Topologically Active Polymers

Informations projet

TAP

N° de convention de subvention: 947918

DOI

10.3030/947918

Projet clôturé

Date de signature de la CE 20 Octobre 2020

Date de début 1 Janvier 2021

Date de fin 31 Decembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 950,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 950,00

Coordonné par

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

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Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Open Research Data Pilot

Publications

Peer reviewed articles (32)

Single-Molecule Structure and Topology of Kinetoplast DNA Networks

Auteurs: Pinyao He; Allard J. Katan; Luca Tubiana; Cees Dekker; Davide Michieletto
Publié dans: Physical Review X, Numéro 13, 2023, ISSN 2160-3308
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevx.13.021010

Runaway transition in irreversible polymer condensation with cyclization

Auteurs: Maria Panoukidou, Simon Weir, Valerio Sorichetti, Yair Gutierrez Fosado, Martin Lenz, Davide Michieletto
Publié dans: Physical Review Research, Numéro 6, 2024, ISSN 2643-1564
Éditeur: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevresearch.6.023189

Topology in soft and biological matter

Auteurs: Luca Tubiana, Gareth P. Alexander, Agnese Barbensi, Dorothy Buck, Julyan H.E. Cartwright, Mateusz Chwastyk, Marek Cieplak, Ivan Coluzza, Simon Čopar, David J. Craik, Marco Di Stefano, Ralf Everaers, Patrícia F.N. Faísca, Franco Ferrari, Achille Giacometti, Dimos Goundaroulis, Ellinor Haglund, Ya-Ming Hou, Nevena Ilieva, Sophie E. Jackson, Aleksandre Japaridze, Noam Kaplan, Alexander R. Klotz, H
Publié dans: Physics Reports, Numéro 1075, 2024, Page(s) 1-137, ISSN 0370-1573
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.physrep.2024.04.002

Investigating site-selection mechanisms of retroviral integration in supercoiled DNA braids

Auteurs: G. Forte, D. Michieletto, D. Marenduzzo, E. Orlandini
Publié dans: Journal of The Royal Society Interface, Numéro 18, 2021, Page(s) 20210229, ISSN 1742-5662
Éditeur: The Royal Society
DOI: 10.1098/rsif.2021.0229

Topological digestion drives time-varying rheology of entangled DNA fluids

Auteurs: Michieletto D,Neill P, Weir S, Evans D, Crist N, Martinez V, Robertson-Anderson R
Publié dans: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31828-w

Geometric learning of knot topology

Auteurs: Joseph Lahoud Sleiman; Filippo Conforto; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Publié dans: Crossref, Numéro 5, 2024, ISSN 1744-6848
Éditeur: RSC
DOI: 10.1039/d3sm01199b

An Inter-strand Loop Extrusion Model

Auteurs: Andrea Bonato; Davide Michieletto
Publié dans: Biophysical Journal, Numéro 1, 2021, ISSN 0006-3495
Éditeur: Biophysical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2111.00332

Fluidification of entanglements by a DNA bending protein

Auteurs: Yair A. G. Fosado; Jamieson Howard; Simon Weir; Agnes Noy; Mark C. Leake; Davide Michieletto
Publié dans: Physical Review Letters, Numéro 130, 2023, ISSN 0031-9007
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2205.03510

Rheology and Viscoelasticity of Proteins and Nucleic Acids Condensates

Auteurs: Davide Michieletto; Mattia Marenda
Publié dans: JACS Au, Numéro 2, 2022, ISSN 2691-3704
Éditeur: ACS
DOI: 10.1021/jacsau.2c00055

Topological gelation of reconnecting polymers

Auteurs: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto; Enzo Orlandini
Publié dans: PNAS, Numéro 119, 2022, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2022.09.21.508941

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment

Auteurs: MILOŠ TIŠMA, MARIA PANOUKIDOU, HAMMAM ANTAR, YOUNG-MIN SOH, ROMAN BARTH, BISWAJIT PRADHAN, ANDERS BARTH, JACO VAN DER TORRE, DAVIDE MICHIELETTO, STEPHAN GRUBER, CEES DEKKER
Publié dans: Science Advances, Numéro 8, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abn3299

Kinetoplast DNA: a polymer physicist’s topological Olympic dream

Auteurs: Davide Michieletto
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 53, 2025, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae1206

Parameter-free molecular super-structures quantification in single-molecule localization microscopy.

Auteurs: Mattia Marenda; Elena Lazarova; Sebastian van de Linde; Nick Gilbert; Davide Michieletto
Publié dans: Journal of Cell Biology, Numéro 1, 2021, ISSN 0021-9525
Éditeur: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202010003

Spontaneously directed loop extrusion in SMC complexes emerges from broken detailed balance and anisotropic DNA search

Auteurs: Andrea Bonato, Jae-Won Jang, Do-Gyun Kim, Kyoung-Wook Moon, Davide Michieletto, Je-Kyung Ryu
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 53, 2025, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf725

Effects of monovalent and divalent cations on the rheology of entangled DNA

Auteurs: Jennifer Harnett, Simon Weir, Davide Michieletto
Publié dans: Soft Matter, Numéro 20, 2024, Page(s) 3980-3986, ISSN 1744-683X
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sm00957b

Universal and Programmable Thinning and Thickening of Topologically-Active DNA Fluids

Auteurs: Davide Michieletto; P. Neill; S. Weir; Vincent A. Martinez; David M. Evans; Crist N; Anderson R
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.48550/arxiv.2106.08861

Link to Densify: Topological Transitions and Origin of Hysteresis During the Compression and Decompression of Amorphous Ices

Auteurs: Yair Augusto Gutiérrez Fosado, Davide Michieletto, Fausto Martelli
Publié dans: Physical Review Letters, Numéro 133, 2025, ISSN 0031-9007
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.133.266102

Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events

Auteurs: Je-Kyung Ryu; Sang-Hyun Rah; Richard Janissen; Jacob W. J. Kerssemakers; Andrea Bonato; Davide Michieletto; Cees Dekker
Publié dans: Ryu , J-K , Rah , S-H , Janissen , R , Kerssemakers , J W J , Bonato , A , Michieletto , D & Dekker , C 2022 , ' Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events ' , Nucleic Acids Research , vol. 50 , no. 2 , pp. 820-832 . https://doi.org/10.1093/nar/gkab1268, Numéro 3, 2022, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.11.04.368506

Single-Molecule Morphology of Topologically Digested Olympic Networks

Auteurs: Saminathan Ramakrishnan, Zihao Chen, Yair Augusto Gutierrez Fosado, Luca Tubiana, Willem Vanderlinden, Nicholas Jon Savill, Achim Schnaufer, Davide Michieletto
Publié dans: PRX Life, Numéro 2, 2024, ISSN 2835-8279
Éditeur: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/prxlife.2.013009

Fluidification of entangled polymers by loop extrusion

Auteurs: Filippo Conforto, Yair Gutierrez Fosado, Davide Michieletto
Publié dans: Physical Review Research, Numéro 6, 2024, ISSN 2643-1564
Éditeur: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevresearch.6.033160

Nanostars planarity modulates the elasticity of DNA hydrogels

Auteurs: Fosado, Yair Augusto Gutierrez
Publié dans: Soft Matter, Numéro 6, 2023, ISSN 1744-6848
Éditeur: RSC
DOI: 10.1039/d2sm00221c

Dynamic and Facilitated Binding of Topoisomerase Accelerates Topological Relaxation

Auteurs: Davide Michieletto; Yair A G Fosado; Elias Melas; Marco Baiesi; Luca Tubiana; Enzo Orlandini
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 50, 2022, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac260

Polycomb condensates can promote epigenetic marks but are not required for sustained chromatin compaction

Auteurs: Jorine M. Eeftens, Manya Kapoor, Davide Michieletto, Clifford P. Brangwynne
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26147-5

Geometric Predictors of Knotted and Linked Arcs

Auteurs: Joseph L. Sleiman; Robin H. Burton; Michele Caraglio; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Publié dans: ACS Polymers Au, Numéro 2, 2022, ISSN 2694-2453
Éditeur: ACS
DOI: 10.1021/acspolymersau.2c00021

Nonequilibrium dynamics and action at a distance in transcriptionally driven DNA supercoiling

Auteurs: Yair A. G. Fosado, Davide Michieletto, Chris A. Brackley, Davide Marenduzzo
Publié dans: PNAS, Numéro 118, 2021, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1905215118

Topological linking determines elasticity in limited valence networks

Auteurs: Giorgia Palombo, Simon Weir, Davide Michieletto, Yair Augusto Gutiérrez Fosado
Publié dans: Nature Materials, Numéro 24, 2025, Page(s) 454-461, ISSN 1476-1122
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41563-024-02091-9

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment.

Auteurs: Tišma, Miloš; Panoukidou, Maria; Antar, Hammam; Soh, Young-Min; Barth, Roman; Pradhan, Biswajit; Barth, Anders; van der Torre, Jaco; Michieletto, Davide; Gruber, Stephan; Dekker, Cees
Publié dans: Science advances, vol. 8, no. 26, pp. eabn3299, Numéro 12, 2023, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS

Simplifying topological entanglements by entropic competition of slip-links

Auteurs: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto
Publié dans: Physical Review Research, Numéro 2, 2021, ISSN 2643-1564
Éditeur: APS
DOI: 10.1103/physrevresearch.3.043070

Topological Tuning of DNA Mobility in Entangled Solutions of Supercoiled Plasmids

Auteurs: Jan Smrek; Jonathan Garamella; Rae M. Robertson-Anderson; Davide Michieletto
Publié dans: Science Advances, Numéro 2, 2021, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1101/2020.09.21.306092

Topology-Controlled Microphase Separation and Interconversion of Twist and Writhe Domains in Supercoiled Annealed Polyelectrolytes

Auteurs: Roman Staňo, Christos N. Likos, Davide Michieletto, Jan Smrek
Publié dans: Physical Review Letters, Numéro 135, 2025, ISSN 0031-9007
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/7fh5-frst

Topologically-crosslinked hydrogels based on γ-cyclodextrins

Auteurs: Ella Sapsford, Davide Michieletto
Publié dans: Communications Chemistry, Numéro 8, 2025, ISSN 2399-3669
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42004-025-01469-3

Loops are Geometric Catalysts for DNA Integration

Auteurs: Cleis Battaglia, Davide Michieletto
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2026, ISSN 1362-4962
Éditeur: OUP
DOI: 10.1101/2023.06.21.545982