Topologically Active Polymers

Projektinformationen

TAP

ID Finanzhilfevereinbarung: 947918

DOI

10.3030/947918

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 20 Oktober 2020

Startdatum 1 Januar 2021

Enddatum 31 Dezember 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 950,00

EU-Beitrag

€ 1 499 950,00

Koordiniert durch

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Open Research Data Pilot

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (18)

Single-Molecule Structure and Topology of Kinetoplast DNA Networks

Autoren: Pinyao He; Allard J. Katan; Luca Tubiana; Cees Dekker; Davide Michieletto
Veröffentlicht in: Physical Review X, Ausgabe 13, 2023, ISSN 2160-3308
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevx.13.021010

Topological digestion drives time-varying rheology of entangled DNA fluids

Autoren: Michieletto D,Neill P, Weir S, Evans D, Crist N, Martinez V, Robertson-Anderson R
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31828-w

Geometric learning of knot topology

Autoren: Joseph Lahoud Sleiman; Filippo Conforto; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 5, 2024, ISSN 1744-6848
Herausgeber: RSC
DOI: 10.1039/d3sm01199b

An Inter-strand Loop Extrusion Model

Autoren: Andrea Bonato; Davide Michieletto
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 1, 2021, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2111.00332

Fluidification of entanglements by a DNA bending protein

Autoren: Yair A. G. Fosado; Jamieson Howard; Simon Weir; Agnes Noy; Mark C. Leake; Davide Michieletto
Veröffentlicht in: Physical Review Letters, Ausgabe 130, 2023, ISSN 0031-9007
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2205.03510

Rheology and Viscoelasticity of Proteins and Nucleic Acids Condensates

Autoren: Davide Michieletto; Mattia Marenda
Veröffentlicht in: JACS Au, Ausgabe 2, 2022, ISSN 2691-3704
Herausgeber: ACS
DOI: 10.1021/jacsau.2c00055

Topological gelation of reconnecting polymers

Autoren: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto; Enzo Orlandini
Veröffentlicht in: PNAS, Ausgabe 119, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2022.09.21.508941

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment

Autoren: MILOŠ TIŠMA, MARIA PANOUKIDOU, HAMMAM ANTAR, YOUNG-MIN SOH, ROMAN BARTH, BISWAJIT PRADHAN, ANDERS BARTH, JACO VAN DER TORRE, DAVIDE MICHIELETTO, STEPHAN GRUBER, CEES DEKKER
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 8, 2022, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abn3299

Parameter-free molecular super-structures quantification in single-molecule localization microscopy.

Autoren: Mattia Marenda; Elena Lazarova; Sebastian van de Linde; Nick Gilbert; Davide Michieletto
Veröffentlicht in: Marenda , M , Lazarova , E , van de Linde , S , Gilbert , N & Michieletto , D 2021 , ' Parameter-free Molecular Super-Structures Quantification in Single-Molecule Localisation Microscopy ' , Journal of Cell Biology , vol. 220 , no. 5 , e202010003 , pp. 1-15 . https://doi.org/10.1083/jcb.202010003, Ausgabe 1, 2021, ISSN 0021-9525
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202010003

Universal and Programmable Thinning and Thickening of Topologically-Active DNA Fluids

Autoren: Davide Michieletto; P. Neill; S. Weir; Vincent A. Martinez; David M. Evans; Crist N; Anderson R
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.48550/arxiv.2106.08861

Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events

Autoren: Je-Kyung Ryu; Sang-Hyun Rah; Richard Janissen; Jacob W. J. Kerssemakers; Andrea Bonato; Davide Michieletto; Cees Dekker
Veröffentlicht in: Ryu , J-K , Rah , S-H , Janissen , R , Kerssemakers , J W J , Bonato , A , Michieletto , D & Dekker , C 2022 , ' Condensin extrudes DNA loops in steps up to hundreds of base pairs that are generated by ATP binding events ' , Nucleic Acids Research , vol. 50 , no. 2 , pp. 820-832 . https://doi.org/10.1093/nar/gkab1268, Ausgabe 3, 2022, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.11.04.368506

Nanostars planarity modulates the elasticity of DNA hydrogels

Autoren: Fosado, Yair Augusto Gutierrez
Veröffentlicht in: Soft Matter, Ausgabe 6, 2023, ISSN 1744-6848
Herausgeber: RSC
DOI: 10.1039/d2sm00221c

Dynamic and Facilitated Binding of Topoisomerase Accelerates Topological Relaxation

Autoren: Davide Michieletto; Yair A G Fosado; Elias Melas; Marco Baiesi; Luca Tubiana; Enzo Orlandini
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 50, 2022, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac260

Geometric Predictors of Knotted and Linked Arcs

Autoren: Joseph L. Sleiman; Robin H. Burton; Michele Caraglio; Yair Augusto Gutierrez Fosado; Davide Michieletto
Veröffentlicht in: ACS Polymers Au, Ausgabe 2, 2022, ISSN 2694-2453
Herausgeber: ACS
DOI: 10.1021/acspolymersau.2c00021

Nonequilibrium dynamics and action at a distance in transcriptionally driven DNA supercoiling

Autoren: Yair A. G. Fosado, Davide Michieletto, Chris A. Brackley, Davide Marenduzzo
Veröffentlicht in: PNAS, Ausgabe 118, 2021, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1905215118

ParB proteins can bypass DNA-bound roadblocks via dimer-dimer recruitment.

Autoren: Tišma, Miloš; Panoukidou, Maria; Antar, Hammam; Soh, Young-Min; Barth, Roman; Pradhan, Biswajit; Barth, Anders; van der Torre, Jaco; Michieletto, Davide; Gruber, Stephan; Dekker, Cees
Veröffentlicht in: Science advances, vol. 8, no. 26, pp. eabn3299, Ausgabe 12, 2023, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS

Simplifying topological entanglements by entropic competition of slip-links

Autoren: Andrea Bonato; Davide Marenduzzo; Davide Michieletto
Veröffentlicht in: Physical Review Research, Ausgabe 2, 2021, ISSN 2643-1564
Herausgeber: APS
DOI: 10.1103/physrevresearch.3.043070

Topological Tuning of DNA Mobility in Entangled Solutions of Supercoiled Plasmids

Autoren: Jan Smrek; Jonathan Garamella; Rae M. Robertson-Anderson; Davide Michieletto
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 2, 2021, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1101/2020.09.21.306092