Skip to main content
Przejdź do strony domowej Komisji Europejskiej (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
polski pl
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS
CORDIScovery podcast 50th episode CORDIScovery podcast 50th episode

A computational framework to interpret the chemical language of the microbiome

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (25)
MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Terlouw BR, Blin K, Navarro-Muñoz JC, Avalon NE, Chevrette MG, Egbert S, Lee S, Meijer D, Recchia MJJ, Reitz ZL, van Santen JA, Selem-Mojica N, Tørring T, Zaroubi L, Alanjary M, Aleti G, Aguilar C, Al-Salihi SAA, Augustijn HE, Avelar-Rivas JA, Avitia-Domínguez LA, Barona-Gómez F, Bernaldo-Agüero J, Bielinski VA, Biermann F, Booth TJ, Carrion Bravo VJ, Castelo-Branco R, Chagas FO, Cruz-Morales
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2023, Strona(/y) D603-D610, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1049

Harnessing regulatory networks in Actinobacteria for natural product discovery (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hannah E Augustijn, Anna M Roseboom, Marnix H Medema, Gilles P van Wezel
Opublikowane w: Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, Numer 51, 2025, ISSN 1367-5435
Wydawca: Springer Verlag
DOI: 10.1093/jimb/kuae011

gutSMASH predicts specialized primary metabolic pathways from the human gut microbiota (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Victòria Pascal Andreu; Hannah E. Augustijn; Lianmin Chen; Alexandra Zhernakova; Jingyuan Fu; Michael A. Fischbach; Dylan Dodd; Marnix H. Medema
Opublikowane w: ISSN=10870156;TITLE=Nature Biotechnology, Numer 1, 2023, ISSN 1546-1696
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41587-023-01675-1

gutSMASH 2.0: Extended Identification of Primary Metabolic Gene Clusters From the Human Gut Microbiota (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Yijun Zhu, Hannah E. Augustijn, Victòria Pascal Andreu, Arjan Draisma, Gilles P. van Wezel, Dylan Dodd, Michael A. Fischbach, Marnix H. Medema
Opublikowane w: Journal of Molecular Biology, 2026, Strona(/y) 169567, ISSN 0022-2836
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2025.169567

CineMol: a programmatically accessible direct-to-SVG 3D small molecule drawer (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: David Meijer, Marnix H. Medema, Justin J. J. van der Hooft
Opublikowane w: Journal of Cheminformatics, Numer 16, 2024, Strona(/y) 58, ISSN 1758-2946
Wydawca: Chemistry Central
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-bvxr2

Genome mining based on transcriptional regulatory networks uncovers a novel locus involved in desferrioxamine biosynthesis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hannah E. Augustijn, Zachary L. Reitz, Le Zhang, Jeanine A. Boot, Somayah S. Elsayed, Gregory L. Challis, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Opublikowane w: PLOS Biology, Numer 23, 2025, Strona(/y) e3003183, ISSN 1545-7885
Wydawca: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3003183

antiSMASH 8.0: extended gene cluster detection capabilities and analyses of chemistry, enzymology, and regulation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kai Blin, Simon Shaw, Lisa Vader, Judit Szenei, Zachary L Reitz, Hannah E Augustijn, José D D Cediel-Becerra, Valérie de Crécy-Lagard, Robert A Koetsier, Sam E Williams, Pablo Cruz-Morales, Sopida Wongwas, Alejandro E Segurado Luchsinger, Friederike Biermann, Aleksandra Korenskaia, Mitja M Zdouc, David Meijer, Barbara R Terlouw, Justin J J van der Hooft, Nadine Ziemert, Eric J N H
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 53, 2025, Strona(/y) W32-W38, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf334

The antiSMASH database version 4: additional genomes and BGCs, new sequence-based searches and more (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kai Blin; Simon Shaw; Marnix H Medema; Tilmann Weber
Opublikowane w: Crossref, Numer 2, 2023, Strona(/y) 0305-1048, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad984

Automated genome mining predicts structural diversity and taxonomic distribution of peptide metallophores across bacteria (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zachary L. Reitz, Bita Pourmohsenin, Melanie Susman, Emil Thomsen, Daniel Roth, Alison Butler, Nadine Ziemert, Marnix H. Medema
Opublikowane w: eLife, 2026, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2025.07.29.667501

RAIChU: automating the visualisation of natural product biosynthesis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Barbara R. Terlouw, Friederike Biermann, Sophie P. J. M. Vromans, Elham Zamani, Eric J. N. Helfrich, Marnix H. Medema
Opublikowane w: Journal of Cheminformatics, Numer 16, 2024, ISSN 1758-2946
Wydawca: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-024-00898-x

LogoMotif: a comprehensive database of transcription factor binding site profiles in Actinobacteria (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hannah E. Augustijn, Dimitris Karapliafis, Kristy Joosten, Sébastien Rigali, Gilles P. van Wezel, Marnix H. Medema
Opublikowane w: Journal of Molecular Biology, Numer 436, 2024, Strona(/y) 168558, ISSN 1089-8638
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1101/2024.02.28.582527

Biosynfoni: a biosynthesis-informed and interpretable lightweight molecular fingerprint (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Lucina-May Nollen, David Meijer, Maria Sorokina, Justin J. J. van der Hooft
Opublikowane w: Journal of Cheminformatics, Numer 17, 2025, ISSN 1758-2946
Wydawca: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-025-01081-6

The gutSMASH web server: automated identification of primary metabolic gene clusters from the gut microbiota. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Victòria Pascal Andreu; Jorge Roel-Touris; Dylan Dodd; Michael A. Fischbach; Marnix H. Medema
Opublikowane w: urn:issn:03051048, Numer 1, 2021, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab353

Taxonomic and metabolic diversity of Actinobacteria isolated from faeces of a 28,000-year-old mammoth (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Opublikowane w: Environmental Microbiology, 2026, ISSN 1462-2920
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1101/2022.12.22.521380

improving cluster detection and comparison capabilities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kai Blin; Simon Shaw; Alexander M. Kloosterman; Zach Charlop-Powers; Gilles P. van Wezel; Marnix H. Medema; Marnix H. Medema; Tilmann Weber
Opublikowane w: TITLE=Nucleic Acids Research, Numer 1, 2021, Strona(/y) W29-W35, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab335

BiG-SCAPE 2.0 and BiG-SLiCE 2.0: scalable, accurate and interactive sequence clustering of metabolic gene clusters

Autorzy: Arjan Draisma, Catarina Loureiro, Nico L. L. Louwen, Satria A. Kautsar, Jorge C. Navarro-Muñoz, Drew T. Doering, Nigel J. Mouncey & Marnix H. Medema
Opublikowane w: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group

Genome mining strategies for metallophore discovery. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zachary L Reitz; Marnix H Medema
Opublikowane w: urn:issn:09581669, Numer 1, 2022, Strona(/y) 102757, ISSN 1879-0429
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.copbio.2022.102757

antiSMASH 7.0: new and improved predictions for detection, regulation, chemical structures and visualisation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Blin K, Shaw S, Augustijn HE, Reitz ZL, Biermann F, Alanjary M, Fetter A, Terlouw BR, Metcalf WW, Helfrich EJN, van Wezel GP, Medema MH, Weber T
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2023, Strona(/y) W46-W50, ISSN 1362-4962
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad344

MITE: the Minimum Information about a Tailoring Enzyme database for capturing specialized metabolite biosynthesis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Adriano Rutz, Daniel Probst, César Aguilar, Daniel Y Akiyama, Fabrizio Alberti, Hannah E Augustijn, Nicole E Avalon, Christine Beemelmanns, Hellen Bertoletti Barbieri, Friederike Biermann, Alan J Bridge, Esteban Charria Girón, Russell Cox, Max Crüsemann, Paul M D’Agostino, Marc Feuermann, Jennifer Gerke, Karina Gutiérrez García, Jonathan E Holme, Ji-Yeon Hwang, Riccardo Iacovelli, Júlio C
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 54, 2026, Strona(/y) D635-D642, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf969

Compendium of specialized metabolite biosynthetic diversity encoded in bacterial genomes (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Athina Gavriilidou; Satria A. Kautsar; Nestor Zaburannyi; Daniel Krug; Rolf Müller; Marnix H. Medema; Nadine Ziemert
Opublikowane w: ISSN: 2058-5276, Numer 1, 2022, ISSN 2058-5276
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-022-01110-2

Unleashing the potential of cell painting assays for compound activities and hazards prediction (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Floriane Odje, David Meijer, Elena von Coburg, Justin J. J. van der Hooft, Sebastian Dunst, Marnix H. Medema, Andrea Volkamer
Opublikowane w: Frontiers in Toxicology, Numer 6, 2024, ISSN 2673-3080
Wydawca: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/ftox.2024.1401036

Empowering natural product science with AI: leveraging multimodal data and knowledge graphs (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: David Meijer, Mehdi A. Beniddir, Connor W. Coley, Yassine M. Mejri, Meltem Öztürk, Justin J. J. van der Hooft, Marnix H. Medema, Adam Skiredj
Opublikowane w: Natural Product Reports, Numer 42, 2025, Strona(/y) 654-662, ISSN 0265-0568
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4np00008k

CAGECAT: The CompArative GEne Cluster Analysis Toolbox for rapid search and visualisation of homologous gene clusters (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Matthias van den Belt; Cameron Gilchrist; Thomas J. Booth; Yit-Heng Chooi; Marnix H. Medema; Mohammad Alanjary
Opublikowane w: ISSN: 1471-2105, Numer 2, 2023, Strona(/y) 181, ISSN 1471-2105
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05311-2

Taxonomic and metabolic diversity of <scp>Actinomycetota</scp> isolated from faeces of a 28,000‐year‐old mammoth (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Chao Du, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Hans Jansen, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Opublikowane w: Environmental Microbiology, Numer 26, 2024, ISSN 1462-2912
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.16589

Artificial intelligence for natural product drug discovery (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mullowney MW, Duncan KR, Elsayed SS, Garg N, van der Hooft JJJ, Martin NI, Meijer D, Terlouw BR, Biermann F, Blin K, Durairaj J, Gorostiola González M, Helfrich EJN, Huber F, Leopold-Messer S, Rajan K, de Rond T, van Santen JA, Sorokina M, Balunas MJ, Beniddir MA, van Bergeijk DA, Carroll LM, Clark CM, Clevert DA, Dejong CA, Du C, Ferrinho S, Grisoni F, Hofstetter A, Jespers W, Kalinina OV, Kauts
Opublikowane w: Nature Reviews Drug Discovery, 2023, ISSN 1474-1776
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-023-00774-7

Other (2)
Automated genome mining predicts combinatorial diversity and taxonomic distribution of peptide metallophore structures (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Reitz ZL, Butler A, Medema MH
Opublikowane w: BioRxiv, 2022
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.12.14.519525

PARAS: high-accuracy machine learning of substrate specificities in nonribosomal peptide synthetases

Autorzy: Barbara R. Terlouw, Chuan Huang, David Meijer, José D. D. Cediel-Becerra, Ruolin He, Marlene L. Rothe, Matthew Jenner, Shanshan Zhou, Yu Zhang, Christopher D. Fage, Yuta Tsun- ematsu, Gilles P. van Wezel, Serina L. Robinson, Fabrizio Alberti, Lona M. Alkhalaf, Marc G. Chevrette, Gregory L. Challis and Marnix H. Medema
Opublikowane w: 2025
Wydawca: BiorXiv, Cold Spring Harbor Laboratory

Wyszukiwanie danych OpenAIRE...

Podczas wyszukiwania danych OpenAIRE wystąpił błąd

Brak wyników

Udostępnij tę stronę Udostępnij tę stronę w mediach społecznościowych

Pobierz Pobierz zawartość strony

Ostatnia aktualizacja: 1 Września 2025

Moja broszura

Permalink: https://cordis.europa.eu/project/id/948770/results/pl

European Union, 2026

Moja broszura 0 0