A computational framework to interpret the chemical language of the microbiome

Información del proyecto

DECIPHER

Identificador del acuerdo de subvención: 948770

DOI

10.3030/948770

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 20 Octubre 2020

Fecha de inicio 1 Diciembre 2020

Fecha de finalización 30 Noviembre 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 499 965,00

Aportación de la UE

€ 1 499 965,00

Coordinado por

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

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Publicaciones

Peer reviewed articles (25)

MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters

Autores: Terlouw BR, Blin K, Navarro-Muñoz JC, Avalon NE, Chevrette MG, Egbert S, Lee S, Meijer D, Recchia MJJ, Reitz ZL, van Santen JA, Selem-Mojica N, Tørring T, Zaroubi L, Alanjary M, Aleti G, Aguilar C, Al-Salihi SAA, Augustijn HE, Avelar-Rivas JA, Avitia-Domínguez LA, Barona-Gómez F, Bernaldo-Agüero J, Bielinski VA, Biermann F, Booth TJ, Carrion Bravo VJ, Castelo-Branco R, Chagas FO, Cruz-Morales
Publicado en: Nucleic Acids Research, 2023, Página(s) D603-D610, ISSN 1362-4962
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1049

Harnessing regulatory networks in Actinobacteria for natural product discovery

Autores: Hannah E Augustijn, Anna M Roseboom, Marnix H Medema, Gilles P van Wezel
Publicado en: Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, Edición 51, 2025, ISSN 1367-5435
Editor: Springer Verlag
DOI: 10.1093/jimb/kuae011

gutSMASH predicts specialized primary metabolic pathways from the human gut microbiota

Autores: Victòria Pascal Andreu; Hannah E. Augustijn; Lianmin Chen; Alexandra Zhernakova; Jingyuan Fu; Michael A. Fischbach; Dylan Dodd; Marnix H. Medema
Publicado en: ISSN=10870156;TITLE=Nature Biotechnology, Edición 1, 2023, ISSN 1546-1696
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41587-023-01675-1

gutSMASH 2.0: Extended Identification of Primary Metabolic Gene Clusters From the Human Gut Microbiota

Autores: Yijun Zhu, Hannah E. Augustijn, Victòria Pascal Andreu, Arjan Draisma, Gilles P. van Wezel, Dylan Dodd, Michael A. Fischbach, Marnix H. Medema
Publicado en: Journal of Molecular Biology, 2026, Página(s) 169567, ISSN 0022-2836
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2025.169567

CineMol: a programmatically accessible direct-to-SVG 3D small molecule drawer

Autores: David Meijer, Marnix H. Medema, Justin J. J. van der Hooft
Publicado en: Journal of Cheminformatics, Edición 16, 2024, Página(s) 58, ISSN 1758-2946
Editor: Chemistry Central
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-bvxr2

Genome mining based on transcriptional regulatory networks uncovers a novel locus involved in desferrioxamine biosynthesis

Autores: Hannah E. Augustijn, Zachary L. Reitz, Le Zhang, Jeanine A. Boot, Somayah S. Elsayed, Gregory L. Challis, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Publicado en: PLOS Biology, Edición 23, 2025, Página(s) e3003183, ISSN 1545-7885
Editor: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3003183

antiSMASH 8.0: extended gene cluster detection capabilities and analyses of chemistry, enzymology, and regulation

Autores: Kai Blin, Simon Shaw, Lisa Vader, Judit Szenei, Zachary L Reitz, Hannah E Augustijn, José D D Cediel-Becerra, Valérie de Crécy-Lagard, Robert A Koetsier, Sam E Williams, Pablo Cruz-Morales, Sopida Wongwas, Alejandro E Segurado Luchsinger, Friederike Biermann, Aleksandra Korenskaia, Mitja M Zdouc, David Meijer, Barbara R Terlouw, Justin J J van der Hooft, Nadine Ziemert, Eric J N H
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 53, 2025, Página(s) W32-W38, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf334

The antiSMASH database version 4: additional genomes and BGCs, new sequence-based searches and more

Autores: Kai Blin; Simon Shaw; Marnix H Medema; Tilmann Weber
Publicado en: Crossref, Edición 2, 2023, Página(s) 0305-1048, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad984

Automated genome mining predicts structural diversity and taxonomic distribution of peptide metallophores across bacteria

Autores: Zachary L. Reitz, Bita Pourmohsenin, Melanie Susman, Emil Thomsen, Daniel Roth, Alison Butler, Nadine Ziemert, Marnix H. Medema
Publicado en: eLife, 2026, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2025.07.29.667501

RAIChU: automating the visualisation of natural product biosynthesis

Autores: Barbara R. Terlouw, Friederike Biermann, Sophie P. J. M. Vromans, Elham Zamani, Eric J. N. Helfrich, Marnix H. Medema
Publicado en: Journal of Cheminformatics, Edición 16, 2024, ISSN 1758-2946
Editor: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-024-00898-x

LogoMotif: a comprehensive database of transcription factor binding site profiles in Actinobacteria

Autores: Hannah E. Augustijn, Dimitris Karapliafis, Kristy Joosten, Sébastien Rigali, Gilles P. van Wezel, Marnix H. Medema
Publicado en: Journal of Molecular Biology, Edición 436, 2024, Página(s) 168558, ISSN 1089-8638
Editor: Elsevier
DOI: 10.1101/2024.02.28.582527

Biosynfoni: a biosynthesis-informed and interpretable lightweight molecular fingerprint

Autores: Lucina-May Nollen, David Meijer, Maria Sorokina, Justin J. J. van der Hooft
Publicado en: Journal of Cheminformatics, Edición 17, 2025, ISSN 1758-2946
Editor: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-025-01081-6

The gutSMASH web server: automated identification of primary metabolic gene clusters from the gut microbiota.

Autores: Victòria Pascal Andreu; Jorge Roel-Touris; Dylan Dodd; Michael A. Fischbach; Marnix H. Medema
Publicado en: urn:issn:03051048, Edición 1, 2021, ISSN 1362-4962
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab353

Taxonomic and metabolic diversity of Actinobacteria isolated from faeces of a 28,000-year-old mammoth

Autores: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Publicado en: Environmental Microbiology, 2026, ISSN 1462-2920
Editor: Wiley
DOI: 10.1101/2022.12.22.521380

improving cluster detection and comparison capabilities

Autores: Kai Blin; Simon Shaw; Alexander M. Kloosterman; Zach Charlop-Powers; Gilles P. van Wezel; Marnix H. Medema; Marnix H. Medema; Tilmann Weber
Publicado en: TITLE=Nucleic Acids Research, Edición 1, 2021, Página(s) W29-W35, ISSN 1362-4962
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab335

BiG-SCAPE 2.0 and BiG-SLiCE 2.0: scalable, accurate and interactive sequence clustering of metabolic gene clusters

Autores: Arjan Draisma, Catarina Loureiro, Nico L. L. Louwen, Satria A. Kautsar, Jorge C. Navarro-Muñoz, Drew T. Doering, Nigel J. Mouncey & Marnix H. Medema
Publicado en: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group

Genome mining strategies for metallophore discovery.

Autores: Zachary L Reitz; Marnix H Medema
Publicado en: urn:issn:09581669, Edición 1, 2022, Página(s) 102757, ISSN 1879-0429
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.copbio.2022.102757

antiSMASH 7.0: new and improved predictions for detection, regulation, chemical structures and visualisation

Autores: Blin K, Shaw S, Augustijn HE, Reitz ZL, Biermann F, Alanjary M, Fetter A, Terlouw BR, Metcalf WW, Helfrich EJN, van Wezel GP, Medema MH, Weber T
Publicado en: Nucleic Acids Research, 2023, Página(s) W46-W50, ISSN 1362-4962
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad344

MITE: the Minimum Information about a Tailoring Enzyme database for capturing specialized metabolite biosynthesis

Autores: Adriano Rutz, Daniel Probst, César Aguilar, Daniel Y Akiyama, Fabrizio Alberti, Hannah E Augustijn, Nicole E Avalon, Christine Beemelmanns, Hellen Bertoletti Barbieri, Friederike Biermann, Alan J Bridge, Esteban Charria Girón, Russell Cox, Max Crüsemann, Paul M D’Agostino, Marc Feuermann, Jennifer Gerke, Karina Gutiérrez García, Jonathan E Holme, Ji-Yeon Hwang, Riccardo Iacovelli, Júlio C
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 54, 2026, Página(s) D635-D642, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf969

Compendium of specialized metabolite biosynthetic diversity encoded in bacterial genomes

Autores: Athina Gavriilidou; Satria A. Kautsar; Nestor Zaburannyi; Daniel Krug; Rolf Müller; Marnix H. Medema; Nadine Ziemert
Publicado en: ISSN: 2058-5276, Edición 1, 2022, ISSN 2058-5276
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-022-01110-2

Unleashing the potential of cell painting assays for compound activities and hazards prediction

Autores: Floriane Odje, David Meijer, Elena von Coburg, Justin J. J. van der Hooft, Sebastian Dunst, Marnix H. Medema, Andrea Volkamer
Publicado en: Frontiers in Toxicology, Edición 6, 2024, ISSN 2673-3080
Editor: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/ftox.2024.1401036

Empowering natural product science with AI: leveraging multimodal data and knowledge graphs

Autores: David Meijer, Mehdi A. Beniddir, Connor W. Coley, Yassine M. Mejri, Meltem Öztürk, Justin J. J. van der Hooft, Marnix H. Medema, Adam Skiredj
Publicado en: Natural Product Reports, Edición 42, 2025, Página(s) 654-662, ISSN 0265-0568
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4np00008k

CAGECAT: The CompArative GEne Cluster Analysis Toolbox for rapid search and visualisation of homologous gene clusters

Autores: Matthias van den Belt; Cameron Gilchrist; Thomas J. Booth; Yit-Heng Chooi; Marnix H. Medema; Mohammad Alanjary
Publicado en: ISSN: 1471-2105, Edición 2, 2023, Página(s) 181, ISSN 1471-2105
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05311-2

Taxonomic and metabolic diversity of <scp>Actinomycetota</scp> isolated from faeces of a 28,000‐year‐old mammoth

Autores: Doris A. van Bergeijk, Hannah E. Augustijn, Somayah S. Elsayed, Joost Willemse, Victor J. Carrión, Chao Du, Mia Urem, Lena V. Grigoreva, Maksim Y. Cheprasov, Semyon Grigoriev, Hans Jansen, Bas Wintermans, Andries E. Budding, Herman P. Spaink, Marnix H. Medema, Gilles P. van Wezel
Publicado en: Environmental Microbiology, Edición 26, 2024, ISSN 1462-2912
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.16589

Artificial intelligence for natural product drug discovery

Autores: Mullowney MW, Duncan KR, Elsayed SS, Garg N, van der Hooft JJJ, Martin NI, Meijer D, Terlouw BR, Biermann F, Blin K, Durairaj J, Gorostiola González M, Helfrich EJN, Huber F, Leopold-Messer S, Rajan K, de Rond T, van Santen JA, Sorokina M, Balunas MJ, Beniddir MA, van Bergeijk DA, Carroll LM, Clark CM, Clevert DA, Dejong CA, Du C, Ferrinho S, Grisoni F, Hofstetter A, Jespers W, Kalinina OV, Kauts
Publicado en: Nature Reviews Drug Discovery, 2023, ISSN 1474-1776
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-023-00774-7

Other (2)

Automated genome mining predicts combinatorial diversity and taxonomic distribution of peptide metallophore structures

Autores: Reitz ZL, Butler A, Medema MH
Publicado en: BioRxiv, 2022
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.12.14.519525

PARAS: high-accuracy machine learning of substrate specificities in nonribosomal peptide synthetases

Autores: Barbara R. Terlouw, Chuan Huang, David Meijer, José D. D. Cediel-Becerra, Ruolin He, Marlene L. Rothe, Matthew Jenner, Shanshan Zhou, Yu Zhang, Christopher D. Fage, Yuta Tsun- ematsu, Gilles P. van Wezel, Serina L. Robinson, Fabrizio Alberti, Lona M. Alkhalaf, Marc G. Chevrette, Gregory L. Challis and Marnix H. Medema
Publicado en: 2025
Editor: BiorXiv, Cold Spring Harbor Laboratory