Topologically Active Polymers

Informazioni relative al progetto

TAP

ID dell’accordo di sovvenzione: 947918

DOI

10.3030/947918

Progetto chiuso

Data della firma CE 20 Ottobre 2020

Data di avvio 1 Gennaio 2021

Data di completamento 31 Dicembre 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 499 950,00

Contributo UE

€ 1 499 950,00

Coordinato da

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

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I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Open Research Data Pilot (1)

Open Research Data Pilot

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (32)

Single-Molecule Structure and Topology of Kinetoplast DNA Networks

Autori: Pinyao He; Allard J. Katan; Luca Tubiana; Cees Dekker; Davide Michieletto
Pubblicato in: Physical Review X, Numero 13, 2023, ISSN 2160-3308
Editore: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevx.13.021010

Runaway transition in irreversible polymer condensation with cyclization

Autori: Maria Panoukidou, Simon Weir, Valerio Sorichetti, Yair Gutierrez Fosado, Martin Lenz, Davide Michieletto
Pubblicato in: Physical Review Research, Numero 6, 2024, ISSN 2643-1564
Editore: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevresearch.6.023189

Topology in soft and biological matter

Autori: Luca Tubiana, Gareth P. Alexander, Agnese Barbensi, Dorothy Buck, Julyan H.E. Cartwright, Mateusz Chwastyk, Marek Cieplak, Ivan Coluzza, Simon Čopar, David J. Craik, Marco Di Stefano, Ralf Everaers, Patrícia F.N. Faísca, Franco Ferrari, Achille Giacometti, Dimos Goundaroulis, Ellinor Haglund, Ya-Ming Hou, Nevena Ilieva, Sophie E. Jackson, Aleksandre Japaridze, Noam Kaplan, Alexander R. Klotz, H
Pubblicato in: Physics Reports, Numero 1075, 2024, Pagina/e 1-137, ISSN 0370-1573
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.physrep.2024.04.002

Investigating site-selection mechanisms of retroviral integration in supercoiled DNA braids

Autori: G. Forte, D. Michieletto, D. Marenduzzo, E. Orlandini
Pubblicato in: Journal of The Royal Society Interface, Numero 18, 2021, Pagina/e 20210229, ISSN 1742-5662
Editore: The Royal Society
DOI: 10.1098/rsif.2021.0229

Topological digestion drives time-varying rheology of entangled DNA fluids

Autori: Michieletto D,Neill P, Weir S, Evans D, Crist N, Martinez V, Robertson-Anderson R
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31828-w

Geometric learning of knot topology

Autori: Joseph Lahoud Sleiman; Filippo Conforto; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Pubblicato in: Crossref, Numero 5, 2024, ISSN 1744-6848
Editore: RSC
DOI: 10.1039/d3sm01199b

An Inter-strand Loop Extrusion Model

Autori: Andrea Bonato; Davide Michieletto
Pubblicato in: Biophysical Journal, Numero 1, 2021, ISSN 0006-3495
Editore: Biophysical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2111.00332

Fluidification of entanglements by a DNA bending protein

Autori: Yair A. G. Fosado; Jamieson Howard; Simon Weir; Agnes Noy; Mark C. Leake; Davide Michieletto
Pubblicato in: Physical Review Letters, Numero 130, 2023, ISSN 0031-9007
Editore: American Physical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2205.03510

Rheology and Viscoelasticity of Proteins and Nucleic Acids Condensates

Autori: Davide Michieletto; Mattia Marenda
Pubblicato in: JACS Au, Numero 2, 2022, ISSN 2691-3704
Editore: ACS
DOI: 10.1021/jacsau.2c00055

Topological gelation of reconnecting polymers

Autori: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto; Enzo Orlandini
Pubblicato in: PNAS, Numero 119, 2022, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2022.09.21.508941

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment

Autori: MILOŠ TIŠMA, MARIA PANOUKIDOU, HAMMAM ANTAR, YOUNG-MIN SOH, ROMAN BARTH, BISWAJIT PRADHAN, ANDERS BARTH, JACO VAN DER TORRE, DAVIDE MICHIELETTO, STEPHAN GRUBER, CEES DEKKER
Pubblicato in: Science Advances, Numero 8, 2022, ISSN 2375-2548
Editore: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abn3299

Kinetoplast DNA: a polymer physicist’s topological Olympic dream

Autori: Davide Michieletto
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 53, 2025, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae1206

Parameter-free molecular super-structures quantification in single-molecule localization microscopy.

Autori: Mattia Marenda; Elena Lazarova; Sebastian van de Linde; Nick Gilbert; Davide Michieletto
Pubblicato in: Journal of Cell Biology, Numero 1, 2021, ISSN 0021-9525
Editore: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202010003

Spontaneously directed loop extrusion in SMC complexes emerges from broken detailed balance and anisotropic DNA search

Autori: Andrea Bonato, Jae-Won Jang, Do-Gyun Kim, Kyoung-Wook Moon, Davide Michieletto, Je-Kyung Ryu
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 53, 2025, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf725

Effects of monovalent and divalent cations on the rheology of entangled DNA

Autori: Jennifer Harnett, Simon Weir, Davide Michieletto
Pubblicato in: Soft Matter, Numero 20, 2024, Pagina/e 3980-3986, ISSN 1744-683X
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sm00957b

Universal and Programmable Thinning and Thickening of Topologically-Active DNA Fluids

Autori: Davide Michieletto; P. Neill; S. Weir; Vincent A. Martinez; David M. Evans; Crist N; Anderson R
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 13, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.48550/arxiv.2106.08861

Link to Densify: Topological Transitions and Origin of Hysteresis During the Compression and Decompression of Amorphous Ices

Autori: Yair Augusto Gutiérrez Fosado, Davide Michieletto, Fausto Martelli
Pubblicato in: Physical Review Letters, Numero 133, 2025, ISSN 0031-9007
Editore: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.133.266102

Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events

Autori: Je-Kyung Ryu; Sang-Hyun Rah; Richard Janissen; Jacob W. J. Kerssemakers; Andrea Bonato; Davide Michieletto; Cees Dekker
Pubblicato in: Ryu , J-K , Rah , S-H , Janissen , R , Kerssemakers , J W J , Bonato , A , Michieletto , D & Dekker , C 2022 , ' Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events ' , Nucleic Acids Research , vol. 50 , no. 2 , pp. 820-832 . https://doi.org/10.1093/nar/gkab1268, Numero 3, 2022, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.11.04.368506

Single-Molecule Morphology of Topologically Digested Olympic Networks

Autori: Saminathan Ramakrishnan, Zihao Chen, Yair Augusto Gutierrez Fosado, Luca Tubiana, Willem Vanderlinden, Nicholas Jon Savill, Achim Schnaufer, Davide Michieletto
Pubblicato in: PRX Life, Numero 2, 2024, ISSN 2835-8279
Editore: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/prxlife.2.013009

Fluidification of entangled polymers by loop extrusion

Autori: Filippo Conforto, Yair Gutierrez Fosado, Davide Michieletto
Pubblicato in: Physical Review Research, Numero 6, 2024, ISSN 2643-1564
Editore: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevresearch.6.033160

Nanostars planarity modulates the elasticity of DNA hydrogels

Autori: Fosado, Yair Augusto Gutierrez
Pubblicato in: Soft Matter, Numero 6, 2023, ISSN 1744-6848
Editore: RSC
DOI: 10.1039/d2sm00221c

Dynamic and Facilitated Binding of Topoisomerase Accelerates Topological Relaxation

Autori: Davide Michieletto; Yair A G Fosado; Elias Melas; Marco Baiesi; Luca Tubiana; Enzo Orlandini
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 50, 2022, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac260

Polycomb condensates can promote epigenetic marks but are not required for sustained chromatin compaction

Autori: Jorine M. Eeftens, Manya Kapoor, Davide Michieletto, Clifford P. Brangwynne
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26147-5

Geometric Predictors of Knotted and Linked Arcs

Autori: Joseph L. Sleiman; Robin H. Burton; Michele Caraglio; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Pubblicato in: ACS Polymers Au, Numero 2, 2022, ISSN 2694-2453
Editore: ACS
DOI: 10.1021/acspolymersau.2c00021

Nonequilibrium dynamics and action at a distance in transcriptionally driven DNA supercoiling

Autori: Yair A. G. Fosado, Davide Michieletto, Chris A. Brackley, Davide Marenduzzo
Pubblicato in: PNAS, Numero 118, 2021, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1905215118

Topological linking determines elasticity in limited valence networks

Autori: Giorgia Palombo, Simon Weir, Davide Michieletto, Yair Augusto Gutiérrez Fosado
Pubblicato in: Nature Materials, Numero 24, 2025, Pagina/e 454-461, ISSN 1476-1122
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41563-024-02091-9

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment.

Autori: Tišma, Miloš; Panoukidou, Maria; Antar, Hammam; Soh, Young-Min; Barth, Roman; Pradhan, Biswajit; Barth, Anders; van der Torre, Jaco; Michieletto, Davide; Gruber, Stephan; Dekker, Cees
Pubblicato in: Science advances, vol. 8, no. 26, pp. eabn3299, Numero 12, 2023, ISSN 2375-2548
Editore: AAAS

Simplifying topological entanglements by entropic competition of slip-links

Autori: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto
Pubblicato in: Physical Review Research, Numero 2, 2021, ISSN 2643-1564
Editore: APS
DOI: 10.1103/physrevresearch.3.043070

Topological Tuning of DNA Mobility in Entangled Solutions of Supercoiled Plasmids

Autori: Jan Smrek; Jonathan Garamella; Rae M. Robertson-Anderson; Davide Michieletto
Pubblicato in: Science Advances, Numero 2, 2021, ISSN 2375-2548
Editore: AAAS
DOI: 10.1101/2020.09.21.306092

Topology-Controlled Microphase Separation and Interconversion of Twist and Writhe Domains in Supercoiled Annealed Polyelectrolytes

Autori: Roman Staňo, Christos N. Likos, Davide Michieletto, Jan Smrek
Pubblicato in: Physical Review Letters, Numero 135, 2025, ISSN 0031-9007
Editore: American Physical Society
DOI: 10.1103/7fh5-frst

Topologically-crosslinked hydrogels based on γ-cyclodextrins

Autori: Ella Sapsford, Davide Michieletto
Pubblicato in: Communications Chemistry, Numero 8, 2025, ISSN 2399-3669
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42004-025-01469-3

Loops are Geometric Catalysts for DNA Integration

Autori: Cleis Battaglia, Davide Michieletto
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 52, 2026, ISSN 1362-4962
Editore: OUP
DOI: 10.1101/2023.06.21.545982