Excellence Hub on Phase Transitions in Aging and Age-Related Disorders

Projektinformationen

PhasAGE

ID Finanzhilfevereinbarung: 952334

DOI

10.3030/952334

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 2 Juli 2020

Startdatum 1 Januar 2021

Enddatum 31 März 2024

Finanziert unter

• Twinning of research institutions

Gesamtkosten

€ 899 741,25

EU-Beitrag

€ 899 741,25

Koordiniert durch

INSTITUTO DE BIOLOGIA MOLECULAR E CELULAR-IBMC
Portugal

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Report on development of protocols to study liquid-liquid phase separation at IBMC/i3S

Documents, reports (6)

Portfolio with innovation potential of research on protein phase separation
Detailed Dissemination, Communication and Outreach Plan (DCOP)

Detailed Dissemination Communication and Outreach Plan DCOP

ESS1 and ESS2 plan
Report on computational analysis of protein phase separations
Report on publications on PhasAGE topics in high impact journals by the coordinating institution

Introduction in the Continuous reporting tool on the Funding and tenders portal of peerreviewed publications on intrinsically disordered proteinsphase separation of the coordinating entity during the three years preceding the start date of the project

PhasAGE Management Handbook

Websites, patent fillings, videos etc. (5)

PhasAGE Wikipedia
Launch of the PhaseAGE HUB
Launch of the PhasAGE website and links to social media

Launch of thePhasAGE website and links to social media

Implementation of a central PhasAGE HelpDesk
Communication Toolkit

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (42)

The evolution and polymorphism of mono-amino acid repeats in androgen receptor and their regulatory role in health and disease

Autoren: Attila Meszaros, Junaid Ahmed, Giorgio Russo, Peter Tompa, Tamas Lazar
Veröffentlicht in: Frontiers in Medicine, 2022, ISSN 2296-858X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmed.2022.1019803

DispHScan: A Multi-Sequence Web Tool for Predicting Protein Disorder as a Function of pH

Autoren: Carlos Pintado-Grima, Valentín Iglesias, Jaime Santos, Vladimir N Uversky, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2021, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom11111596

A3DyDB: exploring structural aggregation propensities in the yeast proteome

Autoren: Javier Garcia-Pardo, Aleksandra E. Badaczewska-Dawid, Carlos Pintado-Grima, Valentín Iglesias, Aleksander Kuriata, Sebastian Kmiecik and Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Microbial Cell Factories, 2023, ISSN 1475-2859
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-023-02182-3

Degron masking outlines degronons, co-degrading functional modules in the proteome

Autoren: Mainak Guharoy, Tamas Lazar, Mauricio Macossay-Castillo, Peter Tompa
Veröffentlicht in: Communications Biology, 2022, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s42003-022-03391-z

Advances in Nucleotide Repeat Expansion Diseases: Transcription Gets in Phase

Autoren: Ana S. Figueiredo, Joana R. Loureiro, Sandra Macedo-Ribeiro, Isabel Silveira
Veröffentlicht in: Cells, 2023, ISSN 2073-4409
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/cells12060826

Cryo-EM structure of hnRNPDL-2 fibrils, a functional amyloid associated with limb-girdle muscular dystrophy D3

Autoren: Javier Garcia-Pardo, Andrea Bartolomé-Nafría, Antonio Chaves-Sanjuan, Marcos Gil-Garcia, Cristina Visentin, Martino Bolognesi, Stefano Ricagno, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-35854-0

Molecular Determinants of Selectivity in Disordered Complexes May Shed Light on Specificity in Protein Condensates

Autoren: Alexander Miguel Monzon, Damiano Piovesan, Monika Fuxreiter
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2022, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom12010092

Databases for intrinsically disordered proteins

Autoren: Damiano Piovesan; Alexander Miguel Monzon; Federica Quaglia; Silvio C. E. Tosatto
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0907-4449
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1107/s2059798321012109

NAGPKin: Nucleation-and-growth parameters from the kinetics of protein phase separation

Autoren: Zsuzsa Sárkány, Francisco Figueiredo, Sandra Macedo-Ribeiro, and Pedro M. Martins
Veröffentlicht in: Molecular Biology of the Cell, 2024, ISSN 1059-1524
Herausgeber: American Society for Cell Biology
DOI: 10.1091/mbc.e23-07-0289

Computational methods to predict protein aggregation

Autoren: Susanna Navarro, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, 2022, ISSN 1879-033X
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2022.102343

A3D Model Organism Database (A3D-MODB): a database for proteome aggregation predictions in model organisms

Autoren: Aleksandra E Badaczewska-Dawid, Aleksander Kuriata, Carlos Pintado-Grima, Javier Garcia-Pardo, Michał Burdukiewicz, Valentín Iglesias, Sebastian Kmiecik and Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2023, Seite(n) D360–D367, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad942

Biological colloids: Unique properties of membraneless organelles in the cell

Autoren: Anna Bratek-Skicki, Margot Van Nerom, Dominique Maes, Peter Tompa
Veröffentlicht in: Advances in Colloid and Interface Science, 2022, ISSN 1873-3727
Herausgeber: ELSEVIER
DOI: 10.1016/j.cis.2022.102777

CARs-DB: A Database of Cryptic Amyloidogenic Regions in Intrinsically Disordered Proteins

Autoren: Carlos Pintado-Grima; Oriol Bárcenas; Zoe Manglano-Artuñedo; Rita Vilaça; Sandra Macedo-Ribeiro; Irantzu Pallarès; Jaime Santos; Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2022.882160

Cryo-EM structures of functional and pathological amyloid ribonucleoprotein assemblies

Autoren: Javier Garcia-Pardo and Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Trends in Biochemical Sciences, 2023, Seite(n) 119-133, ISSN 0968-0004
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2023.10.005

SARS‐CoV‐2 variants preferentially emerge at intrinsically disordered protein sites helping immune evasion

Autoren: Federica Quaglia; Edoardo Salladini; Marco Carraro; Giovanni Minervini; Silvio C.E. Tosatto; Philippe Le Mercier
Veröffentlicht in: The FEBS Journal, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1742-464X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.16379

In-Silico Analysis of pH-Dependent Liquid-Liquid Phase Separation in Intrinsically Disordered Proteins

Autoren: Carlos Pintado-Grima, Oriol Bárcenas, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2022, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom12070974

A Review of Fifteen Years Developing Computational Tools to Study Protein Aggregation

Autoren: Carlos Pintado-Grima; Oriol Bárcenas; Andrea Bartolomé-Nafría; Marc Fornt-Suñé; Valentín Iglesias; Javier Garcia-Pardo; Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Biophysica, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2673-4125
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biophysica3010001

Decoding the role of coiled-coil motifs in human prion-like proteins

Autoren: Molood Behbahanipour, Javier García-Pardo, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Prion, 2021, ISSN 1933-690X
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/19336896.2021.1961569

F/YGG-motif is an intrinsically disordered nucleic-acid binding motif

Autoren: Joris Van Lindt, Tamas Lazar, Donya Pakravan , Manon Demulder, Attila Meszaros , Ludo Van Den Bosch, Dominique Maes, Peter Tompa
Veröffentlicht in: RNA Biology, 2022, ISSN 1555-8584
Herausgeber: Taylor and Francis
DOI: 10.1080/15476286.2022.2066336

The Repeating, Modular Architecture of the HtrA Proteases

Autoren: Matthew Merski, Sandra Macedo-Ribeiro, Rafal M. Wieczorek, Maria W. Górna
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2022, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom12060793

Quantification of Surface Tension Effects and Nucleation-and-Growth Rates during Self-Assembly of Biological Condensates

Autoren: Sárkány, Z., F. Rocha, A. Bratek-Skicki, P. Tompa, S. Macedo-Ribeiro and P. M. Martins
Veröffentlicht in: Advanced Science, 2023, ISSN 2198-3844
Herausgeber: WILEY
DOI: 10.1002/advs.202301501

Pro-inflammatory polarization and colorectal cancer modulate alternative and intronic polyadenylation in primary human macrophages

Autoren: Joana Wilton, Filipa Lopes de Mendonça, Filipa Lopes de Mendonça, Isabel Pereira-Castro, Isabel Pereira-Castro, Michael Tellier, Takayuki Nojima, Angela M. Costa, Jaime Freitas, Shona Murphy, Maria Jose Oliveira, Nicholas J. Proudfoot, Alexandra Moreira
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, 2023, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fimmu.2023.1182525

aSynPEP-DB: a database of biogenic peptides for inhibiting α-synuclein aggregation

Autoren: Carlos Pintado-Grima, Oriol Bárcenas, Valentín Iglesias, Jaime Santos, Zoe Manglano-Artuñedo, Irantzu Pallarès, Michał Burdukiewicz, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Database: The Journal of Biological Databases and Curation, 2023, ISSN 1758-0463
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/database/baad084

Intrinsic protein disorder uncouples affinity from binding specificity

Autoren: Tamas Lazar, Agnes Tantos, Peter Tompa, Eva Schad
Veröffentlicht in: Protein Science, 2022, ISSN 1469-896X
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/pro.4455

CAID prediction portal: a comprehensive service for predicting intrinsic disorder and binding regions in proteins

Autoren: Alessio Del Conte, Adel Bouhraoua, Mahta Mehdiabadi, Damiano Clementel, Alexander Miguel Monzon, CAID predictors, Silvio C E Tosatto and Damiano Piovesan
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2023, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad430

Exploring cryptic amyloidogenic regions in prion-like proteins from plants

Autoren: Carlos Pintado-Grima, Jaime Santos, Valentín Iglesias, Zoe Manglano-Artuñedo, Irantzu Pallarès, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, 2023, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2022.1060410

ECO: the Evidence and Conclusion Ontology, an update for 2022

Autoren: Suvarna Nadendla, Rebecca Jackson, James Munro, Federica Quaglia, Bálint Mészáros, Dustin Olley, Elizabeth T Hobbs, Stephen M Goralski, Marcus Chibucos, Christopher John Mungall, Silvio C E Tosatto, Ivan Erill, Michelle G Giglio
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2022, Seite(n) D1515–D1521, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1025

Drug repurposing of dopaminergic drugs to inhibit ataxin-3 aggregation

Autoren: Francisco Figueiredo, Zsuzsa Sárkány, Alexandra Silva, Daniela Vilasboas-Campos, Patrícia Maciel, Andreia Teixeira-Castro, Pedro M. Martins, Sandra Macedo-Ribeiro
Veröffentlicht in: Biomedicine & Pharmacotherapy, 2023, ISSN 0753-3322
Herausgeber: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.biopha.2023.115258

FuzDB: a new phase in understanding fuzzy interactions

Autoren: Andras Hatos, Alexander Miguel Monzon, Silvio C E Tosatto, Damiano Piovesan, Monika Fuxreiter
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2022, Seite(n) D509–D517, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1060

Minimum information guidelines for experiments structurally characterizing intrinsically disordered protein regions

Autoren: Bálint Mészáros, András Hatos, Nicolas Palopoli, Federica Quaglia, Edoardo Salladini, Kim Van Roey, Haribabu Arthanari, Zsuzsanna Dosztányi, Isabella C. Felli, Patrick D. Fischer, Jeffrey C. Hoch, Cy M. Jeffries, Sonia Longhi, Emiliano Maiani, Sandra Orchard, Rita Pancsa, Elena Papaleo, Roberta Pierattelli, Damiano Piovesan, Iva Pritisanac, Luiggi Tenorio, Thibault Viennet, Peter Tompa, Wim V
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2023, Seite(n) 1291–1303, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01915-x

A3D database: structure-based predictions of protein aggregation for the human proteome

Autoren: Aleksandra E Badaczewska-Dawid, Javier Garcia-Pardo, Aleksander Kuriata, Jordi Pujols, Salvador Ventura, Sebastian Kmiecik
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2022, Seite(n) 3121–3123, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac215

DisProt in 2022: improved quality and accessibility of protein intrinsic disorder annotation.

Autoren: Federica Quaglia; Federica Quaglia; Bálint Mészáros; Edoardo Salladini; András Hatos; Rita Pancsa; Lucía B. Chemes; Mátyás Pajkos; Tamas Lazar; Tamas Lazar; Samuel Peña-Díaz; Jaime Santos; Veronika Ács; Nazanin Farahi; Nazanin Farahi; Erzsébet Fichó; Maria Cristina Aspromonte; Claudio Bassot; Anastasia Chasapi; Norman E. Davey; Radoslav Davidovic; László Dobson; Arne Elofsson; Gábor
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 1, 2021, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1082

DisProt in 2024: improving function annotation of intrinsically disordered proteins

Autoren: Maria Cristina Aspromonte, Maria Victoria Nugnes, Federica Quaglia, Adel Bouharoua, DisProt Consortium, Silvio C E Tosatto and Damiano Piovesan
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2024, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad928

Development of Small Molecules Targeting α-Synuclein Aggregation: A Promising Strategy to Treat Parkinson’s Disease

Autoren: Samuel Peña-Díaz,Javier García-Pardo, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Pharmaceutics, 2023, ISSN 1999-4923
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/pharmaceutics15030839

Pathogen-specific structural features of Candida albicans Ras1 activation complex: uncovering new antifungal drug targets

Autoren: José A. Manso, Arturo Carabias, Zsuzsa Sárkány, José M. de Pereda, Pedro José Barbosa Pereira and Sandra Macedo-Ribeiro
Veröffentlicht in: Structural Biology, 2023, ISSN 2150-7511
Herausgeber: AMER Soc Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.00638-23

PITB: A high affinity transthyretin aggregation inhibitor with optimal pharmacokinetic properties

Autoren: Francisca Pinheiro, Nathalia Varejão, Adrià Sánchez-Morales, Filipa Bezerra, Susanna Navarro, Adrián Velázquez-Campoy, Félix Busqué, Maria Rosário Almeida, Ramon Alibés, David Reverter, Irantzu Pallarès and Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Chemistry, 2023, ISSN 0223-5234
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ejmech.2023.115837

A fish herpesvirus highlights functional diversities among Zα domains related to phase separation induction and A-to-Z conversion

Autoren: Mamadou Amadou Diallo; Sébastien Pirotte; Yunlong Hu; Léa Morvan; Krzysztof Rakus; Nicolás M Suárez; Lee PoTsang; Hisao Saneyoshi; Yan Xu; Andrew J Davison; Peter Tompa; Joel L Sussman; Alain Vanderplasschen
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 1, 2023, Seite(n) 806–830, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac761

SGnn: A Web Server for the Prediction of Prion-Like Domains Recruitment to Stress Granules Upon Heat Stress

Autoren: Valentín Iglesias, Jaime Santos, Juan Santos-Suárez, Carlos Pintado-Grima, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2021.718301

A Novel Tandem-Tag Purification Strategy for Challenging Disordered Proteins

Autoren: Attila Mészáros, Kevin Muwonge, Steven Janvier, Junaid Ahmed, Peter Tompa
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2022, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom12111566

A Robust Assay to Monitor Ataxin-3 Amyloid Fibril Assembly

Autoren: Francisco Figueiredo; Mónica Lopes-Marques; Bruno Almeida; Nena Matscheko; Pedro M. Martins; Alexandra Silva; Sandra Macedo-Ribeiro
Veröffentlicht in: Cells, Ausgabe Volume 11; Ausgabe 12; Pages: 1969, 2022, ISSN 2073-4409
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/cells11121969

Small molecules to target tau amyloid aggregation

Autoren: Zoe Manglano-Artunedo, Samuel Pena-Diaz, Salvador Ventura
Veröffentlicht in: Neural Regeneration Research, 2023, Seite(n) 509-511, ISSN 1673-5374
Herausgeber: Neural Regeneration Research
DOI: 10.4103/1673-5374.380900

The structural plasticity of polyglutamine repeats

Autoren: Barbosa Pereira, P. J., J. A. Manso and S. Macedo-Ribeiro
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, 2023, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102607