A computational framework to interpret the chemical language of the microbiome

Informations projet

DECIPHER

N° de convention de subvention: 948770

DOI

10.3030/948770

Date de signature de la CE 20 Octobre 2020

Date de début 1 Decembre 2020

Date de fin 30 Novembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 965,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 965,00

Coordonné par

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

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Publications

Peer reviewed articles (16)

MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters

Auteurs: Terlouw BR, Blin K, Navarro-Muñoz JC, Avalon NE, Chevrette MG, Egbert S, Lee S, Meijer D, Recchia MJJ, Reitz ZL, van Santen JA, Selem-Mojica N, Tørring T, Zaroubi L, Alanjary M, Aleti G, Aguilar C, Al-Salihi SAA, Augustijn HE, Avelar-Rivas JA, Avitia-Domínguez LA, Barona-Gómez F, Bernaldo-Agüero J, Bielinski VA, Biermann F, Booth TJ, Carrion Bravo VJ, Castelo-Branco R, Chagas FO, Cruz-Morales
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2023, Page(s) D603-D610, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1049

gutSMASH predicts specialized primary metabolic pathways from the human gut microbiota

Auteurs: Victòria Pascal Andreu; Hannah E. Augustijn; Lianmin Chen; Alexandra Zhernakova; Jingyuan Fu; Michael A. Fischbach; Dylan Dodd; Marnix H. Medema
Publié dans: ISSN=10870156;TITLE=Nature Biotechnology, Numéro 1, 2023, ISSN 1546-1696
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41587-023-01675-1

CineMol: a programmatically accessible direct-to-SVG 3D small molecule drawer

Auteurs: David Meijer, Marnix H. Medema, Justin J. J. van der Hooft
Publié dans: Journal of Cheminformatics, Numéro 16, 2024, Page(s) 58, ISSN 1758-2946
Éditeur: Chemistry Central
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-bvxr2

antiSMASH 8.0: extended gene cluster detection capabilities and analyses of chemistry, enzymology, and regulation

Auteurs: Kai Blin, Simon Shaw, Lisa Vader, Judit Szenei, Zachary L Reitz, Hannah E Augustijn, José D D Cediel-Becerra, Valérie de Crécy-Lagard, Robert A Koetsier, Sam E Williams, Pablo Cruz-Morales, Sopida Wongwas, Alejandro E Segurado Luchsinger, Friederike Biermann, Aleksandra Korenskaia, Mitja M Zdouc, David Meijer, Barbara R Terlouw, Justin J J van der Hooft, Nadine Ziemert, Eric J N H
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 53, 2025, Page(s) W32-W38, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf334

The antiSMASH database version 4: additional genomes and BGCs, new sequence-based searches and more

Auteurs: Kai Blin; Simon Shaw; Marnix H Medema; Tilmann Weber
Publié dans: Crossref, Numéro 2, 2023, Page(s) 0305-1048, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad984

LogoMotif: a comprehensive database of transcription factor binding site profiles in Actinobacteria

Auteurs: Hannah E. Augustijn, Dimitris Karapliafis, Kristy Joosten, Sébastien Rigali, Gilles P. van Wezel, Marnix H. Medema
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 436, 2024, Page(s) 168558, ISSN 1089-8638
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1101/2024.02.28.582527

The gutSMASH web server: automated identification of primary metabolic gene clusters from the gut microbiota.

Auteurs: Victòria Pascal Andreu; Jorge Roel-Touris; Dylan Dodd; Michael A. Fischbach; Marnix H. Medema
Publié dans: urn:issn:03051048, Numéro 1, 2021, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab353

improving cluster detection and comparison capabilities

Auteurs: Kai Blin; Simon Shaw; Alexander M. Kloosterman; Zach Charlop-Powers; Gilles P. van Wezel; Marnix H. Medema; Marnix H. Medema; Tilmann Weber
Publié dans: TITLE=Nucleic Acids Research, Numéro 1, 2021, Page(s) W29-W35, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab335

Genome mining strategies for metallophore discovery.

Auteurs: Zachary L Reitz; Marnix H Medema
Publié dans: urn:issn:09581669, Numéro 1, 2022, Page(s) 102757, ISSN 1879-0429
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.copbio.2022.102757

antiSMASH 7.0: new and improved predictions for detection, regulation, chemical structures and visualisation

Auteurs: Blin K, Shaw S, Augustijn HE, Reitz ZL, Biermann F, Alanjary M, Fetter A, Terlouw BR, Metcalf WW, Helfrich EJN, van Wezel GP, Medema MH, Weber T
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2023, Page(s) W46-W50, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad344

Compendium of specialized metabolite biosynthetic diversity encoded in bacterial genomes

Auteurs: Athina Gavriilidou; Satria A. Kautsar; Nestor Zaburannyi; Daniel Krug; Rolf Müller; Marnix H. Medema; Nadine Ziemert
Publié dans: ISSN: 2058-5276, Numéro 1, 2022, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-022-01110-2

Unleashing the potential of cell painting assays for compound activities and hazards prediction

Auteurs: Floriane Odje, David Meijer, Elena von Coburg, Justin J. J. van der Hooft, Sebastian Dunst, Marnix H. Medema, Andrea Volkamer
Publié dans: Frontiers in Toxicology, Numéro 6, 2024, ISSN 2673-3080
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/ftox.2024.1401036

Empowering natural product science with AI: leveraging multimodal data and knowledge graphs

Auteurs: David Meijer, Mehdi A. Beniddir, Connor W. Coley, Yassine M. Mejri, Meltem Öztürk, Justin J. J. van der Hooft, Marnix H. Medema, Adam Skiredj
Publié dans: Natural Product Reports, Numéro 42, 2025, Page(s) 654-662, ISSN 0265-0568
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4np00008k

CAGECAT: The CompArative GEne Cluster Analysis Toolbox for rapid search and visualisation of homologous gene clusters

Auteurs: Matthias van den Belt; Cameron Gilchrist; Thomas J. Booth; Yit-Heng Chooi; Marnix H. Medema; Mohammad Alanjary
Publié dans: ISSN: 1471-2105, Numéro 2, 2023, Page(s) 181, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05311-2

Taxonomic and metabolic diversity of <scp>Actinomycetota</scp> isolated from faeces of a 28,000‐year‐old mammoth

Auteurs: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Chao Du, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Hans Jansen, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 26, 2024, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.16589

Artificial intelligence for natural product drug discovery

Auteurs: Mullowney MW, Duncan KR, Elsayed SS, Garg N, van der Hooft JJJ, Martin NI, Meijer D, Terlouw BR, Biermann F, Blin K, Durairaj J, Gorostiola González M, Helfrich EJN, Huber F, Leopold-Messer S, Rajan K, de Rond T, van Santen JA, Sorokina M, Balunas MJ, Beniddir MA, van Bergeijk DA, Carroll LM, Clark CM, Clevert DA, Dejong CA, Du C, Ferrinho S, Grisoni F, Hofstetter A, Jespers W, Kalinina OV, Kauts
Publié dans: Nature Reviews Drug Discovery, 2023, ISSN 1474-1776
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-023-00774-7

Other (1)

Automated genome mining predicts combinatorial diversity and taxonomic distribution of peptide metallophore structures

Auteurs: Reitz ZL, Butler A, Medema MH
Publié dans: BioRxiv, 2022
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.12.14.519525