The Fluctuating Enzyme: From Catalysis to Vibrational Dynamics

Projektinformationen

FLUCTENZ

ID Finanzhilfevereinbarung: 947731

DOI

10.3030/947731

EK-Unterschriftsdatum 20 August 2020

Startdatum 1 August 2021

Enddatum 31 Juli 2027

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 496 875,00

EU-Beitrag

€ 1 496 875,00

Koordiniert durch

TEL AVIV UNIVERSITY
Israel

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (26)

Inference of non-exponential kinetics through stochastic resetting

Autoren: Ofir Blumer, Shlomi Reuveni, Barak Hirshberg
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 161, 2025, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0243783

Sokoban percolation on the Bethe lattice

Autoren: Ofek Lauber Bonomo, Itamar Shitrit, Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, Ausgabe 57, 2024, Seite(n) 33LT01, ISSN 1751-8113
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1751-8121/ad6380

Adaptive Resetting for Informed Search Strategies and the Design of Non-equilibrium Steady-States

Autoren: Shlomi Reuveni, Tommer Keidar, Ofir Blumer, Barak Hirshberg
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.21203/rs.3.rs-5173132/v1

The inspection paradox in stochastic resetting

Autoren: Arnab Pal; Sarah Kostinski; Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, 2022, ISSN 1751-8121
Herausgeber: Institute of Physics
DOI: 10.1088/1751-8121/ac3cdf

Diffusion with partial resetting

Autoren: Ofir Tal-Friedman, Yael Roichman, and Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: Physical Review E, 2022, ISSN 2470-0053
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.106.054116

First-passage approach to optimizing perturbations for improved training of machine learning models

Autoren: Sagi Meir, Tommer D Keidar, Shlomi Reuveni, Barak Hirshberg
Veröffentlicht in: Machine Learning: Science and Technology, Ausgabe 6, 2025, Seite(n) 025053, ISSN 2632-2153
Herausgeber: IOP Publishing
DOI: 10.1088/2632-2153/add8df

Continuous gated first-passage processes

Autoren: Yuval Scher, Aanjaneya Kumar, M S Santhanam, Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: Reports on Progress in Physics, Ausgabe 87, 2024, Seite(n) 108101, ISSN 0034-4885
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6633/ad7530

Enzymatic Activity Profiling Using an Ultrasensitive Array of Chemiluminescent Probes for Bacterial Classification and Characterization

Autoren: Omri Shelef, Tal Kopp, Rozan Tannous, Maxence Arutkin, Moriah Jospe-Kaufman, Shlomi Reuveni, Doron Shabat, and Micha Fridman
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 146, 2024, ISSN 1520-5126
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c11790

Combining stochastic resetting with Metadynamics to speed-up molecular dynamics simulations

Autoren: Ofir Blumer, Shlomi Reuveni, Barak Hirshberg
Veröffentlicht in: Nature communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44528-w

Microscopic theory of adsorption kinetics

Autoren: Yuval Scher, Ofek Lauber Bonomo, Arnab Pal, Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, 2023, ISSN 1089-7690
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0121359

Doubly stochastic continuous time random walk

Autoren: Arutkin, Maxence; Reuveni, Shlomi
Veröffentlicht in: Phys. Rev. Research, Ausgabe 2, 2023, ISSN 2643-1564
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevresearch.6.l012033

Short-Time Infrequent Metadynamics for Improved Kinetics Inference

Autoren: Ofir Blumer; Shlomi Reuveni; Barak Hirshberg
Veröffentlicht in: J. Chem. Theory Comput., Ausgabe 20, 9, 2024, Seite(n) 3484, ISSN 1549-9626
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00170

Loss of percolation transition in the presence of simple tracer-media interactions

Autoren: Ofek Lauber Bonomo; Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: Phys. Rev. Research, Ausgabe 2, 2023, ISSN 2643-1564
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevresearch.5.l042015

Inference from gated first-passage times

Autoren: Aanjaneya Kumar; Yuval Scher; Shlomi Reuveni; M. S. Santhanam
Veröffentlicht in: Phys. Rev. Research, Ausgabe 2, 2023, ISSN 2643-1564
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevresearch.5.l032043

Stochastic Resetting for Enhanced Sampling

Autoren: Ofir Blumer; Shlomi Reuveni; Barak Hirshberg
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, Ausgabe 2, 2022, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.2c03055

Queues with service resetting

Autoren: Ofek Lauber Bonomo, Uri Yechiali, Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: European Journal of Operational Research, Ausgabe 322, 2025, Seite(n) 908-919, ISSN 0377-2217
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ejor.2024.12.044

Smart resetting: An energy-efficient strategy for stochastic search processes

Autoren: Ofir Tal-Friedman, Tommer D. Keidar, Shlomi Reuveni, Yael Roichman
Veröffentlicht in: Physical Review Research, Ausgabe 7, 2025, ISSN 2643-1564
Herausgeber: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevresearch.7.013033

Accelerating Molecular Dynamics through Informed Resetting

Autoren: Jonathan R. Church, Ofir Blumer, Tommer D. Keidar, Leo Ploutno, Shlomi Reuveni, Barak Hirshberg
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 21, 2025, Seite(n) 605-613, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.4c01238

Escape from textured adsorbing surfaces

Autoren: Scher, Yuval; Reuveni, Shlomi; Grebenkov, Denis S.
Veröffentlicht in: J. Chem. Phys., Ausgabe 160, 2024, Seite(n) 184105, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0196981

High-order Michaelis-Menten equations allow inference of hidden kinetic parameters in enzyme catalysis

Autoren: Divya Singh, Tal Robin, Michael Urbakh, Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-57327-2

Escape of a sticky particle

Autoren: Yuval Scher; Shlomi Reuveni; Denis S. Grebenkov
Veröffentlicht in: Phys. Rev. Research, Ausgabe 5, 2023, ISSN 2643-1564
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevresearch.5.043196

Diversity of sharp restart

Autoren: Iddo Eliazar, Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, 2023, ISSN 1751-8121
Herausgeber: Institute of Physics
DOI: 10.1088/1751-8121/acb184

Mitigating long queues and waiting times with service resetting

Autoren: Shlomi Reuveni; Ofek Lauber; Arnab Pal
Veröffentlicht in: PNAS NEXUS, Ausgabe 5, 2022, ISSN 2752-6542
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/pnasnexus/pgac070

Entropy of sharp restart

Autoren: Iddo Eliazar, Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, 2023, ISSN 1751-8121
Herausgeber: Institute of Physics
DOI: 10.1088/1751-8121/acb183

Environmental memory facilitates search with home returns

Autoren: Altshuler, Amy; Bonomo, Ofek Lauber; Gorohovsky, Nicole; Marchini, Shany; Rosen, Eran; Tal-Friedman, Ofir; Reuveni, Shlomi; Roichman, Yael
Veröffentlicht in: Phys. Rev. Research, Ausgabe 6, 2024, Seite(n) 023255, ISSN 2643-1564
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevresearch.6.023255

Quantifying transmembrane water exchange by diffusion NMR methods: From yeast cells to optic nerve ex vivo

Autoren: Yuval Scher, Shlomi Reuveni, Yoram Cohen
Veröffentlicht in: Nmr in Biomedicine, 2026, ISSN 1099-1492
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1101/2025.06.01.657299

Non-peer reviewed articles (1)

Preface: stochastic resetting—theory and applications

Autoren: Anupam Kundu; Shlomi Reuveni
Veröffentlicht in: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, Ausgabe 2, 2024, ISSN 1751-8121
Herausgeber: IOP Publishing
DOI: 10.1088/1751-8121/ad1e1b