A computational framework to interpret the chemical language of the microbiome

Informacje na temat projektu

DECIPHER

Identyfikator umowy o grant: 948770

DOI

10.3030/948770

Data podpisania przez KE 20 Października 2020

Data rozpoczęcia 1 Grudnia 2020

Data zakończenia 30 Listopada 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 499 965,00

Wkład UE

€ 1 499 965,00

Koordynowany przez

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (16)

MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters

Autorzy: Terlouw BR, Blin K, Navarro-Muñoz JC, Avalon NE, Chevrette MG, Egbert S, Lee S, Meijer D, Recchia MJJ, Reitz ZL, van Santen JA, Selem-Mojica N, Tørring T, Zaroubi L, Alanjary M, Aleti G, Aguilar C, Al-Salihi SAA, Augustijn HE, Avelar-Rivas JA, Avitia-Domínguez LA, Barona-Gómez F, Bernaldo-Agüero J, Bielinski VA, Biermann F, Booth TJ, Carrion Bravo VJ, Castelo-Branco R, Chagas FO, Cruz-Morales
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2023, Strona(/y) D603-D610, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1049

gutSMASH predicts specialized primary metabolic pathways from the human gut microbiota

Autorzy: Victòria Pascal Andreu; Hannah E. Augustijn; Lianmin Chen; Alexandra Zhernakova; Jingyuan Fu; Michael A. Fischbach; Dylan Dodd; Marnix H. Medema
Opublikowane w: ISSN=10870156;TITLE=Nature Biotechnology, Numer 1, 2023, ISSN 1546-1696
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41587-023-01675-1

CineMol: a programmatically accessible direct-to-SVG 3D small molecule drawer

Autorzy: David Meijer, Marnix H. Medema, Justin J. J. van der Hooft
Opublikowane w: Journal of Cheminformatics, Numer 16, 2024, Strona(/y) 58, ISSN 1758-2946
Wydawca: Chemistry Central
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-bvxr2

antiSMASH 8.0: extended gene cluster detection capabilities and analyses of chemistry, enzymology, and regulation

Autorzy: Kai Blin, Simon Shaw, Lisa Vader, Judit Szenei, Zachary L Reitz, Hannah E Augustijn, José D D Cediel-Becerra, Valérie de Crécy-Lagard, Robert A Koetsier, Sam E Williams, Pablo Cruz-Morales, Sopida Wongwas, Alejandro E Segurado Luchsinger, Friederike Biermann, Aleksandra Korenskaia, Mitja M Zdouc, David Meijer, Barbara R Terlouw, Justin J J van der Hooft, Nadine Ziemert, Eric J N H
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 53, 2025, Strona(/y) W32-W38, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf334

The antiSMASH database version 4: additional genomes and BGCs, new sequence-based searches and more

Autorzy: Kai Blin; Simon Shaw; Marnix H Medema; Tilmann Weber
Opublikowane w: Crossref, Numer 2, 2023, Strona(/y) 0305-1048, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad984

LogoMotif: a comprehensive database of transcription factor binding site profiles in Actinobacteria

Autorzy: Hannah E. Augustijn, Dimitris Karapliafis, Kristy Joosten, Sébastien Rigali, Gilles P. van Wezel, Marnix H. Medema
Opublikowane w: Journal of Molecular Biology, Numer 436, 2024, Strona(/y) 168558, ISSN 1089-8638
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1101/2024.02.28.582527

The gutSMASH web server: automated identification of primary metabolic gene clusters from the gut microbiota.

Autorzy: Victòria Pascal Andreu; Jorge Roel-Touris; Dylan Dodd; Michael A. Fischbach; Marnix H. Medema
Opublikowane w: urn:issn:03051048, Numer 1, 2021, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab353

improving cluster detection and comparison capabilities

Autorzy: Kai Blin; Simon Shaw; Alexander M. Kloosterman; Zach Charlop-Powers; Gilles P. van Wezel; Marnix H. Medema; Marnix H. Medema; Tilmann Weber
Opublikowane w: TITLE=Nucleic Acids Research, Numer 1, 2021, Strona(/y) W29-W35, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab335

Genome mining strategies for metallophore discovery.

Autorzy: Zachary L Reitz; Marnix H Medema
Opublikowane w: urn:issn:09581669, Numer 1, 2022, Strona(/y) 102757, ISSN 1879-0429
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.copbio.2022.102757

antiSMASH 7.0: new and improved predictions for detection, regulation, chemical structures and visualisation

Autorzy: Blin K, Shaw S, Augustijn HE, Reitz ZL, Biermann F, Alanjary M, Fetter A, Terlouw BR, Metcalf WW, Helfrich EJN, van Wezel GP, Medema MH, Weber T
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2023, Strona(/y) W46-W50, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad344

Compendium of specialized metabolite biosynthetic diversity encoded in bacterial genomes

Autorzy: Athina Gavriilidou; Satria A. Kautsar; Nestor Zaburannyi; Daniel Krug; Rolf Müller; Marnix H. Medema; Nadine Ziemert
Opublikowane w: ISSN: 2058-5276, Numer 1, 2022, ISSN 2058-5276
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-022-01110-2

Unleashing the potential of cell painting assays for compound activities and hazards prediction

Autorzy: Floriane Odje, David Meijer, Elena von Coburg, Justin J. J. van der Hooft, Sebastian Dunst, Marnix H. Medema, Andrea Volkamer
Opublikowane w: Frontiers in Toxicology, Numer 6, 2024, ISSN 2673-3080
Wydawca: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/ftox.2024.1401036

Empowering natural product science with AI: leveraging multimodal data and knowledge graphs

Autorzy: David Meijer, Mehdi A. Beniddir, Connor W. Coley, Yassine M. Mejri, Meltem Öztürk, Justin J. J. van der Hooft, Marnix H. Medema, Adam Skiredj
Opublikowane w: Natural Product Reports, Numer 42, 2025, Strona(/y) 654-662, ISSN 0265-0568
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4np00008k

CAGECAT: The CompArative GEne Cluster Analysis Toolbox for rapid search and visualisation of homologous gene clusters

Autorzy: Matthias van den Belt; Cameron Gilchrist; Thomas J. Booth; Yit-Heng Chooi; Marnix H. Medema; Mohammad Alanjary
Opublikowane w: ISSN: 1471-2105, Numer 2, 2023, Strona(/y) 181, ISSN 1471-2105
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05311-2

Taxonomic and metabolic diversity of <scp>Actinomycetota</scp> isolated from faeces of a 28,000‐year‐old mammoth

Autorzy: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Chao Du, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Hans Jansen, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Opublikowane w: Environmental Microbiology, Numer 26, 2024, ISSN 1462-2912
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.16589

Artificial intelligence for natural product drug discovery

Autorzy: Mullowney MW, Duncan KR, Elsayed SS, Garg N, van der Hooft JJJ, Martin NI, Meijer D, Terlouw BR, Biermann F, Blin K, Durairaj J, Gorostiola González M, Helfrich EJN, Huber F, Leopold-Messer S, Rajan K, de Rond T, van Santen JA, Sorokina M, Balunas MJ, Beniddir MA, van Bergeijk DA, Carroll LM, Clark CM, Clevert DA, Dejong CA, Du C, Ferrinho S, Grisoni F, Hofstetter A, Jespers W, Kalinina OV, Kauts
Opublikowane w: Nature Reviews Drug Discovery, 2023, ISSN 1474-1776
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-023-00774-7

Other (1)

Automated genome mining predicts combinatorial diversity and taxonomic distribution of peptide metallophore structures

Autorzy: Reitz ZL, Butler A, Medema MH
Opublikowane w: BioRxiv, 2022
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.12.14.519525