Topologically Active Polymers

Información del proyecto

TAP

Identificador del acuerdo de subvención: 947918

DOI

10.3030/947918

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 20 Octubre 2020

Fecha de inicio 1 Enero 2021

Fecha de finalización 31 Diciembre 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 499 950,00

Aportación de la UE

€ 1 499 950,00

Coordinado por

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Open Research Data Pilot

Publicaciones

Peer reviewed articles (18)

Single-Molecule Structure and Topology of Kinetoplast DNA Networks

Autores: Pinyao He; Allard J. Katan; Luca Tubiana; Cees Dekker; Davide Michieletto
Publicado en: Physical Review X, Edición 13, 2023, ISSN 2160-3308
Editor: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevx.13.021010

Topological digestion drives time-varying rheology of entangled DNA fluids

Autores: Michieletto D,Neill P, Weir S, Evans D, Crist N, Martinez V, Robertson-Anderson R
Publicado en: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31828-w

Geometric learning of knot topology

Autores: Joseph Lahoud Sleiman; Filippo Conforto; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Publicado en: Crossref, Edición 5, 2024, ISSN 1744-6848
Editor: RSC
DOI: 10.1039/d3sm01199b

An Inter-strand Loop Extrusion Model

Autores: Andrea Bonato; Davide Michieletto
Publicado en: Biophysical Journal, Edición 1, 2021, ISSN 0006-3495
Editor: Biophysical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2111.00332

Fluidification of entanglements by a DNA bending protein

Autores: Yair A. G. Fosado; Jamieson Howard; Simon Weir; Agnes Noy; Mark C. Leake; Davide Michieletto
Publicado en: Physical Review Letters, Edición 130, 2023, ISSN 0031-9007
Editor: American Physical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2205.03510

Rheology and Viscoelasticity of Proteins and Nucleic Acids Condensates

Autores: Davide Michieletto; Mattia Marenda
Publicado en: JACS Au, Edición 2, 2022, ISSN 2691-3704
Editor: ACS
DOI: 10.1021/jacsau.2c00055

Topological gelation of reconnecting polymers

Autores: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto; Enzo Orlandini
Publicado en: PNAS, Edición 119, 2022, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2022.09.21.508941

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment

Autores: MILOŠ TIŠMA, MARIA PANOUKIDOU, HAMMAM ANTAR, YOUNG-MIN SOH, ROMAN BARTH, BISWAJIT PRADHAN, ANDERS BARTH, JACO VAN DER TORRE, DAVIDE MICHIELETTO, STEPHAN GRUBER, CEES DEKKER
Publicado en: Science Advances, Edición 8, 2022, ISSN 2375-2548
Editor: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abn3299

Parameter-free molecular super-structures quantification in single-molecule localization microscopy.

Autores: Mattia Marenda; Elena Lazarova; Sebastian van de Linde; Nick Gilbert; Davide Michieletto
Publicado en: Marenda , M , Lazarova , E , van de Linde , S , Gilbert , N & Michieletto , D 2021 , ' Parameter-free Molecular Super-Structures Quantification in Single-Molecule Localisation Microscopy ' , Journal of Cell Biology , vol. 220 , no. 5 , e202010003 , pp. 1-15 . https://doi.org/10.1083/jcb.202010003, Edición 1, 2021, ISSN 0021-9525
Editor: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202010003

Universal and Programmable Thinning and Thickening of Topologically-Active DNA Fluids

Autores: Davide Michieletto; P. Neill; S. Weir; Vincent A. Martinez; David M. Evans; Crist N; Anderson R
Publicado en: Nature Communications, Edición 13, 2023, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.48550/arxiv.2106.08861

Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events

Autores: Je-Kyung Ryu; Sang-Hyun Rah; Richard Janissen; Jacob W. J. Kerssemakers; Andrea Bonato; Davide Michieletto; Cees Dekker
Publicado en: Ryu , J-K , Rah , S-H , Janissen , R , Kerssemakers , J W J , Bonato , A , Michieletto , D & Dekker , C 2022 , ' Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events ' , Nucleic Acids Research , vol. 50 , no. 2 , pp. 820-832 . https://doi.org/10.1093/nar/gkab1268, Edición 3, 2022, ISSN 1362-4962
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.11.04.368506

Nanostars planarity modulates the elasticity of DNA hydrogels

Autores: Fosado, Yair Augusto Gutierrez
Publicado en: Soft Matter, Edición 6, 2023, ISSN 1744-6848
Editor: RSC
DOI: 10.1039/d2sm00221c

Dynamic and Facilitated Binding of Topoisomerase Accelerates Topological Relaxation

Autores: Davide Michieletto; Yair A G Fosado; Elias Melas; Marco Baiesi; Luca Tubiana; Enzo Orlandini
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 50, 2022, ISSN 1362-4962
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac260

Geometric Predictors of Knotted and Linked Arcs

Autores: Joseph L. Sleiman; Robin H. Burton; Michele Caraglio; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Publicado en: ACS Polymers Au, Edición 2, 2022, ISSN 2694-2453
Editor: ACS
DOI: 10.1021/acspolymersau.2c00021

Nonequilibrium dynamics and action at a distance in transcriptionally driven DNA supercoiling

Autores: Yair A. G. Fosado, Davide Michieletto, Chris A. Brackley, Davide Marenduzzo
Publicado en: PNAS, Edición 118, 2021, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1905215118

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment.

Autores: Tišma, Miloš; Panoukidou, Maria; Antar, Hammam; Soh, Young-Min; Barth, Roman; Pradhan, Biswajit; Barth, Anders; van der Torre, Jaco; Michieletto, Davide; Gruber, Stephan; Dekker, Cees
Publicado en: Science advances, vol. 8, no. 26, pp. eabn3299, Edición 12, 2023, ISSN 2375-2548
Editor: AAAS

Simplifying topological entanglements by entropic competition of slip-links

Autores: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto
Publicado en: Physical Review Research, Edición 2, 2021, ISSN 2643-1564
Editor: APS
DOI: 10.1103/physrevresearch.3.043070

Topological Tuning of DNA Mobility in Entangled Solutions of Supercoiled Plasmids

Autores: Jan Smrek; Jonathan Garamella; Rae M. Robertson-Anderson; Davide Michieletto
Publicado en: Science Advances, Edición 2, 2021, ISSN 2375-2548
Editor: AAAS
DOI: 10.1101/2020.09.21.306092