A computational framework to interpret the chemical language of the microbiome

Projektinformationen

DECIPHER

ID Finanzhilfevereinbarung: 948770

DOI

10.3030/948770

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 20 Oktober 2020

Startdatum 1 Dezember 2020

Enddatum 30 November 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 965,00

EU-Beitrag

€ 1 499 965,00

Koordiniert durch

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (25)

MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters

Autoren: Terlouw BR, Blin K, Navarro-Muñoz JC, Avalon NE, Chevrette MG, Egbert S, Lee S, Meijer D, Recchia MJJ, Reitz ZL, van Santen JA, Selem-Mojica N, Tørring T, Zaroubi L, Alanjary M, Aleti G, Aguilar C, Al-Salihi SAA, Augustijn HE, Avelar-Rivas JA, Avitia-Domínguez LA, Barona-Gómez F, Bernaldo-Agüero J, Bielinski VA, Biermann F, Booth TJ, Carrion Bravo VJ, Castelo-Branco R, Chagas FO, Cruz-Morales
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2023, Seite(n) D603-D610, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1049

Harnessing regulatory networks in Actinobacteria for natural product discovery

Autoren: Hannah E Augustijn, Anna M Roseboom, Marnix H Medema, Gilles P van Wezel
Veröffentlicht in: Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, Ausgabe 51, 2025, ISSN 1367-5435
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1093/jimb/kuae011

gutSMASH predicts specialized primary metabolic pathways from the human gut microbiota

Autoren: Victòria Pascal Andreu; Hannah E. Augustijn; Lianmin Chen; Alexandra Zhernakova; Jingyuan Fu; Michael A. Fischbach; Dylan Dodd; Marnix H. Medema
Veröffentlicht in: ISSN=10870156;TITLE=Nature Biotechnology, Ausgabe 1, 2023, ISSN 1546-1696
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41587-023-01675-1

gutSMASH 2.0: Extended Identification of Primary Metabolic Gene Clusters From the Human Gut Microbiota

Autoren: Yijun Zhu, Hannah E. Augustijn, Victòria Pascal Andreu, Arjan Draisma, Gilles P. van Wezel, Dylan Dodd, Michael A. Fischbach, Marnix H. Medema
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2026, Seite(n) 169567, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2025.169567

CineMol: a programmatically accessible direct-to-SVG 3D small molecule drawer

Autoren: David Meijer, Marnix H. Medema, Justin J. J. van der Hooft
Veröffentlicht in: Journal of Cheminformatics, Ausgabe 16, 2024, Seite(n) 58, ISSN 1758-2946
Herausgeber: Chemistry Central
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-bvxr2

Genome mining based on transcriptional regulatory networks uncovers a novel locus involved in desferrioxamine biosynthesis

Autoren: Hannah E. Augustijn, Zachary L. Reitz, Le Zhang, Jeanine A. Boot, Somayah S. Elsayed, Gregory L. Challis, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 23, 2025, Seite(n) e3003183, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3003183

antiSMASH 8.0: extended gene cluster detection capabilities and analyses of chemistry, enzymology, and regulation

Autoren: Kai Blin, Simon Shaw, Lisa Vader, Judit Szenei, Zachary L Reitz, Hannah E Augustijn, José D D Cediel-Becerra, Valérie de Crécy-Lagard, Robert A Koetsier, Sam E Williams, Pablo Cruz-Morales, Sopida Wongwas, Alejandro E Segurado Luchsinger, Friederike Biermann, Aleksandra Korenskaia, Mitja M Zdouc, David Meijer, Barbara R Terlouw, Justin J J van der Hooft, Nadine Ziemert, Eric J N H
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 53, 2025, Seite(n) W32-W38, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf334

The antiSMASH database version 4: additional genomes and BGCs, new sequence-based searches and more

Autoren: Kai Blin; Simon Shaw; Marnix H Medema; Tilmann Weber
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 2, 2023, Seite(n) 0305-1048, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad984

Automated genome mining predicts structural diversity and taxonomic distribution of peptide metallophores across bacteria

Autoren: Zachary L. Reitz, Bita Pourmohsenin, Melanie Susman, Emil Thomsen, Daniel Roth, Alison Butler, Nadine Ziemert, Marnix H. Medema
Veröffentlicht in: eLife, 2026, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2025.07.29.667501

RAIChU: automating the visualisation of natural product biosynthesis

Autoren: Barbara R. Terlouw, Friederike Biermann, Sophie P. J. M. Vromans, Elham Zamani, Eric J. N. Helfrich, Marnix H. Medema
Veröffentlicht in: Journal of Cheminformatics, Ausgabe 16, 2024, ISSN 1758-2946
Herausgeber: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-024-00898-x

LogoMotif: a comprehensive database of transcription factor binding site profiles in Actinobacteria

Autoren: Hannah E. Augustijn, Dimitris Karapliafis, Kristy Joosten, Sébastien Rigali, Gilles P. van Wezel, Marnix H. Medema
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 436, 2024, Seite(n) 168558, ISSN 1089-8638
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1101/2024.02.28.582527

Biosynfoni: a biosynthesis-informed and interpretable lightweight molecular fingerprint

Autoren: Lucina-May Nollen, David Meijer, Maria Sorokina, Justin J. J. van der Hooft
Veröffentlicht in: Journal of Cheminformatics, Ausgabe 17, 2025, ISSN 1758-2946
Herausgeber: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-025-01081-6

The gutSMASH web server: automated identification of primary metabolic gene clusters from the gut microbiota.

Autoren: Victòria Pascal Andreu; Jorge Roel-Touris; Dylan Dodd; Michael A. Fischbach; Marnix H. Medema
Veröffentlicht in: urn:issn:03051048, Ausgabe 1, 2021, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab353

Taxonomic and metabolic diversity of Actinobacteria isolated from faeces of a 28,000-year-old mammoth

Autoren: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, 2026, ISSN 1462-2920
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1101/2022.12.22.521380

improving cluster detection and comparison capabilities

Autoren: Kai Blin; Simon Shaw; Alexander M. Kloosterman; Zach Charlop-Powers; Gilles P. van Wezel; Marnix H. Medema; Marnix H. Medema; Tilmann Weber
Veröffentlicht in: TITLE=Nucleic Acids Research, Ausgabe 1, 2021, Seite(n) W29-W35, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab335

BiG-SCAPE 2.0 and BiG-SLiCE 2.0: scalable, accurate and interactive sequence clustering of metabolic gene clusters

Autoren: Arjan Draisma, Catarina Loureiro, Nico L. L. Louwen, Satria A. Kautsar, Jorge C. Navarro-Muñoz, Drew T. Doering, Nigel J. Mouncey & Marnix H. Medema
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group

Genome mining strategies for metallophore discovery.

Autoren: Zachary L Reitz; Marnix H Medema
Veröffentlicht in: urn:issn:09581669, Ausgabe 1, 2022, Seite(n) 102757, ISSN 1879-0429
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.copbio.2022.102757

antiSMASH 7.0: new and improved predictions for detection, regulation, chemical structures and visualisation

Autoren: Blin K, Shaw S, Augustijn HE, Reitz ZL, Biermann F, Alanjary M, Fetter A, Terlouw BR, Metcalf WW, Helfrich EJN, van Wezel GP, Medema MH, Weber T
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2023, Seite(n) W46-W50, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad344

MITE: the Minimum Information about a Tailoring Enzyme database for capturing specialized metabolite biosynthesis

Autoren: Adriano Rutz, Daniel Probst, César Aguilar, Daniel Y Akiyama, Fabrizio Alberti, Hannah E Augustijn, Nicole E Avalon, Christine Beemelmanns, Hellen Bertoletti Barbieri, Friederike Biermann, Alan J Bridge, Esteban Charria Girón, Russell Cox, Max Crüsemann, Paul M D’Agostino, Marc Feuermann, Jennifer Gerke, Karina Gutiérrez García, Jonathan E Holme, Ji-Yeon Hwang, Riccardo Iacovelli, Júlio C
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 54, 2026, Seite(n) D635-D642, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf969

Compendium of specialized metabolite biosynthetic diversity encoded in bacterial genomes

Autoren: Athina Gavriilidou; Satria A. Kautsar; Nestor Zaburannyi; Daniel Krug; Rolf Müller; Marnix H. Medema; Nadine Ziemert
Veröffentlicht in: ISSN: 2058-5276, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-022-01110-2

Unleashing the potential of cell painting assays for compound activities and hazards prediction

Autoren: Floriane Odje, David Meijer, Elena von Coburg, Justin J. J. van der Hooft, Sebastian Dunst, Marnix H. Medema, Andrea Volkamer
Veröffentlicht in: Frontiers in Toxicology, Ausgabe 6, 2024, ISSN 2673-3080
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/ftox.2024.1401036

Empowering natural product science with AI: leveraging multimodal data and knowledge graphs

Autoren: David Meijer, Mehdi A. Beniddir, Connor W. Coley, Yassine M. Mejri, Meltem Öztürk, Justin J. J. van der Hooft, Marnix H. Medema, Adam Skiredj
Veröffentlicht in: Natural Product Reports, Ausgabe 42, 2025, Seite(n) 654-662, ISSN 0265-0568
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4np00008k

CAGECAT: The CompArative GEne Cluster Analysis Toolbox for rapid search and visualisation of homologous gene clusters

Autoren: Matthias van den Belt; Cameron Gilchrist; Thomas J. Booth; Yit-Heng Chooi; Marnix H. Medema; Mohammad Alanjary
Veröffentlicht in: ISSN: 1471-2105, Ausgabe 2, 2023, Seite(n) 181, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05311-2

Taxonomic and metabolic diversity of <scp>Actinomycetota</scp> isolated from faeces of a 28,000‐year‐old mammoth

Autoren: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Chao Du, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Hans Jansen, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 26, 2024, ISSN 1462-2912
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.16589

Artificial intelligence for natural product drug discovery

Autoren: Mullowney MW, Duncan KR, Elsayed SS, Garg N, van der Hooft JJJ, Martin NI, Meijer D, Terlouw BR, Biermann F, Blin K, Durairaj J, Gorostiola González M, Helfrich EJN, Huber F, Leopold-Messer S, Rajan K, de Rond T, van Santen JA, Sorokina M, Balunas MJ, Beniddir MA, van Bergeijk DA, Carroll LM, Clark CM, Clevert DA, Dejong CA, Du C, Ferrinho S, Grisoni F, Hofstetter A, Jespers W, Kalinina OV, Kauts
Veröffentlicht in: Nature Reviews Drug Discovery, 2023, ISSN 1474-1776
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-023-00774-7

Other (2)

Automated genome mining predicts combinatorial diversity and taxonomic distribution of peptide metallophore structures

Autoren: Reitz ZL, Butler A, Medema MH
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2022
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.12.14.519525

PARAS: high-accuracy machine learning of substrate specificities in nonribosomal peptide synthetases

Autoren: Barbara R. Terlouw, Chuan Huang, David Meijer, José D. D. Cediel-Becerra, Ruolin He, Marlene L. Rothe, Matthew Jenner, Shanshan Zhou, Yu Zhang, Christopher D. Fage, Yuta Tsun- ematsu, Gilles P. van Wezel, Serina L. Robinson, Fabrizio Alberti, Lona M. Alkhalaf, Marc G. Chevrette, Gregory L. Challis and Marnix H. Medema
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: BiorXiv, Cold Spring Harbor Laboratory