Topologically Active Polymers

Informazioni relative al progetto

TAP

ID dell’accordo di sovvenzione: 947918

DOI

10.3030/947918

Data della firma CE 20 Ottobre 2020

Data di avvio 1 Gennaio 2021

Data di completamento 31 Dicembre 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 499 950,00

Contributo UE

€ 1 499 950,00

Coordinato da

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Open Research Data Pilot (1)

Open Research Data Pilot

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (18)

Single-Molecule Structure and Topology of Kinetoplast DNA Networks

Autori: Pinyao He; Allard J. Katan; Luca Tubiana; Cees Dekker; Davide Michieletto
Pubblicato in: Physical Review X, Numero 13, 2023, ISSN 2160-3308
Editore: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevx.13.021010

Topological digestion drives time-varying rheology of entangled DNA fluids

Autori: Michieletto D,Neill P, Weir S, Evans D, Crist N, Martinez V, Robertson-Anderson R
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31828-w

Geometric learning of knot topology

Autori: Joseph Lahoud Sleiman; Filippo Conforto; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Pubblicato in: Crossref, Numero 5, 2024, ISSN 1744-6848
Editore: RSC
DOI: 10.1039/d3sm01199b

An Inter-strand Loop Extrusion Model

Autori: Andrea Bonato; Davide Michieletto
Pubblicato in: Biophysical Journal, Numero 1, 2021, ISSN 0006-3495
Editore: Biophysical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2111.00332

Fluidification of entanglements by a DNA bending protein

Autori: Yair A. G. Fosado; Jamieson Howard; Simon Weir; Agnes Noy; Mark C. Leake; Davide Michieletto
Pubblicato in: Physical Review Letters, Numero 130, 2023, ISSN 0031-9007
Editore: American Physical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2205.03510

Rheology and Viscoelasticity of Proteins and Nucleic Acids Condensates

Autori: Davide Michieletto; Mattia Marenda
Pubblicato in: JACS Au, Numero 2, 2022, ISSN 2691-3704
Editore: ACS
DOI: 10.1021/jacsau.2c00055

Topological gelation of reconnecting polymers

Autori: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto; Enzo Orlandini
Pubblicato in: PNAS, Numero 119, 2022, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2022.09.21.508941

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment

Autori: MILOŠ TIŠMA, MARIA PANOUKIDOU, HAMMAM ANTAR, YOUNG-MIN SOH, ROMAN BARTH, BISWAJIT PRADHAN, ANDERS BARTH, JACO VAN DER TORRE, DAVIDE MICHIELETTO, STEPHAN GRUBER, CEES DEKKER
Pubblicato in: Science Advances, Numero 8, 2022, ISSN 2375-2548
Editore: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abn3299

Parameter-free molecular super-structures quantification in single-molecule localization microscopy.

Autori: Mattia Marenda; Elena Lazarova; Sebastian van de Linde; Nick Gilbert; Davide Michieletto
Pubblicato in: Marenda , M , Lazarova , E , van de Linde , S , Gilbert , N & Michieletto , D 2021 , ' Parameter-free Molecular Super-Structures Quantification in Single-Molecule Localisation Microscopy ' , Journal of Cell Biology , vol. 220 , no. 5 , e202010003 , pp. 1-15 . https://doi.org/10.1083/jcb.202010003, Numero 1, 2021, ISSN 0021-9525
Editore: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202010003

Universal and Programmable Thinning and Thickening of Topologically-Active DNA Fluids

Autori: Davide Michieletto; P. Neill; S. Weir; Vincent A. Martinez; David M. Evans; Crist N; Anderson R
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 13, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.48550/arxiv.2106.08861

Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events

Autori: Je-Kyung Ryu; Sang-Hyun Rah; Richard Janissen; Jacob W. J. Kerssemakers; Andrea Bonato; Davide Michieletto; Cees Dekker
Pubblicato in: Ryu , J-K , Rah , S-H , Janissen , R , Kerssemakers , J W J , Bonato , A , Michieletto , D & Dekker , C 2022 , ' Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events ' , Nucleic Acids Research , vol. 50 , no. 2 , pp. 820-832 . https://doi.org/10.1093/nar/gkab1268, Numero 3, 2022, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.11.04.368506

Nanostars planarity modulates the elasticity of DNA hydrogels

Autori: Fosado, Yair Augusto Gutierrez
Pubblicato in: Soft Matter, Numero 6, 2023, ISSN 1744-6848
Editore: RSC
DOI: 10.1039/d2sm00221c

Dynamic and Facilitated Binding of Topoisomerase Accelerates Topological Relaxation

Autori: Davide Michieletto; Yair A G Fosado; Elias Melas; Marco Baiesi; Luca Tubiana; Enzo Orlandini
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 50, 2022, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac260

Geometric Predictors of Knotted and Linked Arcs

Autori: Joseph L. Sleiman; Robin H. Burton; Michele Caraglio; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Pubblicato in: ACS Polymers Au, Numero 2, 2022, ISSN 2694-2453
Editore: ACS
DOI: 10.1021/acspolymersau.2c00021

Nonequilibrium dynamics and action at a distance in transcriptionally driven DNA supercoiling

Autori: Yair A. G. Fosado, Davide Michieletto, Chris A. Brackley, Davide Marenduzzo
Pubblicato in: PNAS, Numero 118, 2021, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1905215118

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment.

Autori: Tišma, Miloš; Panoukidou, Maria; Antar, Hammam; Soh, Young-Min; Barth, Roman; Pradhan, Biswajit; Barth, Anders; van der Torre, Jaco; Michieletto, Davide; Gruber, Stephan; Dekker, Cees
Pubblicato in: Science advances, vol. 8, no. 26, pp. eabn3299, Numero 12, 2023, ISSN 2375-2548
Editore: AAAS

Simplifying topological entanglements by entropic competition of slip-links

Autori: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto
Pubblicato in: Physical Review Research, Numero 2, 2021, ISSN 2643-1564
Editore: APS
DOI: 10.1103/physrevresearch.3.043070

Topological Tuning of DNA Mobility in Entangled Solutions of Supercoiled Plasmids

Autori: Jan Smrek; Jonathan Garamella; Rae M. Robertson-Anderson; Davide Michieletto
Pubblicato in: Science Advances, Numero 2, 2021, ISSN 2375-2548
Editore: AAAS
DOI: 10.1101/2020.09.21.306092