A computational framework to interpret the chemical language of the microbiome

Informations projet

DECIPHER

N° de convention de subvention: 948770

DOI

10.3030/948770

Projet clôturé

Date de signature de la CE 20 Octobre 2020

Date de début 1 Decembre 2020

Date de fin 30 Novembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 965,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 965,00

Coordonné par

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

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Publications

Peer reviewed articles (25)

MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters

Auteurs: Terlouw BR, Blin K, Navarro-Muñoz JC, Avalon NE, Chevrette MG, Egbert S, Lee S, Meijer D, Recchia MJJ, Reitz ZL, van Santen JA, Selem-Mojica N, Tørring T, Zaroubi L, Alanjary M, Aleti G, Aguilar C, Al-Salihi SAA, Augustijn HE, Avelar-Rivas JA, Avitia-Domínguez LA, Barona-Gómez F, Bernaldo-Agüero J, Bielinski VA, Biermann F, Booth TJ, Carrion Bravo VJ, Castelo-Branco R, Chagas FO, Cruz-Morales
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2023, Page(s) D603-D610, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1049

Harnessing regulatory networks in Actinobacteria for natural product discovery

Auteurs: Hannah E Augustijn, Anna M Roseboom, Marnix H Medema, Gilles P van Wezel
Publié dans: Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, Numéro 51, 2025, ISSN 1367-5435
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1093/jimb/kuae011

gutSMASH predicts specialized primary metabolic pathways from the human gut microbiota

Auteurs: Victòria Pascal Andreu; Hannah E. Augustijn; Lianmin Chen; Alexandra Zhernakova; Jingyuan Fu; Michael A. Fischbach; Dylan Dodd; Marnix H. Medema
Publié dans: ISSN=10870156;TITLE=Nature Biotechnology, Numéro 1, 2023, ISSN 1546-1696
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41587-023-01675-1

gutSMASH 2.0: Extended Identification of Primary Metabolic Gene Clusters From the Human Gut Microbiota

Auteurs: Yijun Zhu, Hannah E. Augustijn, Victòria Pascal Andreu, Arjan Draisma, Gilles P. van Wezel, Dylan Dodd, Michael A. Fischbach, Marnix H. Medema
Publié dans: Journal of Molecular Biology, 2026, Page(s) 169567, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2025.169567

CineMol: a programmatically accessible direct-to-SVG 3D small molecule drawer

Auteurs: David Meijer, Marnix H. Medema, Justin J. J. van der Hooft
Publié dans: Journal of Cheminformatics, Numéro 16, 2024, Page(s) 58, ISSN 1758-2946
Éditeur: Chemistry Central
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-bvxr2

Genome mining based on transcriptional regulatory networks uncovers a novel locus involved in desferrioxamine biosynthesis

Auteurs: Hannah E. Augustijn, Zachary L. Reitz, Le Zhang, Jeanine A. Boot, Somayah S. Elsayed, Gregory L. Challis, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 23, 2025, Page(s) e3003183, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3003183

antiSMASH 8.0: extended gene cluster detection capabilities and analyses of chemistry, enzymology, and regulation

Auteurs: Kai Blin, Simon Shaw, Lisa Vader, Judit Szenei, Zachary L Reitz, Hannah E Augustijn, José D D Cediel-Becerra, Valérie de Crécy-Lagard, Robert A Koetsier, Sam E Williams, Pablo Cruz-Morales, Sopida Wongwas, Alejandro E Segurado Luchsinger, Friederike Biermann, Aleksandra Korenskaia, Mitja M Zdouc, David Meijer, Barbara R Terlouw, Justin J J van der Hooft, Nadine Ziemert, Eric J N H
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 53, 2025, Page(s) W32-W38, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf334

The antiSMASH database version 4: additional genomes and BGCs, new sequence-based searches and more

Auteurs: Kai Blin; Simon Shaw; Marnix H Medema; Tilmann Weber
Publié dans: Crossref, Numéro 2, 2023, Page(s) 0305-1048, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad984

Automated genome mining predicts structural diversity and taxonomic distribution of peptide metallophores across bacteria

Auteurs: Zachary L. Reitz, Bita Pourmohsenin, Melanie Susman, Emil Thomsen, Daniel Roth, Alison Butler, Nadine Ziemert, Marnix H. Medema
Publié dans: eLife, 2026, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2025.07.29.667501

RAIChU: automating the visualisation of natural product biosynthesis

Auteurs: Barbara R. Terlouw, Friederike Biermann, Sophie P. J. M. Vromans, Elham Zamani, Eric J. N. Helfrich, Marnix H. Medema
Publié dans: Journal of Cheminformatics, Numéro 16, 2024, ISSN 1758-2946
Éditeur: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-024-00898-x

LogoMotif: a comprehensive database of transcription factor binding site profiles in Actinobacteria

Auteurs: Hannah E. Augustijn, Dimitris Karapliafis, Kristy Joosten, Sébastien Rigali, Gilles P. van Wezel, Marnix H. Medema
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 436, 2024, Page(s) 168558, ISSN 1089-8638
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1101/2024.02.28.582527

Biosynfoni: a biosynthesis-informed and interpretable lightweight molecular fingerprint

Auteurs: Lucina-May Nollen, David Meijer, Maria Sorokina, Justin J. J. van der Hooft
Publié dans: Journal of Cheminformatics, Numéro 17, 2025, ISSN 1758-2946
Éditeur: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-025-01081-6

The gutSMASH web server: automated identification of primary metabolic gene clusters from the gut microbiota.

Auteurs: Victòria Pascal Andreu; Jorge Roel-Touris; Dylan Dodd; Michael A. Fischbach; Marnix H. Medema
Publié dans: urn:issn:03051048, Numéro 1, 2021, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab353

Taxonomic and metabolic diversity of Actinobacteria isolated from faeces of a 28,000-year-old mammoth

Auteurs: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Publié dans: Environmental Microbiology, 2026, ISSN 1462-2920
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1101/2022.12.22.521380

improving cluster detection and comparison capabilities

Auteurs: Kai Blin; Simon Shaw; Alexander M. Kloosterman; Zach Charlop-Powers; Gilles P. van Wezel; Marnix H. Medema; Marnix H. Medema; Tilmann Weber
Publié dans: TITLE=Nucleic Acids Research, Numéro 1, 2021, Page(s) W29-W35, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab335

BiG-SCAPE 2.0 and BiG-SLiCE 2.0: scalable, accurate and interactive sequence clustering of metabolic gene clusters

Auteurs: Arjan Draisma, Catarina Loureiro, Nico L. L. Louwen, Satria A. Kautsar, Jorge C. Navarro-Muñoz, Drew T. Doering, Nigel J. Mouncey & Marnix H. Medema
Publié dans: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group

Genome mining strategies for metallophore discovery.

Auteurs: Zachary L Reitz; Marnix H Medema
Publié dans: urn:issn:09581669, Numéro 1, 2022, Page(s) 102757, ISSN 1879-0429
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.copbio.2022.102757

antiSMASH 7.0: new and improved predictions for detection, regulation, chemical structures and visualisation

Auteurs: Blin K, Shaw S, Augustijn HE, Reitz ZL, Biermann F, Alanjary M, Fetter A, Terlouw BR, Metcalf WW, Helfrich EJN, van Wezel GP, Medema MH, Weber T
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2023, Page(s) W46-W50, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad344

MITE: the Minimum Information about a Tailoring Enzyme database for capturing specialized metabolite biosynthesis

Auteurs: Adriano Rutz, Daniel Probst, César Aguilar, Daniel Y Akiyama, Fabrizio Alberti, Hannah E Augustijn, Nicole E Avalon, Christine Beemelmanns, Hellen Bertoletti Barbieri, Friederike Biermann, Alan J Bridge, Esteban Charria Girón, Russell Cox, Max Crüsemann, Paul M D’Agostino, Marc Feuermann, Jennifer Gerke, Karina Gutiérrez García, Jonathan E Holme, Ji-Yeon Hwang, Riccardo Iacovelli, Júlio C
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 54, 2026, Page(s) D635-D642, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf969

Compendium of specialized metabolite biosynthetic diversity encoded in bacterial genomes

Auteurs: Athina Gavriilidou; Satria A. Kautsar; Nestor Zaburannyi; Daniel Krug; Rolf Müller; Marnix H. Medema; Nadine Ziemert
Publié dans: ISSN: 2058-5276, Numéro 1, 2022, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-022-01110-2

Unleashing the potential of cell painting assays for compound activities and hazards prediction

Auteurs: Floriane Odje, David Meijer, Elena von Coburg, Justin J. J. van der Hooft, Sebastian Dunst, Marnix H. Medema, Andrea Volkamer
Publié dans: Frontiers in Toxicology, Numéro 6, 2024, ISSN 2673-3080
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/ftox.2024.1401036

Empowering natural product science with AI: leveraging multimodal data and knowledge graphs

Auteurs: David Meijer, Mehdi A. Beniddir, Connor W. Coley, Yassine M. Mejri, Meltem Öztürk, Justin J. J. van der Hooft, Marnix H. Medema, Adam Skiredj
Publié dans: Natural Product Reports, Numéro 42, 2025, Page(s) 654-662, ISSN 0265-0568
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4np00008k

CAGECAT: The CompArative GEne Cluster Analysis Toolbox for rapid search and visualisation of homologous gene clusters

Auteurs: Matthias van den Belt; Cameron Gilchrist; Thomas J. Booth; Yit-Heng Chooi; Marnix H. Medema; Mohammad Alanjary
Publié dans: ISSN: 1471-2105, Numéro 2, 2023, Page(s) 181, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05311-2

Taxonomic and metabolic diversity of <scp>Actinomycetota</scp> isolated from faeces of a 28,000‐year‐old mammoth

Auteurs: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Chao Du, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Hans Jansen, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 26, 2024, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.16589

Artificial intelligence for natural product drug discovery

Auteurs: Mullowney MW, Duncan KR, Elsayed SS, Garg N, van der Hooft JJJ, Martin NI, Meijer D, Terlouw BR, Biermann F, Blin K, Durairaj J, Gorostiola González M, Helfrich EJN, Huber F, Leopold-Messer S, Rajan K, de Rond T, van Santen JA, Sorokina M, Balunas MJ, Beniddir MA, van Bergeijk DA, Carroll LM, Clark CM, Clevert DA, Dejong CA, Du C, Ferrinho S, Grisoni F, Hofstetter A, Jespers W, Kalinina OV, Kauts
Publié dans: Nature Reviews Drug Discovery, 2023, ISSN 1474-1776
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-023-00774-7

Other (2)

Automated genome mining predicts combinatorial diversity and taxonomic distribution of peptide metallophore structures

Auteurs: Reitz ZL, Butler A, Medema MH
Publié dans: BioRxiv, 2022
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.12.14.519525

PARAS: high-accuracy machine learning of substrate specificities in nonribosomal peptide synthetases

Auteurs: Barbara R. Terlouw, Chuan Huang, David Meijer, José D. D. Cediel-Becerra, Ruolin He, Marlene L. Rothe, Matthew Jenner, Shanshan Zhou, Yu Zhang, Christopher D. Fage, Yuta Tsun- ematsu, Gilles P. van Wezel, Serina L. Robinson, Fabrizio Alberti, Lona M. Alkhalaf, Marc G. Chevrette, Gregory L. Challis and Marnix H. Medema
Publié dans: 2025
Éditeur: BiorXiv, Cold Spring Harbor Laboratory