longley, Fiona Ginty, John P. Burke, Jochen H.M. Prehn
Veröffentlicht in: Diseases of the Colon & Rectum, Ausgabe 66, 2025, Seite(n) 914-922, ISSN 0012-3706
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1097/dcr.0000000000002624

Cell-cell interactome of the hematopoietic niche and its changes in acute myeloid leukemia

Autoren: Sarah Ennis, Alessandra Conforte, Eimear O’Reilly, Javid Sabour Takanlu, Tatiana Cichocka, Sukhraj Pal Dhami, Pamela Nicholson, Philippe Krebs, Pilib Ó Broin, Eva Szegezdi
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 26, 2026, Seite(n) 106943, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2023.106943

Targeting synthetic lethal paralogs in cancer

Autoren: Colm J. Ryan, Ishan Mehta, Narod Kebabci, David J. Adams
Veröffentlicht in: Trends in Cancer, Ausgabe 9, 2023, Seite(n) 397-409, ISSN 2405-8033
Herausgeber: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.trecan.2023.02.002

CCPlotR: an R package for the visualization of cell–cell interactions

Autoren: Sarah Ennis, Pilib Ó Broin, Eva Szegezdi
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 3, 2023, Seite(n) vbad130, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbad130

Genome-wide gene-environment interaction study uncovers 162 vitamin D status variants using a precise ambient UVB measure

Autoren: Rasha Shraim, Maria Timofeeva, Cathy Wyse, Jos van Geffen, Michiel van Weele, Roman Romero-Ortuno, Lorna M. Lopez, Marcus E. Kleber, Stefan Pilz, Winfried März, Benjamin S. Fletcher, James F. Wilson, Evropi Theodoratou, Malcolm G. Dunlop, Ross McManus, Lina Zgaga
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, Seite(n) 10774, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-65820-x

Effect of Immunosuppression on the Immune Response to SARS-CoV-2 Infection and Vaccination

Autoren: Emma J. Leacy, Jia Wei Teh, Aoife M. O’Rourke, Gareth Brady, Siobhan Gargan, Niall Conlon, Jennifer Scott, Jean Dunne, Thomas Phelan, Matthew D. Griffin, Julie Power, Aoife Mooney, Aifric Naughton, Rachel Kiersey, Mary Gardiner, Caroline O’Brien, Ronan Mullan, Rachael Flood, Michael Clarkson, Liam Townsend, Michelle O’Shaughnessy, Adam H. Dyer, Barry Moran, Jean M. Fletcher, Lina Zgaga, Mark
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 25, 2025, Seite(n) 5239, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms25105239

A compendium of synthetic lethal gene pairs defined by extensive combinatorial pan-cancer CRISPR screening

Autoren: Victoria Harle, Victoria Offord, Birkan Gökbağ, Lazaros Fotopoulos, Thomas Williams, Diana Alexander, Ishan Mehta, Nicola A. Thompson, Rebeca Olvera-León, Stefan Peidli, Vivek Iyer, Emanuel Gonçalves, Narod Kebabci, Barbara De Kegel, Joris van de Haar, Lang Li, Colm J. Ryan, David J. Adams
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 26, 2025, Seite(n) 284, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-025-03737-w

Consistent asymmetry in DNA damage artefacts across target regions in exome sequencing data

Autoren: Tyler D Medina, Declan Bennett, Cathal Seoighe
Veröffentlicht in: NAR Genomics and Bioinformatics, Ausgabe 7, 2025, ISSN 2631-9268
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/nargab/lqaf120

Maximizing Insights from Longitudinal Epigenetic Age Data: Simulations, Applications, and Practical Guidance

Autoren: Anna Großbach, Matthew J. Suderman, Anke Hüls, Alexandre A. Lussier, Andrew D.A.C. Smith, Esther Walton, Erin C. Dunn, Andrew J. Simpkin
Veröffentlicht in: Clinical Epigenetics, Ausgabe 16, 2024, ISSN 1868-7083
Herausgeber: BioMed Central Ltd
DOI: 10.21203/rs.3.rs-4482915/v1

Gene-Environment Interactions in Vitamin D Status and Sun Exposure: A Systematic Review with Recommendations for Future Research

Autoren: Rasha Shraim, Conor MacDonnchadha, Lauren Vrbanic, Ross McManus, Lina Zgaga
Veröffentlicht in: Nutrients, Ausgabe 14, 2022, Seite(n) 2735, ISSN 2072-6643
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/nu14132735

Systematic review on gene–sun exposure interactions in skin cancer

Autoren: Rasha Shraim, Mohamed Ziad Farran, George He, Jelena Marunica Karsaj, Lina Zgaga, Ross McManus
Veröffentlicht in: Molecular Genetics & Genomic Medicine, Ausgabe 11, 2023, ISSN 2324-9269
Herausgeber: Wiley Periodicals LLC
DOI: 10.1002/mgg3.2259

Tumour mutations in long noncoding RNAs enhance cell fitness

Autoren: Roberta Esposito, Andrés Lanzós, Tina Uroda, Sunandini Ramnarayanan, Isabel Büchi, Taisia Polidori, Hugo Guillen-Ramirez, Ante Mihaljevic, Bernard Mefi Merlin, Lia Mela, Eugenio Zoni, Lusine Hovhannisyan, Finn McCluggage, Matúš Medo, Giulia Basile, Dominik F. Meise, Sandra Zwyssig, Corina Wenger, Kyriakos Schwarz, Adrienne Vancura, Núria Bosch-Guiteras, Álvaro Andrades, Ai Ming Tham, Michae
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-39160-7

Statistical power in vitamin D randomized control trials investigating biomarkers as continuous outcomes

Autoren: Lina Zgaga, Rasha Shraim, Elizabeth Bolger, Jason Wyse
Veröffentlicht in: The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology, Ausgabe 09600760, 2022, ISSN 0960-0760
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.jsbmb.2022.106148

Functional identification of <i>cis</i> -regulatory long noncoding RNAs at controlled false discovery rates

Autoren: Bhavya Dhaka, Marc Zimmerli, Daniel Hanhart, Mario B Moser, Hugo Guillen-Ramirez, Sanat Mishra, Roberta Esposito, Taisia Polidori, Maro Widmer, Raquel García-Pérez, Marianna Kruithof-de Julio, Dmitri Pervouchine, Marta Melé, Panagiotis Chouvardas, Rory Johnson
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 52, 2024, Seite(n) 2821-2835, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae075

Systematic prioritisation of context-specific paralog pair vulnerabilities in cancer

Autoren: Narod Daldal, Hamda B. Ajmal, David J. Adams, Colm J. Ryan
Veröffentlicht in: Genome Medicine, Ausgabe Published 12 September 2026, 2026, Seite(n) N/A, ISSN 1756-994X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-026-01759-y

The association between epigenetic ageing from childhood to early adulthood and psychotic-like experiences in early adulthood

Autoren: Zoe Hart, Anna Großbach, Andrew J Simpkin, Esther Walton
Veröffentlicht in: Psychological Medicine, Ausgabe 55, 2026, Seite(n) Article e182, pp. 1–9, ISSN 0033-2917
Herausgeber: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s003329172510055x

Technical variability across the 450K, EPICv1, and EPICv2 DNA methylation arrays: lessons learned for clinical and longitudinal studies

Autoren: Alexandre A. Lussier, Isabel K. Schuurmans, Anna Großbach, Julie Maclsaac, Kristy Dever, Nastassja Koen, Heather J. Zar, Dan J. Stein, Michael S. Kobor, Erin C. Dunn
Veröffentlicht in: Clinical Epigenetics, Ausgabe 16, 2024, Seite(n) 166, ISSN 1868-7083
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13148-024-01761-4

Ambient ultraviolet-B radiation, supplements and other factors interact to impact vitamin D status differently depending on ethnicity: A cross-sectional study

Autoren: Margaret M. Brennan, Jos van Geffen, Michiel van Weele, Lina Zgaga, Rasha Shraim
Veröffentlicht in: Clinical Nutrition, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 1308-1317, ISSN 0261-5614
Herausgeber: Churchill Livingstone
DOI: 10.1016/j.clnu.2024.04.006

BTLA and PD-1 signals attenuate TCR-mediated transcriptomic changes

Autoren: Muhammad Zainul Arifin, Judith Leitner, Donagh Egan, Petra Waidhofer-Söllner, Walter Kolch, Vadim Zhernovkov, Peter Steinberger
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 27, 2025, Seite(n) 110253, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.isci.2024.110253

A novel TCF3::PIK3R1 fusion linked to decreased PI3K-AKT signalling activity in paediatric B-acute lymphoblastic leukaemia

Autoren: Emma Grady, Sharmila Biswas, Tânia Dias, Peter McCarthy, Cosmin Tudose, David Betts, Andrea Malone, Jonathan Bond
Veröffentlicht in: British Journal of Haematology, Ausgabe 205, 2024, ISSN 1365-2141
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1111/bjh.19587

A predicted cancer dependency map for paralog pairs

Autoren: Narod Kebabci, Hamda Ajmal, David J. Adams, Colm J. Ryan
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe Posted 19 January 2026; Version 1, 2026, Seite(n) N/A, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.64898/2026.01.19.700065

Pan-cancer discovery of driver mutations in long noncoding RNAs reveals widespread functional rewiring of RNA regulatory elements

Autoren: Sunandini Ramnarayanan, Roofiya Koya, Marta Soszynska-Jozwiak, Marta Szabat, Jack Roban, Sarang Bhutada, Bhavya Dhaka, Tilman Schaefer, Ai Ming Tham, Hugo A. Guillen Ramirez, Francesca Alessandroni, Michela Coan, Artem Baranovskii, Lambert Moyon, Annalisa Marsico, Colm Ryan, Richard S Houlston, Ryszard Kierzek, Elzbieta Kierzek, Rory Johnson
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe Posted 12 June 2026, 2026, Seite(n) N/A, ISSN 0000-0000
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.06.10.730876

HyperMap: An Efficient Framework for Transferring Perturbation Responses Across Diverse Biological Contexts

Autoren: Bhavya Dhaka, Jiahao Gao, Trey Ideker
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe Posted 27 April 2026; Version 1, 2026, Seite(n) N/A, ISSN 0000-0000
Herausgeber: openRxiv, Cold Spring Harbor Laboratories
DOI: 10.64898/2026.04.23.720505

How philosophy is making me a better scientist

Autoren: Rasha Shraim
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 23 April 2021, 2023, Seite(n) N/A, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/d41586-021-01103-x

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